多个文件（超过1000个）区间合并怎么弄啊

shuiwei

问题描述：有1000多个格式同样的文件（以test.txt和test1.txt为例）,如果第一列相同，则看第二列和第三列是否重叠（若重叠两端取最小值和最大值），最后输出文件包括合并以后的区间、以及每个文件在每个区间存在与否（存在记为1，不存在记为0），输出结果以out.txt为例。perl小白，拜托各路大神了！
test.txt
chr1    3       5
chr1    22      55
chr2    123     179
chr3    3       7
chr3    5       7

test1.txt
chr1    4       10
chr2    5       124
chr2    333     444
chr3    5       12
chr3    53      64

out.txt
chr     start   end     test    test1
chr1    3       10      1       1
chr1    22      55      1       0
chr2    5       179     1       1
chr2    333     444     0       1
chr3    3       12      1       1
chr3    53      64      0       1

睫毛上的雾

你这示例和你说的不一样啊
第二行的第一列都不相同