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【生物信息】一个perl脚本的求助 [复制链接]

rougayo

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1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2017-02-15 21:40 |只看该作者 |倒序浏览
整理出来的BLAST结果，几百条序列与一个基因组进行比对，得到了10000多条结果。我想要写一个处理这个数据的小脚本。脚本的功能是：每一个序列所比对出来的数十条结果中，选出得分最高的。即多少个序列便应该得到几个最优的结果。
以下是我写的脚本：（但是实现不了这个功能T.T，求助大神！！）
#!/usr/bin/perl -w


my $FIN=shift;
open(IN,"< $FIN")||die;
open(FOUT,"> $0.out.txt")||die;


my%best;
while(<IN>){
chomp;
my@a=split(/\t/);


$queryid=$a[0];
$score=$a[11];


$best{$queryid}{$score}=$_;
foreach my $queryid(sort keys%best){
foreach my $score(sort{$b<=>$a} keys%{$best{$queryid}}){
print FOUT"{$queryid}{$score}=>$_\n";
last;
}
}
}
close IN;
close FOUT;
rougayo

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2楼 [报告]
发表于 2017-02-16 13:09 |只看该作者
555没有大神能帮个忙么
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华小飞_Perl

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3楼 [报告]
发表于 2017-02-20 14:23 |只看该作者
楼主，有相关数据吗，单从这样看很吃力的~
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rougayo

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4楼 [报告]
发表于 2017-02-22 22:52 |只看该作者
回复 3# 华小飞_Perl您好，数据如图。
A栏为序列的名字，每个序列都有多个比对的结果。我的目的是想输出每个序列的多个结果中分值（L栏）最高的那一行结果。

QQ图片20170222224623.png (88.66 KB, 下载次数: 68)

QQ图片20170222224623.png
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sunzhiguolu

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程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
5楼 [报告]
发表于 2017-02-23 08:42 |只看该作者
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my %hData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_])
  10. }

  12. foreach (keys %hData){
  13.         local ($_) = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
  14.         print @{$_}[-1];
  15. }

  17. __DATA__
  18. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  19. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  20. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  21. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  22. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  23. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  24. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  25. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  26. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  27. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  28. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  29. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
  30. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48.57,70,36,0,31,100,193419,193628,4.00E-16,82
  31. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,42.86,70,40,0,33,102,217170,217379,8.00E-13,68.9
  32. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
  36. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,60.53,76,30,0,31,106,49007223,49007450,1.00E-24,107
  37. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,52.13,94,41,2,16,106,48997867,48998145,6.00E-24,105
  38. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.89,76,32,0,31,106,49023242,49023469,1.00E-23,103
  39. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49341123,49340896,7.00E-23,101
  40. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49340178,49339951,7.00E-23,101
  41. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  42. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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6楼 [报告]
发表于 2017-02-23 11:03 |只看该作者

如 第一个序列 第L栏 有两个最大值(54.7), 这两条对应的记录都要取吗?
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程序设计版块每周发帖之星 日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星 日期:2015-09-02 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-02 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-04 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-04 06:20:00每周论坛发贴之星 日期:2015-09-06 22:22:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-09 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-19 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-20 06:20:00每日论坛发贴之星 日期:2015-09-20 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-22 06:20:00程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-09-24 06:20:00
7楼 [报告]
发表于 2017-02-23 11:17 |只看该作者
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my %hData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_])
  10. }

  12. foreach (keys %hData){
  13.         my @aT = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
  14.         print  map(@{$_}[-1], grep (@{$aT[0]}[0] == @{$_}[0], @aT));
  15. }

  17. __DATA__
  18. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  19. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  20. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  21. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  22. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  23. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  24. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  25. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  26. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  27. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  28. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  29. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
  30. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48.57,70,36,0,31,100,193419,193628,4.00E-16,82
  31. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,42.86,70,40,0,33,102,217170,217379,8.00E-13,68.9
  32. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
  36. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,60.53,76,30,0,31,106,49007223,49007450,1.00E-24,107
  37. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,52.13,94,41,2,16,106,48997867,48998145,6.00E-24,105
  38. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.89,76,32,0,31,106,49023242,49023469,1.00E-23,103
  39. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49341123,49340896,7.00E-23,101
  40. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49340178,49339951,7.00E-23,101
  41. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  42. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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8楼 [报告]
发表于 2017-02-23 11:55 |只看该作者

  1. awk -F, 'NR==FNR{if($NF>a[$1])a[$1]=$NF;next}$NF==a[$1]' file file
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发表于 2017-02-23 15:28 |只看该作者
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  5. my @aData = ();
  6. while (<DATA>){
  7.         chomp (my @aT = split (/,/));
  8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
  9.         unless (@aData){
  10.                 @aData = ($id, $val, $_);
  11.                 next;
  12.         }
  13.         if ($aData[0] ne $id){
  14.                 print splice (@aData, 2);
  15.                 @aData = ($id, $val, $_);
  16.                 next;
  17.         }
  18.         if ($aData[1] == $val){
  19.                 push (@aData, $_);
  20.                 next;
  21.         }
  22.         @aData = ($id, $val, $_) if ($aData[1] < $val);
  23. }

  25. print splice (@aData, 2);

  27. __DATA__
  28. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,211170,211430,3.00E-07,54.7
  29. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,33.33,102,53,3,26,127,214224,214484,3.00E-07,54.7
  30. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.27,81,44,2,28,108,207456,207680,2.00E-06,52
  31. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000025.2,38.46,78,42,2,31,108,193419,193634,3.00E-06,52
  32. ENSXMAP00000010943,anllUMD3.1IGK000011.2,38.16,76,46,1,72,147,650507,650283,7.00E-07,53.5
  33. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,214239,214454,2.00E-24,77.8
  34. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,214547,214675,2.00E-24,56.2
  35. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,47.22,72,38,0,31,102,211185,211400,6.00E-24,75.9
  36. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,211493,211621,6.00E-24,56.2
  37. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,43.84,73,40,1,31,103,209012,209227,6.00E-18,68.6
  38. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5116,43,21,0,99,141,209328,209456,6.00E-18,431
  39. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48,75,39,0,26,100,207450,207674,3.00E-16,824
  40. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,48.57,70,36,0,31,100,193419,193628,4.00E-16,82
  41. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,42.86,70,40,0,33,102,217170,217379,8.00E-13,68.9
  42. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,40.62,32,19,0,106,137,217484,217579,8.00E-13,254
  43. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,5814,43,18,0,99,141,193823,193951,5.00E-07,54.3
  44. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000025.2,59.52,42,17,0,99,140,207870,207995,1.00E-06,52.8
  45. ENSXMAP00000017412,anllUMD3.1IGK000011.2,49.28,69,35,0,73,141,650486,650280,4.00E-11,66.6
  46. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,60.53,76,30,0,31,106,49007223,49007450,1.00E-24,107
  47. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,52.13,94,41,2,16,106,48997867,48998145,6.00E-24,105
  48. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.89,76,32,0,31,106,49023242,49023469,1.00E-23,103
  49. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49341123,49340896,7.00E-23,101
  50. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49340178,49339951,7.00E-23,101
  51. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,56.58,76,33,0,31,106,49073678,49073905,7.00E-23,101
  52. ENSXMAP00000017436,anllUMD3.1IGK000015.2,57.53,73,31,0,34,106,49049276,49049494,6.00E-22,99
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rougayo

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10楼 [报告]
发表于 2017-02-28 11:12 |只看该作者
回复 8# moperyblue

你好 请问这个代码是说明什么呢？
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