【生物信息】一个perl脚本的求助

rougayo

整理出来的BLAST结果，几百条序列与一个基因组进行比对，得到了10000多条结果。我想要写一个处理这个数据的小脚本。脚本的功能是：每一个序列所比对出来的数十条结果中，选出得分最高的。即多少个序列便应该得到几个最优的结果。
以下是我写的脚本：（但是实现不了这个功能T.T，求助大神！！）
#!/usr/bin/perl -w


my $FIN=shift;
open(IN,"< $FIN")||die;
open(FOUT,"> $0.out.txt")||die;


my%best;
while(<IN>){
chomp;
my@a=split(/\t/);


$queryid=$a[0];
$score=$a[11];


$best{$queryid}{$score}=$_;
foreach my $queryid(sort keys%best){
foreach my $score(sort{$b<=>$a} keys%{$best{$queryid}}){
print FOUT"{$queryid}{$score}=>$_\n";
last;
}
}
}
close IN;
close FOUT;

b114213903

回复 1# rougayo

如果是本地BLAST，可以直接在命令行里限制每次比对输出的匹配序列数目；
一方面，可以提高检索速度，另一方面，也方便你查看结果。

比如BLAST+中的blastn参数如下（具体代表意义，可以用 blastn -help 来获取）：

1. liu@Liu-P50:~$ blastn -h
   
2. USAGE
   
3.   blastn [-h] [-help] [-import_search_strategy filename]
   
4.     [-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name]
   
5.     [-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-seqidlist filename]
   
6.     [-negative_gilist filename] [-entrez_query entrez_query]
   
7.     [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-db_hard_mask filtering_algorithm]
   
8.     [-subject subject_input_file] [-subject_loc range] [-query input_file]
   
9.     [-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value]
   
10.     [-gapopen open_penalty] [-gapextend extend_penalty]
    
11.     [-perc_identity float_value] [-qcov_hsp_perc float_value]
    
12.     [-max_hsps int_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value]
    
13.     [-xdrop_gap_final float_value] [-searchsp int_value]
    
14.     [-sum_stats bool_value] [-penalty penalty] [-reward reward] [-no_greedy]
    
15.     [-min_raw_gapped_score int_value] [-template_type type]
    
16.     [-template_length int_value] [-dust DUST_options]
    
17.     [-filtering_db filtering_database]
    
18.     [-window_masker_taxid window_masker_taxid]
    
19.     [-window_masker_db window_masker_db] [-soft_masking soft_masking]
    
20.     [-ungapped] [-culling_limit int_value] [-best_hit_overhang float_value]
    
21.     [-best_hit_score_edge float_value] [-window_size int_value]
    
22.     [-off_diagonal_range int_value] [-use_index boolean] [-index_name string]
    
23.     [-lcase_masking] [-query_loc range] [-strand strand] [-parse_deflines]
    
24.     [-outfmt format] [-show_gis] [-num_descriptions int_value]
    
25.     [-num_alignments int_value] [-line_length line_length] [-html]
    
26.     [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote]
    
27.     [-version]
    
28. 
    
29. DESCRIPTION
    
30.    Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.31+
    
31. 
    
32. Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments

复制代码

b114213903

回复 1# rougayo

如果是本地BLAST，可以直接在命令行里限制每次比对输出的匹配序列数目；
一方面，可以提高检索速度，另一方面，也方便你查看结果。

比如BLAST+中的blastn参数如下（具体每个参数代表意义，可以用 blastn -help 来获取）：

1. liu@Liu-P50:~$ blastn -h
   
2. USAGE
   
3.   blastn [-h] [-help] [-import_search_strategy filename]
   
4.     [-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name]
   
5.     [-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-seqidlist filename]
   
6.     [-negative_gilist filename] [-entrez_query entrez_query]
   
7.     [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-db_hard_mask filtering_algorithm]
   
8.     [-subject subject_input_file] [-subject_loc range] [-query input_file]
   
9.     [-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value]
   
10.     [-gapopen open_penalty] [-gapextend extend_penalty]
    
11.     [-perc_identity float_value] [-qcov_hsp_perc float_value]
    
12.     [-max_hsps int_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value]
    
13.     [-xdrop_gap_final float_value] [-searchsp int_value]
    
14.     [-sum_stats bool_value] [-penalty penalty] [-reward reward] [-no_greedy]
    
