awk比较两文本文件

hechao7021

用awk比较两文件，当第一列相等且文件2第二列的数值位于文件1的第三列和第四列的数值之间时，打印文件2整行，如下面的数据，请问怎么做到呢？

文件a.txt:

chr2 intron 12 70 -

chr2 intron 80 100 -

chr2 intron 156 173 -

文件b.txt:

chr2 cds 13 -

chr2 cds 81 -

chr2 cds 143 -

我想得到这样的结果：

chr2 cds 13

chr2 cds 81

我自己琢磨了好久编出来的程序：awk -F " " 'NR==FNR[a1[$1]=$1;a2[$1]=$2;a3[$1]=$3;a4[$1]=$4;next}NR>FNR{if ($3>a3[$1]&&$3<a4[$1]&&$1=a1[$1]) print $0}}' a.txt b.txt，输不出结果，不知道问题出在哪里，急死

hechao7021

还望各位路过的大神相助，小妹这厢有礼了~|~

ll104567

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$1;b[FNR]=$3;c[FNR]=$4}NR!=FNR{if(a[FNR]==$1&&$
3<=c[FNR]&&$3>=b[FNR])print $0}'  file1 file2

hechao7021

非常感谢您的回复，可是结果还是会忽略掉能匹配到的位置，可能我问题描述不够详细，我是想从a.txt(图1)中挑选落在b.txt（图2）文件中基因上的位点，输出的结果如图3。

file:///C:/Users/%E8%B4%BA%E8%B6%85/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image006.gif

expert1

回复 1# hechao7021

1. awk 'NR==FNR{
   
2. 
   
3. a[$0]=$3 }NR>FNR {
   
4. 
   
5. 
   
6. for ( i in a) {
   
7. 
   
8. 
   
9. split(i,m," ")
   
10. 
    
11. 
    
12. if( m[1] == $1 && m[3] >$3 && m[3] < $4)
    
13. 
    
14. print m[1],m[2],m[3]
    
15. 
    
16. }
    
17. 
    
18. 
    
19. 
    
20. }' b a

复制代码

你的问题是key重复了。读a.txt的时候，key都是chr2,结果array只有最后一个 chr2 intron 156 173 -

expert1

3楼的问题是，如果2个文件内容乱了一下，结果就不对了，
必须用for 循环，2个文件逐行来比较。

hechao7021

回复 5# expert1

您的代码更简单，很给力，我自己逛论坛，模仿别人的代码写了一个：awk -vP=1 'FNR==NR{{C=++c[$1];a[$1,C]=$1;s[$1,C]=$2;e[$1,C]=$3;f[$1,C]=$0}next}{C=c[$1];if(C)for(n=1;n<=C;n++){if(a[$1,n]=$1&&s[$1,n]<=$2&&$2<=e[$1,n]){m=f[$1,n];n=C;if(P)print $0" "m}}}END{print m}' b.txt a.txt >c.txt
我现在的水平就是去套别人的脚本，没有系统的学过，一点点也不会编，非常感谢您的帮助

hechao7021

回复 5# expert1

您的代码更简单，很给力，我自己逛论坛，模仿别人的代码写了一个：awk -vP=1 'FNR==NR{{C=++c[$1];a[$1,C]=$1;s[$1,C]=$2;e[$1,C]=$3;f[$1,C]=$0}next}{C=c[$1];if(C)for(n=1;n<=C;n++){if(a[$1,n]=$1&&s[$1,n]<=$2&&$2<=e[$1,n]){m=f[$1,n];n=C;if(P)print $0" "m}}}END{print m}' b.txt a.txt >c.txt
我现在的水平就是去套别人的脚本，没有系统的学过，一点点也不会编，非常感谢您的帮助