两道题，问了N多人，没结果，再问一下看看

lightspeed

原帖由 "riverfor" 发表：


python失败了么？

perl失败了么？python失败了么？
不知道为什么作者说perl和python是失败的作品，我很纳闷...
我很奇怪 为什么perl没有完美地实现shell 与  c之间的粘合剂作用就是失败的作品的, 我更奇怪为..........

我并没有贬低任何一种语言, 只是客观的评论了一下. 这种观点也不是我的, 而是
来自著名学者 Eric S. Raymond (refer to: The Art of UNIX Programming).

从程序员的角度, 这些语言都不错. 但这里是 shell 论坛, 大部分人是系统管理员.
因此出发点可能不同.  当做系统管理时, 有时 shell 工具不能满足复杂的计算,
不得不求助各种各样的语言, 可各种语言都是较为独立的体系. 很难融合.
就拿传统的 awk  来说,  与 shell 之间传递个变量都是那么的别扭和困难.

也欢迎你来此探讨 python 及各种语言. 从编程来看, 本坛的大部分
人都不是很专业, 当然水平也不可能太高.

riverfor

[quote]原帖由 "lightspeed" 发表：


我并没有贬低任何一种语言, 只是客观的评论了一下. 这种观点也不是我的, 而是
来自著名学者 Eric S. Raymond (refer to: The Art of UNIX Programming).

从程序员的角度, 这些语言都不错. 但这里是 shell 论

随风漂

呵呵，其实语言没有成功和失败这样简单。最关键的是在合适的时间和合适的场合使用合适的原因，否则你总会失败的。
  就像你不能用java去写科学计算一样，你不能使用汇编语言去编写一个大型的mis系统一样。
  每一种语言都有自己适用的场合和环境，只有了解了这个语言的适用范围和场合，正确的选择并适用语言，我们才能站的更高。 一个系统的各个部分特点不同，可能要用不同的语言来完成。
  语言只是一个工具，能够解决问题才是关键。因此希望大家不要把时间花在语言的成功还是失败，以及优劣这种问题上来。套用老邓的一句名言：“不管是黑猫白猫，能捉住老鼠就是好猫”。

suggext

bioinfor:
//我将yuxh老大与lightspeed老大的程序运行比较如下......

我想请问yuxh老大写的程序是在哪里的？能提供否？好像这里讨论的气氛不错啊，希望没有来迟了^_^，谢谢！

hiei1321

叹气阿，诸位大侠太牛了，基因片断的问题是某一年的数学建模题，记得我们是用ｍａｔｌａｂ做的。ｐｆｐｆ。

lovelyarry

用awk写了一下第一题，
用了最笨得办法，效率超低。处理这个datafile用了10s，而且只适用处理短一些的串。。。

1. 
   
2. 
   
3. BEGIN {
   
4.         _MIN_LEN=10;
   
5. }
   
6. function find_max_str()
   
7. {
   
8.         for(i=length($0)/2;i>=_MIN_LEN;i--) {
   
9.                 for(j=0;j<length($0)-i;j++) {
   
10.                         k=substr($0,j,i);
    
11. 
    
12.                         if((index(k," ")>0)||!((index(k,"A")>0 && index(k,"C")>0 && index(k,"G")>0 && index(k,"T")>0))) {
    
13.                                 continue;
    
14.                         }
    
15. 
    
16.                         if((a[k]++)==2) {
    
17.                                 printf("%d:%d:%d:%d:%s\n",NR,b[k],j,length(k),k);
    
18.                                 return 0;
    
19.                         }
    
20.                         else {
    
21.                                 b[k]=j;
    
22.                         }
    
23.                 }
    
24.                 for(idx1 in a) {
    
25.                         delete a[idx1];
    
26.                 }
    
27.                 for(idx2 in b) {
    
28.                         delete b[idx2];
    
29.                 }
    
30.         }
    
31.         return 1;
    
32. }
    
33. {
    
34.         find_max_str();
    
35. }
    

复制代码

1. 
   
2. 
   