15.     [-min_raw_gapped_score int_value] [-template_type type]
    
16.     [-template_length int_value] [-dust DUST_options]
    
17.     [-filtering_db filtering_database]
    
18.     [-window_masker_taxid window_masker_taxid]
    
19.     [-window_masker_db window_masker_db] [-soft_masking soft_masking]
    
20.     [-ungapped] [-culling_limit int_value] [-best_hit_overhang float_value]
    
21.     [-best_hit_score_edge float_value] [-window_size int_value]
    
22.     [-off_diagonal_range int_value] [-use_index boolean] [-index_name string]
    
23.     [-lcase_masking] [-query_loc range] [-strand strand] [-parse_deflines]
    
24.     [-outfmt format] [-show_gis] [-num_descriptions int_value]
    
25.     [-num_alignments int_value] [-line_length line_length] [-html]
    
26.     [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote]
    
27.     [-version]
    
28. 
    
29. DESCRIPTION
    
30.    Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.31+
    
31. 
    
32. Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments

复制代码

sunzhiguolu

回复 22# rougayo
2. 标量 $id 是 ID,
@{$hData{$id}} 对键值为 $id 的哈希变量 %hData 进行解引用操作
push (@{$hData{$id}}, [$val, $_]) 将标量 $val, $_ 作为匿名数组 [$val, $_] 添加到被解引用后的哈希变量中

3. 根据指定的键值 ($id) 对哈希变量 %hData 进行解引用操作，且对解引用后的匿名数组进行降序排序，
排序依据为匿名数组中的索引值为 0 的元素 (即:根据 $val 的值)

rougayo

回复 20# sunzhiguolu

你好！刚验证了一下，成功的运行了脚本且达到了所要的目的，对此真的非常的感谢你！对于脚本，自己在理解的过程中还是存在一些问题的：
1.为什么split改为默认后与用“，”分割会导致结果数据的不同？
2.push (@{$hData{$id}}, [$val, $_]);
这个语句中，@{$hData{$id}} 指的是什么呀？%hData 中存的键是ID，值是val么？，这个我有点不太明白，也不太懂，push“[$val, $_]”数组的末端是为啥....
3. my @aT = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}}
排序的时候，我【0】指的不是ID么，排序不是按照分值（val）的大小来排么？

sunzhiguolu

perl abc.pl
-----------------------------
ENSMEUP00000000639      gnl|UMD3.1|GK000015.2   65.97   144     10      1       1       105     48997711        48998142        3.00E-51        184
ENSMEUP00000000639      gnl|UMD3.1|GK000015.2   65.97   144     10      1       1       105     48997711        48998142        3.00E-51        184
ENSMEUP00000000639      gnl|UMD3.1|GK000015.2   65.97   144     10      1       1       105     48997711        48998142        3.00E-51        184

sunzhiguolu

回复 19# rougayo
问题可能是由于 split 函数的分割限定符导致的。还是先前的代码将 split 的分割限定符更改为默认就好。

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. my %hData = ();
   
6. while (<DATA>){
   
7.         my @aT = split;   # 这里改为默认的形式
   
8.         my ($id, $val) = @aT[0, -1];
   
9.         push (@{$hData{$id}}, [$val, $_]);
   
10. }
    
11. 
    
12. foreach (keys %hData){
    
13.         my @aT = sort {$b->[0] <=> $a->[0]} @{$hData{$_}};
    
14.         print  map(@{$_}[-1], grep (@{$aT[0]}[0] == @{$_}[0], @aT));
    
15. }
    
16. __DATA__
    
17. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    65.97    144    10    1    1    105    48997711    48998142    3.00E-51    184
    
18. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
    
19. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.44    36    11    0    1    36    49039265    49039372    3.00E-43    55.1
    
20. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
    
21. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    67.74    31    10    0    1    31    49007008    49007100    8.00E-39    48.1
    
22. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49341123    49340899    3.00E-33    132
    
23. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49340178    49339954    3.00E-33    132
    
24. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49073678    49073902    3.00E-33    132
    
25. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    75    72    18    0    34    105    49049276    49049491    2.00E-31    126
    
26. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    74.67    75    19    0    31    105    49023242    49023466    6.00E-31    125
    
27. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    42.57    148    42    1    1    105    49056399    49056842    2.00E-27    115
    
28. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.86    73    22    0    31    103    49012674    49012892    5.00E-25    108
    
29. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    83.33    30    5    0    118    147    48999269    48999358    5.00E-09    60.5
    
30. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49008325    49008414    4.00E-06    51.6
    
31. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49050371    49050460    6.00E-06    50.8
    
32. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    207465    207671    8.00E-10    63.2
    
33. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    193419    193625    1.00E-09    62.8
    
34. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    211185    211391    3.00E-09    61.2
    
35. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    214239    214445    4.00E-09    60.8
    
36. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    39.19    74    39    1    31    104    209012    209215    1.00E-08    58.9
    
37. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    43.84    73    35    2    33    105    217170    217370    4.00E-06    51.2
    
38. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000011.2    49.33    75    38    0    72    146    650507    650283    2.00E-09    62
    
39. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    65.97    144    10    1    1    105    48997711    48998142    3.00E-51    184
    
40. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
    
41. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.44    36    11    0    1    36    49039265    49039372    3.00E-43    55.1
    
42. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
    
43. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    67.74    31    10    0    1    31    49007008    49007100    8.00E-39    48.1
    
44. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49341123    49340899    3.00E-33    132
    
45. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49340178    49339954    3.00E-33    132
    
46. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49073678    49073902    3.00E-33    132
    
47. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    75    72    18    0    34    105    49049276    49049491    2.00E-31    126
    
48. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    74.67    75    19    0    31    105    49023242    49023466    6.00E-31    125
    
49. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    42.57    148    42    1    1    105    49056399    49056842    2.00E-27    115
    
50. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.86    73    22    0    31    103    49012674    49012892    5.00E-25    108
    
51. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    83.33    30    5    0    118    147    48999269    48999358    5.00E-09    60.5
    
52. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49008325    49008414    4.00E-06    51.6
    
53. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49050371    49050460    6.00E-06    50.8
    
54. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    207465    207671    8.00E-10    63.2
    
55. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    193419    193625    1.00E-09    62.8
    
56. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    211185    211391    3.00E-09    61.2
    
57. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    214239    214445    4.00E-09    60.8
    
58. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    39.19    74    39    1    31    104    209012    209215    1.00E-08    58.9
    
59. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    43.84    73    35    2    33    105    217170    217370    4.00E-06    51.2
    
60. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000011.2    49.33    75    38    0    72    146    650507    650283    2.00E-09    62
    
61. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    65.97    144    10    1    1    105    48997711    48998142    3.00E-51    184
    
62. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    88    75    9    0    31    105    49039470    49039694    3.00E-43    142
    
63. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.44    36    11    0    1    36    49039265    49039372    3.00E-43    55.1
    
64. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    78.67    75    16    0    31    105    49007223    49007447    8.00E-39    134
    
65. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    67.74    31    10    0    1    31    49007008    49007100    8.00E-39    48.1
    
66. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49341123    49340899    3.00E-33    132
    
67. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49340178    49339954    3.00E-33    132
    
68. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    81.33    75    14    0    31    105    49073678    49073902    3.00E-33    132
    
69. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    75    72    18    0    34    105    49049276    49049491    2.00E-31    126
    
70. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    74.67    75    19    0    31    105    49023242    49023466    6.00E-31    125
    
71. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    42.57    148    42    1    1    105    49056399    49056842    2.00E-27    115
    
72. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    69.86    73    22    0    31    103    49012674    49012892    5.00E-25    108
    
73. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    83.33    30    5    0    118    147    48999269    48999358    5.00E-09    60.5
    
74. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49008325    49008414    4.00E-06    51.6
    
75. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000015.2    70    30    9    0    118    147    49050371    49050460    6.00E-06    50.8
    
76. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    207465    207671    8.00E-10    63.2
    
77. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    42.67    75    37    2    31    105    193419    193625    1.00E-09    62.8
    
78. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    211185    211391    3.00E-09    61.2
    
79. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    44    75    36    2    31    105    214239    214445    4.00E-09    60.8
    
80. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    39.19    74    39    1    31    104    209012    209215    1.00E-08    58.9
    
81. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000025.2    43.84    73    35    2    33    105    217170    217370    4.00E-06    51.2
    
82. ENSMEUP00000000639    gnl|UMD3.1|GK000011.2    49.33    75    38    0    72    146    650507    650283    2.00E-09    62

