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[文本处理] 怎么根据一个文件输出另一个文件中的对应行及其下一行 [复制链接]

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发表于 2018-06-03 08:42 |显示全部楼层
现有1.txt,内容如下:
>E8_G9_L007_R1.2
>E8_G9_L007_R1.3
>E8_G9_L007_R1.4
>E8_G9_L007_R1.5
>E8_G9_L007_R1.12
>E8_G9_L007_R1.14
>E8_G9_L007_R1.16
>E8_G9_L007_R1.17


2.txt,其内容如下:
>E8_G9_L007_R1.1
GCAGTCCACTTCGATTTAATTCGTAAACAAGCAGTAGTAATTCCTGCTTTATCAAGATAATTTTTCGACTCATCAGAAATATCCGAAAGTGTTAACTTCTGCGTCATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTA
>E8_G9_L007_R1.2
CAACAACATGCAGCAGTGATGGCGCCAGGCTCTGCAGGGTGGGCCTGATCCCAGAGTGGTGCTTACTGTGCTGACTGTGTACTTATCTTCCCCAAGAGAAAATGCTTCTTTTGAGCACACTGTACCTACCATCTGCATTGAGCAGAAAGAC
>E8_G9_L007_R1.3
GCGAAGCTCTTACTAATACAGGTTCTCTCTCTTGGTACTGTGTAACTTCCAATGAGAATTCAGACTGTTGTACCAATGAAATGGATTGGCTCTGTAGAACTGGCTTAGAAAATTTATAGTGAGATGAAAAAGATCTAGGGAGTAGCTTCCT
>E8_G9_L007_R1.4
GCAGGAGCCACAGGTGGCGCAGTCCAGGACGATGTTGCACAGCGTCAGGAACTCGCAGAACAGGCAGGACAGGATGCAGTGGACACAGCAGTCTGCGGGGTGGCGGTGGAGAGGGGGACGGGTGAGAGAGGGGAGGGATGAGCATGTGTGA
>E8_G9_L007_R1.5
CCTTGCCTGCTCCCTTCTTCAAGCAGACAACTACTCCCGCCACTGCTCCCACCACAACTGCCCCGCTCTTCACTGGCCTGGCCAGCGCCACCTCTGCTGTGGCTCCCATCACCTCTGCCAGTCCATCCACAGACTCTGCTTCGAAGCCTGC
>E8_G9_L007_R1.6
CCTTTTGCTCACATGTTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGTGGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGAAGAGCGCCCAATACGCA
>E8_G9_L007_R1.7
CCTTTTGCTCACATGTTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGTGGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCTGATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGAAGAGCGCCCAATACGCA



其中,上面例子中的2.txt是14行,现在想找出在2.txt中的1.txt的对应行及下一行,如上面的结果应该是:
>E8_G9_L007_R1.2
CAACAACATGCAGCAGTGATGGCGCCAGGCTCTGCAGGGTGGGCCTGATCCCAGAGTGGTGCTTACTGTGCTGACTGTGTACTTATCTTCCCCAAGAGAAAATGCTTCTTTTGAGCACACTGTACCTACCATCTGCATTGAGCAGAAAGAC
>E8_G9_L007_R1.3
GCGAAGCTCTTACTAATACAGGTTCTCTCTCTTGGTACTGTGTAACTTCCAATGAGAATTCAGACTGTTGTACCAATGAAATGGATTGGCTCTGTAGAACTGGCTTAGAAAATTTATAGTGAGATGAAAAAGATCTAGGGAGTAGCTTCCT
>E8_G9_L007_R1.4
GCAGGAGCCACAGGTGGCGCAGTCCAGGACGATGTTGCACAGCGTCAGGAACTCGCAGAACAGGCAGGACAGGATGCAGTGGACACAGCAGTCTGCGGGGTGGCGGTGGAGAGGGGGACGGGTGAGAGAGGGGAGGGATGAGCATGTGTGA
>E8_G9_L007_R1.5
CCTTGCCTGCTCCCTTCTTCAAGCAGACAACTACTCCCGCCACTGCTCCCACCACAACTGCCCCGCTCTTCACTGGCCTGGCCAGCGCCACCTCTGCTGTGGCTCCCATCACCTCTGCCAGTCCATCCACAGACTCTGCTTCGAAGCCTGC


请问这个该怎么写?

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发表于 2018-06-03 12:00 |显示全部楼层
本帖最后由 christmas1102 于 2018-06-03 12:05 编辑
  1. awk -vRS=">" 'NR==FNR&&NR>1{a[$1]=$1;next}NR>1{b[$1]=$2}END{for(i in b)if(a[i])print RS i"\n"b[i]}' 1.txt 2.txt
复制代码


看上去挺笨拙的,没办法先这样吧,等高人来解

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日期:2016-05-31 06:20:00
发表于 2018-06-03 12:47 |显示全部楼层
# [ /home/soio/1bs/awks ] {2018-06-03 12:44:34}
: 1528001074:0;➜  awk 'FNR==NR{a[$1]=$2" "$3;next}NR>=1{$2=a[$0];print }' <(sed '/[0-9]$/N;s/\n/ @--# /g' 1.0ed) <(sed '' 2.0ed) | grep '@--# ' | sed 's/[ ]@--# /\n&/g; s/[ ]@--# //g'
>E8_G9_L007_R1.2
b
>E8_G9_L007_R1.3
c
>E8_G9_L007_R1.4
d
>E8_G9_L007_R1.5
e


# [ /home/soio/1bs/awks ] {2018-06-03 12:44:56}
: 1528001096:0;➜  cat 1.0ed && echo 'xx--xx' && cat 2.0ed
>E8_G9_L007_R1.1
a
>E8_G9_L007_R1.2
b
>E8_G9_L007_R1.3
c
>E8_G9_L007_R1.4
d
>E8_G9_L007_R1.5
e
>E8_G9_L007_R1.6
e
>E8_G9_L007_R1.7
f
xx--xx
>E8_G9_L007_R1.2
>E8_G9_L007_R1.3
>E8_G9_L007_R1.4
>E8_G9_L007_R1.5
>E8_G9_L007_R1.12
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回复 1# elaine2017


  1. awk 'FILENAME==ARGV[1]{a[$0]++;next}{if(a[$0]){b=1;c=$0}else{if(b){print c"\n"$0};b=""}}' 1.txt 2.txt
复制代码

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回复 1# elaine2017

  1. awk 'NR==FNR{a[$1]++;next}{if(a[$1]) p=NR}NR==p || NR==p+1' 1.txt 2.txt
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  1. awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}{if(a[$1]){getline b;print a[$1]"\n"b}}' 1.txt 2.txt
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  1. awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}{if(a[$1]){getline b;print a[$1]"\n"b}}' 1.txt 2.txt
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