3. cat datafile
   
4. TAAAATGTGTAATCAACTAATACAAAGCAAGTTTTGTACTTTTTGTTGAATTTATTACTAAGTAT
   
5. TCTTTTTGATGCAATTGTAAGTAGAAATATTTATTTATTAAGAGATAGGGTCTTACTGTGTGGCC
   
6. CAGTATGGCCTTGAACTCCTGGGCTTAAGACATCCTCCTGCTGCAGCCTCCTGAGTAACTGAGAT
   
7. TACAGGTGTGCACCACCTCGCCTGGCTCAGAATGGTTTTCTTAACTTCATTTTTAGATTGTTCAC
   
8. TGTGAATATATCGAATTACAATAGTTTAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAGCAC
   
9. TTGGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATAACTTGAGGCCAGGAGTTTCAGATCAGCCTGGCCATCACAG
   
10. AGAAACCTTGTCTTTACCAAAATCACAACAAATTAATTAGCTGGTTGTGGTGGTGCATGCTTGCA
    
11. ATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGTACGAGAATTACCTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTG
    
12. AACCGAGATAGTTCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAACGGTTTTTGTATGCTTCAACCTTA
    
13. CTGAACTCATTTATTCATTCTGATATTTACTTTAGTGGATTCTGTATGATTTTCTATATGCAAGA
    
14. TGCTGTCATTTGCAAATAGAGATAGTTTTTCTTTTTTTGTTTCCAATCTGAATGTGTTTTATTTC
    
15. ATTTTCTTGCCTAATGCTCCTCATTAGTTTTCAATGTTGCATAGTATTTTATTGCATGGACGCAC
    
16. CATAATTACTTTTACCAATCTCTTATTGATGGACATGAAGGTTATTTCCAAACTCTTGTGGTTAT
    
17. AACAATGCTGTAATAGATAACCTATTACAAAGAACAGTTCTCAACTCTTTTGGTCTTGGGACTAC
    
18. TTTACCTATTTATGTATAAGTTTCAAGTTTGGGCTTAGAAAGAATTTAATAATCATGCTAATTTT
    
19. GTTTTGTTTTCTTTTTTTTTACTCCTGGACCCAAGCGGTCTTCCCACCTCAACCTCCCAAGTAGC
    
20. TGAGACTACAAGGGTGAACCATCACCCTGGGTAATTTTTAAATTGTTGGCTGGGCACAGTGGCTC
    
21. ACGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGACAGGCGGATTACCTGAGGTTGGGAGTTCAAG
    
22. ACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAACACAAAAAATGAGCCAGGTGCAG
    
23. TGGTGCGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATTCAGGAG
    
24. GTGGATGTTGCGGTGAGCTGAGATCGTGCCACTGAACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGATTTC
    
25. ATTTCAAAAAACAAAAAGAAAAAAATTTTTAAAAATTGTTTTGAAGAGATACGGTTTCCCTATGT
    
26. TGCCTAGGCTGGTCTCATGCGATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGACATG
    
27. AGACACCACAAATTTAAACAAGGACTTTTTTTATTTTTTAAAGAGATTACTTTTTCTGAGTAAAC
    
28. AAGGACTTTTAAAACAAGGTACTAAAAATCTGGCTGGGCGTGGTGGCTCGCTCCTGTAATCCCAG
    
29. CACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCAAGACCATTCTGGCCAACATA
    
30. GTGAAACCCCGTCTCTGCTAAAAATACAAAAATTAGCTAGGTGTGGTGGTGCACGCCTGTAGTCC
    
31. CAGCTGCTCAGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGTAGTGAGCC
    
32. GAGATCTCACCACTGCACTCCAGCCTGGCAACAGAGTGAGATTCCGTCTCAAAAAAAAAATTTTT
    
33. TTTAATAAATAAATAAATAAAAATCTTGAAATTTTTATTAGGTCCTGGTGTTTCTAATTTTAATA
    
34. TGATTTAGTTCTCAAGTGCTAGTTAATACTTCATTAATCAGCCAGATGGAAGTGGGGATACTATG
    
35. GAAACAGCATAGGCAAAGCTTAAAGATAAATGAGACCATGGTTTGAAAATATAGGGTGGCATGCG
    
36. CTTTGGTTCAAGGCAATTTGATCATCACAACAATTTGGCTTAAACAGCACTTTGGTTGAAAATGA
    
37. ATATCCCCTAGTTATGTGTTTTTCAAGTATTGGTCATTTTGGTATATCATGAGTTGTTTTGCAAA
    
