perl

super_two

这是我写的，结果不对，我并没有办法将我说的思路用perl写出来，麻烦您看看
#!/usr/bin/perl   -w
use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;

my $data=$ARGV[0];

open (W,"<$data") || die $!;
    my %gene;
    while(<W>){
    chomp;
    $gene{$_}++;
}
close W;

open (M,"> $data.longest") || die $!;

my $all=Bio::SeqIO->new(-file=>"$data",-format=>'fasta');
while(my $seq=$all->next_seq){
    my $id=$seq->id;
    my $seq=$seq->seq;
     $gene{$seq}=length($seq);
push(my @length,$gene{$seq});
my @ids=split(/\|/,$id);
    my @newid=split(/\./,$id);
    foreach $a (@newid){
        if ($a){
            my @length_1 = sort{$a<=>$b}@length;
            print ">$id\n";
            print "$seq\n";
        }
        else{
            print ">$id\t";
            print "$seq\n";


        }
    }
}
close M;回复 9# MMMIX


   

super_two

这是我写的，结果不对，我并没有办法将我说的思路用perl写出来，麻烦您看看
#!/usr/bin/perl   -w
use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;

my $data=$ARGV[0];

open (W,"<$data") || die $!;
    my %gene;
    while(<W>){
    chomp;
    $gene{$_}++;
}
close W;

open (M,"> $data.longest") || die $!;

my $all=Bio::SeqIO->new(-file=>"$data",-format=>'fasta');
while(my $seq=$all->next_seq){
    my $id=$seq->id;
    my $seq=$seq->seq;
     $gene{$seq}=length($seq);
push(my @length,$gene{$seq});
my @ids=split(/\|/,$id);
    my @newid=split(/\./,$id);
    foreach $a (@newid){
        if ($a){
            my @length_1 = sort{$a<=>$b}@length;
            print ">$id\n";
            print "$seq\n";
        }
        else{
            print ">$id\t";
            print "$seq\n";


        }
    }
}
close M

j_cle

回复 10# 聆雨淋夜

1. awk -F '[. ]+' '$1!=a{ml=length($3);a=$1;b[$1]=$3}$1==a{if(length($3)>ml){ml=length($3);b[$1]=$3}}END{for(i in b)print i"  "b[i]}' file

复制代码

请教下 $1!=a{}$1==a{}  这个结构是什么意思？以前还没有见过这种写法，
我自己猜想是
如果在匹配的过程中   $1如果相同的话执行==后面的表达式{}，如果$1不相同的话执行！=后面的表达式
是这样理解的么？
这种用法是叫什么呢？哪里能找到相关的资料，想具体学习下，谢谢！

MMMIX

回复 11# super_two


    其实, 你只需要逐个读取序列, 对于每个 id, 只保留最长的那个序列即可.

聆雨淋夜

回复 13# j_cle

a是上一行的$1，$1!=a 表示当前行的$1和上一行的$1不一样了，这样就进行ml和b[$1]的初始化


   

聆雨淋夜

回复 13# j_cle
其实不需要这么区分的，见CU的大神写过类似的，只是我想不起来怎么写的了。


   

super_two

您可以写一个脚本让我看一下整个语法过程吗？见过的脚本太少，无法把握整体的语法结构 回复 15# 聆雨淋夜


   

super_two

您可以写一个脚本让我看一下整个语法过程吗？见过的脚本太少，无法把握整体的语法结构回复 14# MMMIX


   

MMMIX

回复 18# super_two


    真心建议你找些 Perl 编程的书好好看看, 不过估计你是听不进去的.

无论如何, 下述脚本演示了解决你的问题的一种方法. 另外,如果在你的输入文件中,id相同的序列顺序出现,那么也可以不用hash.

1. 
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. use v5.14;
   
6. 
   
7. my %record;
   
8. while (<DATA>) {
   
9.     my @f = split;
   
10.     $f[0] =~ s/(?:\.\d*)?$//;
    
11.     if (! $record{$f[0]} || $record{$f[0]}->[0] < length($f[1])) {
    
12.         $record{$f[0]} = [length $f[1], $f[1]];
    
13.     }
    
14. }
    
15. 
    
16. say "output version 1:";
    
17. while (my ($id, $seq) = each %record) {
    
18.     say "$id\t", $seq->[1];
    
19. }
    
20. 
    
21. say "output version 2:";
    
22. for my $id (sort keys %record) {
    
23.     printf "%-12s %s\n", $id, $record{$id}->[1];
    
24. }
    
25. 
    
26. __DATA__
    
27. qwer.1         AFRTYUIFGHJKLVBNM
    
28. qwer.2         BVXNVFGSFYEBCSHB
    
29. qwer.3         HDFKSHFGSERYFIEURHFSUFDSHVBSJEUABFUHABFCAHFBC
    
30. rtyuip00.1    AFHBVSFHUACFKUSHDBAKFHAKUFHSADKFUA
    
31. hhjkl.1         JDNVKHFBAKHFAKFAFJNSADFJAS
    
32. hhjk.2         HFSDHNFKANFAKFIJI
    
33. hhjk.3         JNFAJNFALSDFLMAD
    
34. hhjk.4         KJGSEGJOAKFFDSMFAPOKEF
    

复制代码

聆雨淋夜

回复 19# MMMIX
perl可读性好差