怎样给linux打补丁？

haola

我们这里有台debian linux server,负责网络管理的人经常探测到这台机器有漏洞，需要打补丁。
例如
Vulnerabilities
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Apache mod_digest Nonce checking
PHP Variables Memory Disclosure
PHP exif_read_data() Buffer Overflow
PHP Arbitrary File Upload via $_Files
SNMP Default Communiity name
PHP memory_limit Remote Code Execution
PHP safe_mode_exec_dir Bypass
Apache mod_proxy Buffer Overflow
Apache 1.3.x mod_include Overflow
PHP realpath File Truncation
PHP Multiple Integer Overflows

请问
1. linux的补丁怎么打？
2. 有人用过foundstone这个工具没？
2. 各位对linux server的管理平时要注意哪些方面？