38. CTTTTGTGCCAAAGTTTTCAGGAAAACTTTCTAATATTTGCTTTTGTGTTTCTAACTGATTTTCA
    
39. GAGAAGTTGTAATTTTGATGTTTTTTCCTTTTAGTGAGCATGCTTTAACAAAAAACAATAACAGA
    
40. AACTGTGTCAAAGAAAAGGACCTGTAATCTTCAGGGTTTGTAGTCTTTTTCCTCTTAAAAAACCC
    
41. TTTTCCTAATTAATGGCAGTTACATCTGCATGGCTGGTTTGGGTAAGTCTTCATTTTGTTGTATT
    
42. GCTGAGTAACAGTCAACAAAGGTTTATCAACTCTTGGTTAAGGGTTCCTTTCATGTTGTGAGTAA
    
43. ACATGAACAATATAGGATCTTATCCTTTTAAGCTATCATGCAAGAAACATGTGAGGTCTCTTAAA
    
44. AATTCACTGTGCTGGCCGGGCATGGTGGCTCACGCTTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGG
    
45. TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT
    
46. ACAAAAATACAAAAATCAGCCGGGCATGATGGCGGGCAGGTGCTTGTAATCCCAGCTACTTGGGA
    
47. GGCTGAGACAGGAGACTCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGTAGTGAGCCGAGATTGTGCCAC
    
48. TGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAATTGTGC
    
49. TGGCTGGGCTCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCAC
    
50. CTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACAAAAATACAA
    
51. AAATTAGCCAGGCATAATGGCGAGTGCCTGTAATCCAAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAA
    
52. TCGCTTGAACCCGGGAGTGAGCCGAGATGGCGCCACTGCACTCTAGCTTGGGTGACAACAGCAAG
    
53. ATTCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAATTAACTGTGCTTATAAATGGGAGCTAAATTAGGAAAAAA
    
54. ATAAAAAGTAAAAAGAAAATGAAAATAAAAATTTAAAAAATATATTAACAAATTACCTGTCCTAA
    
55. GGTAAAATTCTTTTTTTTTTTCTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCACTCGGAAAGGAGTGC
    
56. CAATCTCGGCGTGAAAATGTGTCTGATGCGTATGCACCTGAGCTAGAAAGCCCAAAGACTGCTAA
    
57. GAAGCATGTGAGGGCTCAGAAACAAACATGTTTGGGCTTCGAAAGCCTGTTTTTGGAACCACTTT
    
58. CCCTTGTCTGCAAGGCAGAGGGAGGGAGGTACTCTGTTATTTCTAAGTCTCTCTTGAGCTCTTAC
    
59. ACTGTGCAAGCCCATGAACGTATTTAATCGTGCATTAGACAATTGTTTTTAATCTATGCCCTGCC
    
60. TCTCCCAAGATCAACCTTTCCCTGAGATCGGGGCCCCCTCTGGGTGCACAGGGATATTTTTATTT
    
61. TTTGAGTTGGAGTTTTGCTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTTGACTCACTGA
    
62. AACCTCTTCCTCCCGGCTTCCAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGCAGCTGAGATTACAGG
    
63. CATGCACCACCACACTTCGGTTAATTTTTGTATTTTTAGGAGAGATGGAGATTCACCATGTTGGC
    
64. CAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGAT
    
65. TATAGGCGTGAGGCACCGTGCCCAGCCCATAGGGATATTTTTATATACTTTCCTGCCCCATGGGT
    
66. CAACTGTTCTTGAACCAAAGAAACAAGAGGCGGGGAAGTTATAGGAAGCTTTTAAAATATGCTTC
    
67. TGTGCAGCACTGCTCGCAGCGTGTCACAGATGTGCGGTATTGGAAGACGAAGGTGAAACTGCATG
    
68. GAGATGATTGTGTGGGGGATGAGGAGGTGGTGGGTAGGGGACTTGGCTTTCTTCACACAAAGACA
    
69. TCCAGGCAAATGGTAAGTCCAAAAGCCCTGTGACAGATAATGGCCATTGTTCCTGCAGGGTGACT
    
70. CTTTTCTCTTCTTTTTTTTCTTTTTGAGGCGGAGTCTCACTCTGTCATCTATGCTGGAGTGCAAT
    
71. GGTGCGATCTTGGCTCACTGCAACTTCCGCTTCCCGGGTTCAAAGTGATTTTTCTGCCTCAGCCC
    
72. TCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGCGCCACCATGGCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGA
    
73. GACGGGGTTTCTCCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGATCTCGTGATCCACCCGCCTCA
    
74. GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGGCGCCCGGCCCTATACACATGATTTTG
    
75. AACATACTGACAGATGGAGAAAACCACTTTGGAAAAGATACTTCACATGTTCTAGAGACGATTTA
    
76. AACCATTAAGCATTCTATGAAGCTTCTGAAGGTCTGTCAGATTTTAAATGACAACAGTGAAATTT
    
77. TAAAACAAGAACAGAAGTCAGCACCAAAGCTAGTTTAACATTAATAATAAGTGAGCCAATAAATA
    
78. GGTCTATGTTTGCCCAGGCAGGTTTTGCTTATTATGTCAGTTGGAAAGCCAGAAGGAAACTGGTT
    
79. TTAACTCTTAATATAACCTGTATCATGACACCATCACTTTACCAGAAATGTAGCTGATGTCAGCA
    
80. TAAGACTGAGACAGTTTACATTTAAAACTGTTGTTTCCTTTCCAACTATTTTCATAATTCATTCA
    
81. TGGTATAGGATTGAGACTATTTCCTTAAACAGAAAAAAATGGGTAATTAACATTGAGAACTTTCC
    
82. ATGTGCCAGATACTGTATGAACTGTCTTAATTTTCATAGCCACCCTGCAAGATATTATCCTCATC
    
83. TTTTTAGAGGAAGAAACAAGTTTCAAGAAATGAAGTAGGTTTTCTAAGGCCACAGCTATAGTAAA
    
84. GAGGTGGAGCTGACATTCAAGCTTGGATATGAATTATTATAATTTCCACAGCACTACACAGCTGT
    
85. CATTTTCTCTACCTGCAAAACTAAATAAATACTGTTAAAAATAAAAGATGATCTCCAAGATCTCT
    
86. AAACATTAAAATTTTACAATAAACTGGTTGAGGTGACACATGCCTATATTTTCAGCTACTCAGGA
    
87. GTTTGAGACTGGCCTGGACAACATAGCAAGACCCTGTCTCTAAATTTAAAAAACAAATTACAATG
    
88. AGATAATCTTAGACCAGAGAAAGGAAAGTGAAATAGCTATTTGGATTATAAACTGTTTTAGTAAC
    
89. TCAAATGTAATGTGTGGTGGTGACAATATCTTTGATTCCTGGGAAGGTCATTGTGAAAGGGAATA
    
90. GAAAATGCCTTGAAGTCAAAATATAAGGCTCTCAAATAGAAAAATAAATATAACATTTAAGTATT
    
91. ATCAACAGAGAACCAAGTTAGAAAAAACTAGTTATAGTCTGAAACAATGCTGTTTAAAAGACTGC
    
92. AGTCACCAGTGTAAACTGACTCAGGCAACACTTCCCAGGGTCCATGCCGTGGACAACTGACTAAT
    
93. CTCTCTATAAACAATTCTTGACACTAGATAGGCCTTTACTAAGAGCAACCAGAGACAGAAATTAG
    
94. TATCGACAGTGGAGTTTTAAAATCACACTTAAAAAAATATTATTGGCTGGGCACAGTGGCTCACG
    
95. CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCATGAGGTCAGGAGATCAAGGCTAT
    
96. CCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGCGGTGA
    
97. GTGCCTGTAGCCCCAGCTACTTGGGAGGGTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAG
    
98. GCTACAGTAAGCCGAGTTCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGCGACGGAGCGAGACTCCCTCTCA
    
99. AAAAAAGAAAAAAAAAATGTAGATTATATTCTGTGAATATTACATCACAGAATAAAACTCTGGAT
    
100. ATAATACATGGGAGAGTTAATATCCAGAAAGACATTGTGCATTTTTGGTCTAAGTTTCATGAGAC
     
101. AAAATATTATTTTCTTTTCTGAGACTCAATTCTTTCCCAAAGGGATCAGTTCTCTTAAGTGGACC
     
102. TTTTTACAGCCTTTCAGCTGGCTCAAAAGATGAGTTTTGGCGAACAAGATTATCGATACTCACTG
     
103. AGCAAGTGGTAGTTAGAATCCCTTTCATATTTGAAGGTCAAACGGCCATAGCTGACATGATTTAG
     
104. ATTCTTCAGCCACTCAAAGTAAGATACTGTCACTCCTCCAGCATTCAAGTAGAGATCCTATGCAC
     
