【新手】怎么用perl写一个脚本比较两个基因文件里相同的语段再输出到新的文件里

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1. awk 'NR==FNR{a[$2$1]=1;next}a[$1$2]' A B > C

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awk
一般linux都有 你试试看

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more A B

1. ::::::::::::::
   
2. A
   
3. ::::::::::::::
   
4. Cotton_A_32900_BGI-A2_v1.0        AD2_NBI.cds:Gbscaffold8330.2.0        99.551        445        2        0        1        445        652        1096
   
5. ::::::::::::::
   
6. B
   
7. ::::::::::::::
   
8. a
   
9. AD2_NBI.cds:Gbscaffold8330.2.0    Cotton_A_32900_BGI-A2_v1.0        99.551        445        2        0        1        445        652        1096
   
10. b

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awk 'NR==FNR{a[$2$1]=1;next}a[$1$2]' A B

1. AD2_NBI.cds:Gbscaffold8330.2.0    Cotton_A_32900_BGI-A2_v1.0        99.551        445        2        0        1        445        652        1096

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是什么情况? 按2楼 最后生成的C文件不是你想要的结果吗

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回复 14# 酸奶盒


A和B文件的原始数据格式能发一下吗?

moperyblue

回复 19# 酸奶盒

很明显 原始数据跟你提供的内容格式不一样

1. awk -F'[:|\t]' 'NR==FNR{a[$2$3$1]=1;next}a[$2$3$4]'  GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt > C

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回复 23# 酸奶盒


一般linux系统都有awk工具 你可以查一下 man awk

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回复 25# 酸奶盒


应该是那些文件跟你提供的那两个文件的数据格式不一样吧 你查看一下

moperyblue

回复 26# 酸奶盒


有问题发出来一起讨论吧

1. info awk

2.
http://bbs.chinaunix.net/thread-2309494-1-1.html
http://bbs.chinaunix.net/thread-2312439-1-1.html

...

moperyblue

回复 34# 酸奶盒


别的基因组数据格式跟你提供的这两个文件( GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt)格式不一样