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【生物信息】一个perl脚本的求助 [复制链接]

sunzhiguolu

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307
程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
1楼 [报告]
发表于 2017-02-23 08:42 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my %hData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_])
  10. }

  12. foreach (keys %hData){
  13.         local ($_) = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
  14.         print @{$_}[-1];
  15. }

  17. __DATA__
  18. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  19. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  20. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  21. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  22. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  23. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  24. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  25. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  26. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  27. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  28. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  29. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
  30. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48.57,70,36,0,31,100,193419,193628,4.00E-16,82
  31. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,42.86,70,40,0,33,102,217170,217379,8.00E-13,68.9
  32. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
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  41. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  42. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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sunzhiguolu

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307
程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
2楼 [报告]
发表于 2017-02-23 11:17 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my %hData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_])
  10. }

  12. foreach (keys %hData){
  13.         my @aT = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
  14.         print  map(@{$_}[-1], grep (@{$aT[0]}[0] == @{$_}[0], @aT));
  15. }

  17. __DATA__
  18. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  19. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  20. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  21. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  22. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  23. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  24. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  25. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  26. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  27. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  28. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  29. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
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  32. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
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  38. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.89,76,32,0,31,106,49023242,49023469,1.00E-23,103
  39. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49341123,49340896,7.00E-23,101
  40. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49340178,49339951,7.00E-23,101
  41. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  42. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
3楼 [报告]
发表于 2017-02-23 15:28 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my @aData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         unless (@aData){
  10.                 @aData = ($id, $val, $_);
  11.                 next;
  12.         }
  13.         if ($aData[0] ne $id){
  14.                 print splice (@aData, 2);
  15.                 @aData = ($id, $val, $_);
  16.                 next;
  17.         }
  18.         if ($aData[1] == $val){
  19.                 push (@aData, $_);
  20.                 next;
  21.         }
  22.         @aData = ($id, $val, $_) if ($aData[1] < $val);
  23. }

  25. print splice (@aData, 2);

  27. __DATA__
  28. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  29. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  30. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  31. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  32. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  36. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  37. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  38. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  39. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
  40. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48.57,70,36,0,31,100,193419,193628,4.00E-16,82
  41. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,42.86,70,40,0,33,102,217170,217379,8.00E-13,68.9
  42. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  43. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  44. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  45. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
  46. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,60.53,76,30,0,31,106,49007223,49007450,1.00E-24,107
  47. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,52.13,94,41,2,16,106,48997867,48998145,6.00E-24,105
  48. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.89,76,32,0,31,106,49023242,49023469,1.00E-23,103
  49. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49341123,49340896,7.00E-23,101
  50. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49340178,49339951,7.00E-23,101
  51. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  52. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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4楼 [报告]
发表于 2017-03-02 11:04 |显示全部楼层
回复 12# rougayo
用逗号分割每条记录并返回一个列表，chomp 函数将列表元素中可能包含的换行符去掉。

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5楼 [报告]
发表于 2017-03-02 21:41 |显示全部楼层
回复 15# rougayo
我是按照你的要求将记录中每种生物名称作为 ID 对记录信息进行分类统计，输出前按照 L 列的数值做了一个降序排序 将第一个元素的值输出。即你说的 Score 最大值的那个元素。
如果输出结果不是你逾期的结果，请将你的最优的 Score (L 列) 的提取条件说明，方便的话 请给出一个示例并提供一个结果。谢谢。

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6楼 [报告]
发表于 2017-03-03 11:28 |显示全部楼层
回复 17# rougayo
麻烦你 将包含下面这条记录的部分示例数据贴出来下 (贴出一块数据, 不要部分内容 这样我也便于判断是不是我的程序逻辑出现问题导致结果 出错)，不用这么客气，我也是通过大家的帮助指点 一点一点学习的。
ENSMEUP00000000639gnl|UMD3.1|GK000015.265.97144101110548997711489981423.00E-51184
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7楼 [报告]
发表于 2017-03-03 13:11 |显示全部楼层
回复 19# rougayo
问题可能是由于 split 函数的分割限定符导致的。还是先前的代码将 split 的分割限定符更改为默认就好。
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my %hData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         my @aT = split;   # 这里改为默认的形式
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_]);
  10. }