复制代码

rougayo

回复 18# sunzhiguolu

ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	65.97	144	10	1	1	105	48997711	48998142	3.00E-51	184
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	88	75	9	0	31	105	49039470	49039694	3.00E-43	142
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.44	36	11	0	1	36	49039265	49039372	3.00E-43	55.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	78.67	75	16	0	31	105	49007223	49007447	8.00E-39	134
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	67.74	31	10	0	1	31	49007008	49007100	8.00E-39	48.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49341123	49340899	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49340178	49339954	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49073678	49073902	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	75	72	18	0	34	105	49049276	49049491	2.00E-31	126
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	74.67	75	19	0	31	105	49023242	49023466	6.00E-31	125
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	42.57	148	42	1	1	105	49056399	49056842	2.00E-27	115
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.86	73	22	0	31	103	49012674	49012892	5.00E-25	108
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	83.33	30	5	0	118	147	48999269	48999358	5.00E-09	60.5
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49008325	49008414	4.00E-06	51.6
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49050371	49050460	6.00E-06	50.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	207465	207671	8.00E-10	63.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	193419	193625	1.00E-09	62.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	211185	211391	3.00E-09	61.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	214239	214445	4.00E-09	60.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	39.19	74	39	1	31	104	209012	209215	1.00E-08	58.9
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	43.84	73	35	2	33	105	217170	217370	4.00E-06	51.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000011.2	49.33	75	38	0	72	146	650507	650283	2.00E-09	62
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	65.97	144	10	1	1	105	48997711	48998142	3.00E-51	184
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	88	75	9	0	31	105	49039470	49039694	3.00E-43	142
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.44	36	11	0	1	36	49039265	49039372	3.00E-43	55.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	78.67	75	16	0	31	105	49007223	49007447	8.00E-39	134
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	67.74	31	10	0	1	31	49007008	49007100	8.00E-39	48.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49341123	49340899	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49340178	49339954	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49073678	49073902	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	75	72	18	0	34	105	49049276	49049491	2.00E-31	126
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	74.67	75	19	0	31	105	49023242	49023466	6.00E-31	125
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	42.57	148	42	1	1	105	49056399	49056842	2.00E-27	115
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.86	73	22	0	31	103	49012674	49012892	5.00E-25	108
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	83.33	30	5	0	118	147	48999269	48999358	5.00E-09	60.5
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49008325	49008414	4.00E-06	51.6
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49050371	49050460	6.00E-06	50.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	207465	207671	8.00E-10	63.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	193419	193625	1.00E-09	62.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	211185	211391	3.00E-09	61.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	214239	214445	4.00E-09	60.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	39.19	74	39	1	31	104	209012	209215	1.00E-08	58.9
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	43.84	73	35	2	33	105	217170	217370	4.00E-06	51.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000011.2	49.33	75	38	0	72	146	650507	650283	2.00E-09	62
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	65.97	144	10	1	1	105	48997711	48998142	3.00E-51	184
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	88	75	9	0	31	105	49039470	49039694	3.00E-43	142
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.44	36	11	0	1	36	49039265	49039372	3.00E-43	55.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	78.67	75	16	0	31	105	49007223	49007447	8.00E-39	134
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	67.74	31	10	0	1	31	49007008	49007100	8.00E-39	48.1
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49341123	49340899	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49340178	49339954	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	81.33	75	14	0	31	105	49073678	49073902	3.00E-33	132
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	75	72	18	0	34	105	49049276	49049491	2.00E-31	126
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	74.67	75	19	0	31	105	49023242	49023466	6.00E-31	125
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	42.57	148	42	1	1	105	49056399	49056842	2.00E-27	115
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	69.86	73	22	0	31	103	49012674	49012892	5.00E-25	108
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	83.33	30	5	0	118	147	48999269	48999358	5.00E-09	60.5
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49008325	49008414	4.00E-06	51.6
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000015.2	70	30	9	0	118	147	49050371	49050460	6.00E-06	50.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	207465	207671	8.00E-10	63.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	42.67	75	37	2	31	105	193419	193625	1.00E-09	62.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	211185	211391	3.00E-09	61.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	44	75	36	2	31	105	214239	214445	4.00E-09	60.8
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	39.19	74	39	1	31	104	209012	209215	1.00E-08	58.9
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000025.2	43.84	73	35	2	33	105	217170	217370	4.00E-06	51.2
ENSMEUP00000000639	gnl|UMD3.1|GK000011.2	49.33	75	38	0	72	146	650507	650283	2.00E-09	62

sunzhiguolu

回复 17# rougayo
麻烦你 将包含下面这条记录的部分示例数据贴出来下 (贴出一块数据, 不要部分内容 这样我也便于判断是不是我的程序逻辑出现问题导致结果 出错)，不用这么客气，我也是通过大家的帮助指点 一点一点学习的。