105. AAAAATAAGACAAAGAAATTAGAAGATGATGGTTTTCGTAAAAGCTGAAAATGAACCTAAGACCT
     
106. TAATTTCAATACCAAGGTAGACTGGACTTCAAATATCGCAAATATATTTTAGCCAGTATCAGGAA
     
107. TTTCACACTTAATTAACACTCCTTCCCATCCCACCCAATTCCATCTAAGGCTTTTTCTATTTAGG
     
108. AAAAAAAAAAATCATTTTTTGGCTTATTAATCAAGGAAAGTTAATAATCTTTGGTTAGAGCCTCT
     
109. TCTCTACCAGAAGTTAGTTCTCAGACTAAATGGCTTGCCCACCAACCAGTTGGACTGGACTGTCC
     
110. ACAGGGCCTCTCAGAAGACAGGATTCTTTCTCCTATTACCTAAGGGTAGCCCATTTCAGTTACAT
     
111. TAAATGTCTTAAGTGCTTTCAGCAAAGGGGGTTCTTTAAAATATATTCCAAGCCCACATTAATTT
     
112. CTAGTAACTTTTTGGTGTAGACTCATTTTTACTTGCTAAAAAACCTGAGCACGTGTTCCTCATAT
     
113. TAGTTTTCTGAGTAAAGCTGGAAAGGGCACTTGAAATGCATAAGGTTAGGAATCATATAGAAAAT
     
114. CTTAAGAGCTTTAGTTAGAATAGTGTTTCTAACACAGTACACATTTATATAACCAGACTCTTAGA
     
115. AGGCTAAAGACATTCAGTAAAGAGCCTGAAATTGGAATAAATGTTTCGATCAAAGTGAAAATTAA
     
116. CAGGCTTAGAATTAACCATGCTTCTACTATATTTTCTCAAAAGTGAAAAAGATGAATTCACTAGA
     
117. GCTTGGAGACTAATAATTCCTCTCTTCCTCCAAATTCCTTGCAAAAGACTATTATGATTCTAAGT
     
118. ACATATAAAGCCTAATAAATATAGATGACTTACTGGAATAACCATAATGTTTCTCTCCAGGAAGA
     
119. TCTTGTCAGCTTCTGGAGTTGTTGGCCCATTGGCACCTTCAGCAATGATCTGCAAGAGAGTCAGG
     
120. AACATAGAGAAATGCGAACACCACCGTCAAATCCCCTCCACTGAGGGCAAGAGATGTGCATATAT
     
121. GAACAAGGGGCTGTGGGGAGAAGCACAGTTTCAGTTAAAGTTAAATAGAGGTTATTTTTCTCTGC
     
122. CAAGTGTATAAAACTACCTTTCACTTTTCTATTTATCTAGGTTTTTTTTTTGTTTGCTTGTTTTT
     
123. TTTTTTTACAGGAGTGTCAGGCAGATGCGTTTGTTTTGGTAATGGTTGCACAACTCTGTGCCGGT
     
124. AGCTAAAAGCCATTAAATTATGTACCTTAAATGGGGGAACTGTATGGTATGTGCAGTATGTGCCA
     
125. ATAAAGCTGCTAAAAAGAAAGAGAAAACTCAATCAGACTCTTCTATGACCCCCCTAACGTCATTC
     
126. ACATTGATAATGTTGGTTCTGGTTTCTATAATGTTGTCACCTTGGCTTTGACTCTGGGTGCGTTG
     
127. GATTTGGTCAACTGCTTCTCACTGGCAGCTGGGATCAGTATGTCACAGTCGGCCTCCAAGATGCT
     
128. TCCTTCATAGGGCTTTGCCTTGGGGAAGCCCAGAATGGACCCATGTTGCTGCCATTGATTGAAAA
     
129. TCACAATTAATAGCTGCACCAGAGTTTTAAATATTTATATTTAGTGTCTATGCTATAAAAATGTA
     
130. TTAATACCAATTTGAAGTCTTCCAGTTCCTTTGGGTCAATACCATCTGGATTCCATATACTCCCA
     
131. TCAGACTCACCAACAGCAATACATTTAGCACCAAAACGATGTAAATATCTCATAGAGTGCAGGCC
     
132. CACATTACCAAATCCCTGTGAAGAACAATTACCCATAACACAAAAATTAAAGTCCTGGTATAGAC
     
133. AGCAAGAGTCATATTTTGACCAATGTAAATCCATACTCTGTTTATTTAGAAGCAATTCTCAAAAT
     
134. TCTTTTGCCAAAAGAAACAATGTACTAACTGGTTTCTCTTCAACAATAAAATTCTCTGTTTAAGA
     
135. ATGTGATGAGCGGGCATGGTGGCTCACGCTTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG
     
136. GATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCATGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAA
     
