请问如何对多个文件执行相同的命令

chenjiali1

我对文件的处理命令行是这样的：
cat 11.out|grep "^gi">11_oute-5
cat 11_oute-5|cut -f1>11_f1
cat 11_oute-5|cut -f2>11_f2
perl ../x4.pl 11_f1 ../inverginame

我现在有几十个文件，分别叫11，12，13.。。。。。请问如何用bash命令实现对每个文件执行上面的命令行。我不知道$怎么用？谢谢大家！

yinyuemi

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    这个？

1. for filename in `ls *.out`
   
2. do
   
3. cat $filename|grep "^gi">$filenamee-5
   
4. cat $filenamee-5|cut -f1>$filename_f1
   
5. cat $filenamee-5|cut -f2>$filename_f2
   
6. perl ../x4.pl $filename_f1 ../inverginame
   
7. done
   

复制代码

chenjiali1

回复 2# yinyuemi


    我试了一下，好像不行哦。
提示是这样的。
11.sh: 6: cannot create : Directory nonexistent
cat：无效选项 -- 5
请尝试执行“cat --help”来获取更多信息。
11.sh: 6: cannot create : Directory nonexistent
cat：无效选项 -- 5
请尝试执行“cat --help”来获取更多信息。
11.sh: 6: cannot create : Directory nonexistent
cat：无效选项 -- 5
请尝试执行“cat --help”来获取更多信息。
11.sh: 6: cannot create : Directory nonexistent
cat：无效选项 -- 5
请尝试执行“cat --help”来获取更多信息。

yinyuemi

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    我试了一下，好像不行哦。
提示是这样的。
11.sh: 6: cannot create : Directo ...
chenjiali1 发表于 2011-07-06 15:12

这样呢？
        for filename in `ls *.out`
    do
    grep "^gi" $filename >$filename_gi
    cut -f1 < $filename_gi>$filename_f1
    cut -f2 < $filename_gi>$filename_f2
    perl ../x4.pl $filename_f1 ../inverginame
    done

chenjiali1

11.sh: 7: cannot create : Directory nonexistent
11.sh: 7: cannot open : No such file
11.sh: 7: cannot open : No such file
这次提示是这样的，是不是我有什么环境变量没定义好啊，我看我同学的程序写的和这个差不多，可以跑，我的怎么就不行呢？
他有个sh是这样的
for a in 'cat name';
do cd $a;
perl x4.pl;
cd ../;
done;

ly5066113

cat 11.out|grep "^gi">11_oute-5
cat 11_oute-5|cut -f1>11_f1
cat 11_oute-5|cut -f2>11_f2
这3句用1句 awk 就可以完成：
awk '/^gi/{print $1>"11_f1";print $2>"11_f2"}' 11.out

x4.pl 不知道是什么内容，应该都可以合到 awk 一起做掉

chenjiali1

回复 6# ly5066113


    谢谢，这些命令倒是无所谓的，因为生成的每个文件我后面都用的到，所以我这样写的，f1，f2后面还都用的着的。我主要是想知道怎么对多个文件执行相同的操作。望指教！

yinyuemi

回复 5# chenjiali1


    你的sh脚本第7行是那句代码？
   感觉是perl脚本读取文件出错了

chenjiali1

回复 8# yinyuemi


    第7行是done，我把前面的行去掉的话，每次出问题都是提示在done哪一行，咋回事呢？
这样输的话
for filename in `ls *.out`
    do
    grep "^gi" $filename >$filename_gi
    done
提示就是这样的
11.sh: 4: cannot create : Directory nonexistent
11.sh: 4: cannot create : Directory nonexistent

yinyuemi

回复 9# chenjiali1


    你的文件名中包含'/'么？
   贴一下ls *.out 看下