多行合并

biobaby

各位大神好，现有如下文件：
Pos        Gene        Case        Sample        Apcnt        Mut        Total        Mut
chr1.11188078.C.A        MTOR        SJALL013791        O4        0.043        29        67510        A
chr1.115256528.T.G        NRAS        SJALL013791        D1        0.073        34        46390        G
chr1.115256530.G.T        NRAS        SJALL013791        O4        0.062        44        70979        T
chr1.115256530.G.T        NRAS        SJALL013791        R1        0.04        36        89427        T
chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        D1        1.005        585        58203        T
chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        O2        0.029        19        66608        T
chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        R1        20.799        22079        106155        T
chr1.14107249.C.T        PRDM2        SJALL013791        R1        0.092        9        9801        T
chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        D1        0.38        168        44198        T
chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        O2        0.079        34        43289        T
chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        O4        0.065        42        64411        T
chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        R1        5.104        3294        64532        T

我想把第1，2,3，列相同的行合并成一行，4-8列一次向后延伸，输出如下：

chr1.11188078.C.A        MTOR        SJALL013791        O4        0.043        29        67510        A
chr1.115256528.T.G        NRAS        SJALL013791        D1        0.073        34        46390        G
chr1.115256530.G.T        NRAS        SJALL013791        O4        0.062        44        70979        T     R1        0.04        36        89427        T
chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        D1        1.005        585        58203        T     O2        0.029        19        66608        T      R1        20.799        22079        106155        T
chr1.14107249.C.T        PRDM2        SJALL013791        R1        0.092        9        9801        T
chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        D1        0.38        168        44198        T     O2        0.079        34        43289        T     O4        0.065        42        64411        T      R1        5.104        3294        64532        T

谢谢大家了！

cd_chair

1. <p>[devopr@localhost temp]$ cat file1
   
2. chr1.11188078.C.A        MTOR        SJALL013791        O4        0.043        29        67510        A
   
3. chr1.115256528.T.G        NRAS        SJALL013791        D1        0.073        34        46390        G
   
4. chr1.115256530.G.T        NRAS        SJALL013791        O4        0.062        44        70979        T
   
5. chr1.115256530.G.T        NRAS        SJALL013791        R1        0.04        36        89427        T
   
6. chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        D1        1.005        585        58203        T
   
7. chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        O2        0.029        19        66608        T
   
8. chr1.115258744.C.T        NRAS        SJALL013791        R1        20.799        22079        106155        T
   
9. chr1.14107249.C.T        PRDM2        SJALL013791        R1        0.092        9        9801        T
   
10. chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        D1        0.38        168        44198        T
    
11. chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        O2        0.079        34        43289        T
    
12. chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        O4        0.065        42        64411        T
    
13. chr1.149878236.C.T        SV2A        SJALL013791        R1        5.104        3294        64532        T
    
14. [devopr@localhost temp]$ awk '{a=$1FS$2FS$3;b=$4FS$5FS$6FS$7;out[a]=out[a]""FS""b;grp[a]=a}END{l=asort(grp);for(i=1;i<=l;i++)print grp[i],out[grp[i]]}' file1
    
15. chr1.11188078.C.A MTOR SJALL013791  O4 0.043 29 67510
    
16. chr1.115256528.T.G NRAS SJALL013791  D1 0.073 34 46390
    
17. chr1.115256530.G.T NRAS SJALL013791  O4 0.062 44 70979 R1 0.04 36 89427
    
18. chr1.115258744.C.T NRAS SJALL013791  D1 1.005 585 58203 O2 0.029 19 66608 R1 20.799 22079 106155
    
19. chr1.14107249.C.T PRDM2 SJALL013791  R1 0.092 9 9801
    
20. chr1.149878236.C.T SV2A SJALL013791  D1 0.38 168 44198 O2 0.079 34 43289 O4 0.065 42 64411 R1 5.104 3294 64532
    
21. [devopr@localhost temp]$
    
22. 
    
23. </p>

复制代码

cd_chair

1. <div class="blockcode"><blockquote>awk '{a=$1FS$2FS$3;b=$4FS$5FS$6FS$7;out[a]=out[a]""FS""b;grp[a]=a}END{l=asort(grp);for(i=1;i<=l;i++)print grp[i],out[grp[i]]}' file1

复制代码

chr1.11188078.C.A MTOR SJALL013791  O4 0.043 29 67510                                                                                                        
chr1.115256528.T.G NRAS SJALL013791  D1 0.073 34 46390                                                                                                      
chr1.115256530.G.T NRAS SJALL013791  O4 0.062 44 70979 R1 0.04 36 89427                                                                                      
chr1.115258744.C.T NRAS SJALL013791  D1 1.005 585 58203 O2 0.029 19 66608 R1 20.799 22079 106155                                                            
chr1.14107249.C.T PRDM2 SJALL013791  R1 0.092 9 9801                                                                                                         
chr1.149878236.C.T SV2A SJALL013791  D1 0.38 168 44198 O2 0.079 34 43289 O4 0.065 42 64411 R1 5.104 3294 64532   

cd_chair

1. <div class="blockcode"><blockquote>awk '{a=$1FS$2FS$3;b=$4FS$5FS$6FS$7;out[a]=out[a]""FS""b;grp[a]=a}END{l=asort(grp);for(i=1;i<=l;i++)print grp[i],out[grp[i]]}' file1

复制代码

chr1.11188078.C.A MTOR SJALL013791  O4 0.043 29 67510                                                                                                        
chr1.115256528.T.G NRAS SJALL013791  D1 0.073 34 46390                                                                                                      
chr1.115256530.G.T NRAS SJALL013791  O4 0.062 44 70979 R1 0.04 36 89427                                                                                      
chr1.115258744.C.T NRAS SJALL013791  D1 1.005 585 58203 O2 0.029 19 66608 R1 20.799 22079 106155                                                            
chr1.14107249.C.T PRDM2 SJALL013791  R1 0.092 9 9801                                                                                                         
chr1.149878236.C.T SV2A SJALL013791  D1 0.38 168 44198 O2 0.079 34 43289 O4 0.065 42 64411 R1 5.104 3294 64532   

cd_chair

1. <div class="blockcode"><blockquote>awk '{a=$1FS$2FS$3;b=$4FS$5FS$6FS$7;out[a]=out[a]""FS""b;grp[a]=a}END{l=asort(grp);for(i=1;i<=l;i++)print grp[i],out[grp[i]]}' file1

复制代码

chr1.11188078.C.A MTOR SJALL013791  O4 0.043 29 67510                                                                                                        
chr1.115256528.T.G NRAS SJALL013791  D1 0.073 34 46390                                                                                                      
chr1.115256530.G.T NRAS SJALL013791  O4 0.062 44 70979 R1 0.04 36 89427                                                                                      
chr1.115258744.C.T NRAS SJALL013791  D1 1.005 585 58203 O2 0.029 19 66608 R1 20.799 22079 106155                                                            
chr1.14107249.C.T PRDM2 SJALL013791  R1 0.092 9 9801                                                                                                         
chr1.149878236.C.T SV2A SJALL013791  D1 0.38 168 44198 O2 0.079 34 43289 O4 0.065 42 64411 R1 5.104 3294 64532