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[文本处理] 如何对前几列内容一样的行对其其余指定列进行加和 [复制链接]

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发表于 2021-05-25 17:50 |显示全部楼层
大家好,我的文件如下
chr1    3003639 3003640 1.0     2       0
chr1    3003720 3003721 0.75    3       1
chr1    3003639 3003640 1.0     2       0
chr1    3003720 3003721 0.0     0       2
chr1    3003639 3003640 1.0     2       1
chr1    3003720 3003721 0.0     0       2

文件中前三列一样的行,我想把它们的第5列和第6列分别加和,同时重新计算第4列(第5列除以第4列第5列之和)。想得到结果如下所示
chr1    3003639 3003640 0.8571429    6       1
chr1    3003720 3003721 0.375    3       5



其中第一行chr1    3003639 3003640 的第6位2+2+2得到,1为0+0+1得到。
第2行类似
请问用awk如何实现!谢谢大神!

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发表于 2021-05-25 17:52 |显示全部楼层
另外如果前三列能够按照原来的顺序输出文件最好。

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发表于 2021-05-27 16:04 |显示全部楼层
本帖最后由 wh7211 于 2021-05-27 16:06 编辑

回复 1# chenjiali1


同时重新计算第4列(第5列除以第4列第5列之和)

从你发的结果看,应该是“第5列除以第5列第6列之和”吧?
  1. cat 1
  2. chr1    3003639 3003640 1.0     2       0
  3. chr1    3003720 3003721 0.75    3       1
  4. chr1    3003639 3003640 1.0     2       0
  5. chr1    3003720 3003721 0.0     0       2
  6. chr1    3003639 3003640 1.0     2       1
  7. chr1    3003720 3003721 0.0     0       2

  8. awk '{a=$1" "$2" "$3;if(!b[a]++){c[a]=++d};e[a]+=$5;f[a]+=$6}END{PROCINFO["sorted_in"]="@val_num_asc";for(i in c){printf("%s %.7f %d %d\n",i,e[i]/(e[i]+f[i]),e[i],f[i])}}' 1
  9. chr1 3003639 3003640 0.8571429 6 1
  10. chr1 3003720 3003721 0.3750000 3 5
复制代码
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