137. AAATACAAAAATTAGGCATGGGGTCCGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGAATGAGGTAGGA
     
138. GAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGACTGCACTCCAGCCTGGGCAATA
     
139. GGGTGAGACTCCATCTCAATCAATCAATAAATGGCAGTGGTGTTAAGTACACCACCACTTTTTGC
     
140. TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATAGCGG
     
141. AATCTCGGCTCACCACAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAG
     
142. TAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCTCGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGT
     
143. TTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCACTTCAGTCTGCT
     
144. AAAGTGCTGGGATTACAGCTGTGAGCCACAGTGCCCGGACTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCCAA
     
145. TTTGTATTTTATTTTTGCTAATTTAAAAAATAGTTAATAGAATATCAGAAATACTGAACATTATC
     
146. ATTTCCATAAATGCAAGAGTGTATACATTTTCCACACACTGAGTACTAGCTAGATTTTCTATGAT
     
147. AAACTCTGACCACTTCTTCAGGCAATTCATGTACTTACTTCAGCATTATCATTAATGATGAAGGT
     
148. TCTAGAACCATCATGAACAAGGGTCCCATCTTCACACAAGTTACTTAACTGCTGGGAGGCTCTAT
     
149. TTCATCTTATGTAAACTACAGATAATACCTACTCACCTCAAGGGTATATCAAGAGTTTATGTAAG
     
150. CTAAGTTTGTAGAAAGTAGTTAGCACAGTGCCAGGAAGGGTCCAAGAAGAAATGGTACTTACTAT
     
151. GAAATATTTGTACGTATATATGTATGCATGTTAATGAGCTCTTATTAGCTGTGTTCATTAAAGGT
     
152. TTTCTCTATCCTGTGATTTGCTTTTAGATTTTGGAATACATTTCATTGTGCACATTCCATTTGTA
     
153. TTATTAATATAACAATATTTATTACTATTATTATTATCATCATCAATTCAATCACATCTACTGTA
     
154. TCCCTGATGATGACCATGATTCCTTTAATAATCATAAAACTCTCTTCCCTTCATCACGGGGTAAA
     
155. TAACCTATCACAATGCTGTAAGTCTCCATCAGCACCCCAGGCTGCCCCTGCTGACTTACCAGATC
     
156. TGCTACTTCAGCCAGATCAATCATCATGTTAATGTCACACCCACATTCAATAATGGTGAGTCGGA
     
157. GCTTTTTACCTGTAAGTGAAAAAGATAAAAATTTTACTTTAAAAAGACCCTGAAAAAAAAAAAAA
     
158. ACTGACTGACTGGGGGGGGGGGGACTGACTGACTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
     
159. AAAAAAAACCCCCCCCGGGGGGGGTTTTTTTTAAAAAAAACCCCCCCCGGGGGGGGTTTTTTTTT
     

复制代码

1. 
   
2. time awk -f a.awk datafile
   
3. 155:1:24:12:ACTGACTGACTG
   
4. 156:1:33:31:AAAAAAAACCCCCCCCGGGGGGGGTTTTTTT
   
5. 
   
6. real        9.3
   
7. user        9.3
   
8. sys         0.0
   

复制代码

lovelyarry

好像不能用二分法处理这个问题。
比如有一个串
AAAAACCCCCGGGGGT……………………AAAAACCCCCGGGGGT
重复子串长度为16，如果先找长度为15且符合条件的串是否有重复的，就不符合条件，但是找长度为16的就符合条件。
该怎么处理？
郁闷了一天了……

栗子tifa

嗨，两年后我也遇到了你的相同问题，不知道两年前你最后采用了何种方法，或者你现在有没有更好的算法啦。等待你的回复。

zhl1979

awk '{ for (l=10;l<50;l++){for(i=1;i<(10001-l);i++){a=substr($0,i,l) ;hash[a]++  ;   t=hashb[a]; t=i" "t; hashb[a]=t }}}END{for(a  in hash ){ if (hash[a]>1){ print a ,hash[a], hashb[a] }}}

[ 本帖最后由 zhl1979 于 2007-3-27 20:10 编辑 ]