  12. foreach (keys %hData){
  13.         my @aT = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
  14.         print  map(@{$_}[-1], grep (@{$aT[0]}[0] == @{$_}[0], @aT));
  15. }
  16. __DATA__
  17. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    65.97    144    10    1    1    105    48997711    48998142    3.00E-51    184
  18. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
  19. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.44    36    11    0    1    36    49039265    49039372    3.00E-43    55.1
  20. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
  21. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    67.74    31    10    0    1    31    49007008    49007100    8.00E-39    48.1
  22. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49341123    49340899    3.00E-33    132
  23. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49340178    49339954    3.00E-33    132
  24. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49073678    49073902    3.00E-33    132
  25. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    75    72    18    0    34    105    49049276    49049491    2.00E-31    126
  26. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    74.67    75    19    0    31    105    49023242    49023466    6.00E-31    125
  27. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    42.57    148    42    1    1    105    49056399    49056842    2.00E-27    115
  28. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.86    73    22    0    31    103    49012674    49012892    5.00E-25    108
  29. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    83.33    30    5    0    118    147    48999269    48999358    5.00E-09    60.5
  30. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49008325    49008414    4.00E-06    51.6
  31. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49050371    49050460    6.00E-06    50.8
  32. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    207465    207671    8.00E-10    63.2
  33. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    193419    193625    1.00E-09    62.8
  34. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    211185    211391    3.00E-09    61.2
  35. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    214239    214445    4.00E-09    60.8
  36. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    39.19    74    39    1    31    104    209012    209215    1.00E-08    58.9
  37. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    43.84    73    35    2    33    105    217170    217370    4.00E-06    51.2
  38. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000011.2    49.33    75    38    0    72    146    650507    650283    2.00E-09    62
  39. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    65.97    144    10    1    1    105    48997711    48998142    3.00E-51    184
  40. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
  41. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.44    36    11    0    1    36    49039265    49039372    3.00E-43    55.1
  42. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
  43. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    67.74    31    10    0    1    31    49007008    49007100    8.00E-39    48.1
  44. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49341123    49340899    3.00E-33    132
  45. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49340178    49339954    3.00E-33    132
  46. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49073678    49073902    3.00E-33    132
  47. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    75    72    18    0    34    105    49049276    49049491    2.00E-31    126
  48. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    74.67    75    19    0    31    105    49023242    49023466    6.00E-31    125
  49. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    42.57    148    42    1    1    105    49056399    49056842    2.00E-27    115
  50. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.86    73    22    0    31    103    49012674    49012892    5.00E-25    108
  51. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    83.33    30    5    0    118    147    48999269    48999358    5.00E-09    60.5
  52. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49008325    49008414    4.00E-06    51.6
  53. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49050371    49050460    6.00E-06    50.8
  54. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    207465    207671    8.00E-10    63.2
  55. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    193419    193625    1.00E-09    62.8
  56. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    211185    211391    3.00E-09    61.2
  57. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    214239    214445    4.00E-09    60.8
  58. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    39.19    74    39    1    31    104    209012    209215    1.00E-08    58.9
  59. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    43.84    73    35    2    33    105    217170    217370    4.00E-06    51.2
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  62. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
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  64. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
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发表于 2017-03-03 18:53 |显示全部楼层
回复 22# rougayo
2. 标量 $id 是 ID,
@{$hData{$id}} 对键值为 $id 的哈希变量 %hData 进行解引用操作
push (@{$hData{$id}}, [$val, $_]) 将标量 $val, $_ 作为匿名数组 [$val, $_] 添加到被解引用后的哈希变量中

3. 根据指定的键值 ($id) 对哈希变量 %hData 进行解引用操作，且对解引用后的匿名数组进行降序排序，
排序依据为匿名数组中的索引值为 0 的元素 (即:根据 $val 的值)


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