ENSMEUP00000000639

gnl|UMD3.1|GK000015.2

65.97

144

10

1

1

105

48997711

48998142

3.00E-51

184

rougayo

回复 16# sunzhiguolu


您好！这个是我根据您的脚本所撰写的脚本：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my$infile=shift||die"$_";
my$outfile=shift||die"$_";
open(IN,$infile);
open(OUT,">$outfile");

my@aData=();
while(<IN>){
  chomp(my@aT=split(/,/));
  my($id,$val)=@aT[0,-1];
  unless(@aData){
  @aData=($id,$val,$_);
  next;
  }

if($aData[0] ne $id){
  print OUT splice(@aData,2);
  @aData=($id,$val,$_);
  next;
  }

if($aData[1] == $val){
  push(@aData,$_);
  next;
  }
  @aData=($id,$val,$_)if($aData[1]<$val);

}
print OUT splice (@aData,2);





close IN;
close OUT;


输出的结果为

--DATA--
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        65.71        70        24        0        32        101        211185        211394        1.00E-32        105
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        65.71        70        24        0        32        101        214239        214448        1.00E-32        105
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        53.12        32        15        0        1        32        210991        211086        1.00E-32        38.5
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        53.12        32        15        0        1        32        214045        214140        1.00E-32        38.5
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        41.86        43        25        0        100        142        211493        211621        1.00E-32        37.7
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        41.86        43        25        0        100        142        214547        214675        1.00E-32        37.7
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        45.59        68        37        0        32        99        209012        209215        1.00E-22        73.2
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        55.32        47        21        0        96        142        209316        209456        1.00E-22        54.3
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        55.71        70        31        0        32        101        193419        193628        2.00E-19        91.7
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        58.82        68        28        0        34        101        217170        217373        3.00E-19        90.9
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000025.2        54.79        73        33        0        29        101        207456        207674        9.00E-19        89.7
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000011.2        53.42        73        34        0        70        142        650498        650280        4.00E-16        82
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        30.46        151        58        5        3        108        48997720        48998166        4.00E-11        66.6
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        35.53        76        43        1        32        101        49007223        49007450        7.00E-08        57
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        38.16        76        41        2        32        101        49023242        49023469        5.00E-07        54.3
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        44        50        28        0        52        101        49049345        49049494        1.00E-06        53.1
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        36.84        76        42        2        32        101        49341123        49340896        1.00E-06        53.1
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        36.84        76        42        2        32        101        49340178        49339951        1.00E-06        53.1
ENSACAP00000010464        gnl|UMD3.1|GK000015.2        36.84        76        42        2        32        101        49073678        49073905        1.00E-06        53.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        50        160        40        2        2        121        48997711        48998190        3.00E-31        126
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        68.54        89        27        1        33        120        49039473        49039739        3.00E-26        105
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        46.67        30        16        0        2        31        49039265        49039354        3.00E-26        34.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        61.45        83        32        0        33        115        49007226        49007474        1.00E-20        95.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        49.57        115        53        1        33        147        49023245        49023574        1.00E-19        92.4
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        69.33        75        23        0        33        107        49341120        49340896        2.00E-19        91.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        69.33        75        23        0        33        107        49340175        49339951        2.00E-19        91.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        69.33        75        23        0        33        107        49073681        49073905        2.00E-19        91.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        63.89        72        26        0        36        107        49049279        49049494        1.00E-17        86.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        58.67        75        31        0        33        107        49056621        49056845        6.00E-15        78.6
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        61.33        75        29        0        33        107        49012677        49012901        2.00E-14        77
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        53.49        43        20        0        106        148        48999230        48999358        2.00E-07        55.8
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        52.38        42        20        0        107        148        49050335        49050460        3.00E-07        55.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        48.84        43        22        0        106        148        49008286        49008414        6.00E-07        53.9
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        54.76        42        19        0        107        148        49013817        49013942        2.00E-06        52.4
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        40.85        71        36        2        37        107        211200        211394        6.00E-12        52.4
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        40.85        71        36        2        37        107        214254        214448        6.00E-12        52.4
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        42.86        42        24        0        106        147        211493        211618        6.00E-12        39.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        42.86        42        24        0        106        147        214547        214672        6.00E-12        39.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        41.33        75        38        1        33        107        193422        193628        3.00E-08        58.2
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        41.33        75        38        1        33        107        207468        207674        4.00E-08        57.4
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34.25        73        42        1        33        105        209015        209215        1.00E-07        48.9
