怎么按照染色体大小及位置大小排序

elaine2017

原数据如下：chrX    21109    21110    73
chr12    11234    11235    100
chr5    10023    10024    83
chrY    13325    13326    100
chr12    14903    14904    50
chr1    10098    10099    100

想将上述数据排序，先按照染色体排序（第一列），再根据每条染色体的位置大小（第二列）排序，chrX和chrY放在chr1~chr22后面，排序后如下：
chr1    10098    10099    100
chr5    10023    10024    83
chr12    11234    11235    100
chr12    14903    14904    50
chrX    21109    21110    73
chrY    13325    13326    100

请问应该怎么做？

christmas1102

1. awk4.0
   
2. awk '{match($1,/([0-9]+)/,a);b[a[1]" "$2]=$0}END{PROCINFO["sorted_in"]="@ind_num_asc";for(i in b){print b[i]}}' file
   

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cfwyy

1. sort -k1.4,1n -k2,2n file
   

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christmas1102

1. AWK 4.0+
   
2. awk '{match($1,"chr(([0-9]|[A-Z])+)",a);b=a[1]~/[0-9]/?sprintf("%02d",a[1]):a[1];c[b" "$2]=$0}END{PROCINFO["sorted_in"]="@ind_str_asc";for(i in c){print c[i]}}' file

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