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34        50        29        1        102        147        209304        209453        1.00E-07        28.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        43.4        53        30        0        65        117        217245        217403        3.00E-06        44.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000025.2        41.94        31        18        0        114        144        217487        217579        3.00E-06        27.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000011.2        36.99        73        46        0        75        147        650501        650283        1.00E-06        53.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        50        160        40        2        2        121        48997711        48998190        3.00E-31        126
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        68.54        89        27        1        33        120        49039473        49039739        3.00E-26        105
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        46.67        30        16        0        2        31        49039265        49039354        3.00E-26        34.7
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        61.45        83        32        0        33        115        49007226        49007474        1.00E-20        95.1
ENSACAP00000011963        gnl|UMD3.1|GK000015.2        49.57        115        53        1        33        147        49023245        49023574        1.00E-19        92.4
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        62.5        72        27        0        32        103        214239        214454        1.00E-32        97.1
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        65.12        43        15        0        100        142        214547        214675        1.00E-32        58.9
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34.38        32        21        0        1        32        214045        214140        1.00E-32        26.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        62.5        72        27        0        32        103        211185        211400        1.00E-31        93.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        65.12        43        15        0        100        142        211493        211621        1.00E-31        58.9
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34.38        32        21        0        1        32        210991        211086        1.00E-31        26.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        75.71        70        17        0        32        101        193419        193628        6.00E-29        119
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        72        75        21        0        27        101        207450        207674        6.00E-29        119
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        50        68        34        0        32        99        209012        209215        4.00E-22        75.5
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        48.94        47        24        0        96        142        209316        209456        4.00E-22        50.8
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        86.05        43        6        0        100        142        193823        193951        1.00E-15        80.5
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        88.1        42        5        0        100        141        207870        207995        2.00E-15        79.3
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        45.57        79        43        0        34        112        217170        217406        3.00E-12        70.5
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000025.2        78.12        32        7        0        1        32        192943        193038        2.00E-07        55.5
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000011.2        49.32        73        37        0        70        142        650498        650280        8.00E-15        77.8
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        44.74        76        36        2        32        101        48997918        48998145        9.00E-11        65.9
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        41.11        90        46        3        32        114        49039470        49039739        5.00E-09        60.5
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        39.47        76        40        2        32        101        49007223        49007450        2.00E-08        58.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        39.47        76        40        1        32        101        49341123        49340896        3.00E-08        58.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        39.47        76        40        1        32        101        49340178        49339951        3.00E-08        58.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        39.47        76        40        1        32        101        49073678        49073905        3.00E-08        58.2
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        38.16        76        41        1        32        101        49023242        49023469        3.00E-07        54.7
ENSAMEP00000007230        gnl|UMD3.1|GK000015.2        38.89        72        38        2        38        103        49049285        49049500        4.00E-07        54.3
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        89.36        47        5        0        96        142        209316        209456        6.00E-34        89
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        50        68        34        0        32        99        209012        209215        6.00E-34        77
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        75.71        70        17        0        32        101        193419        193628        5.00E-30        122
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        72        75        21        0        27        101        207450        207674        8.00E-30        122
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        62.86        70        26        0        32        101        214239        214448        3.00E-29        98.6
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        51.16        43        21        0        100        142        214547        214675        3.00E-29        45.8
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34.38        32        21        0        1        32        214045        214140        3.00E-29        26.2
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        62.86        70        26        0        32        101        211185        211394        9.00E-29        97.1
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        51.16        43        21        0        100        142        211493        211621        9.00E-29        45.8
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        34.38        32        21        0        1        32        210991        211086        9.00E-29        26.2
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        50        68        34        0        34        101        217170        217373        2.00E-13        73.6
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        78.12        32        7        0        1        32        192943        193038        2.00E-07        55.1
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000025.2        55.81        43        19        0        100        142        193823        193951        1.00E-06        52.8
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000011.2        75.34        73        18        0        70        142        650498        650280        1.00E-28        118
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000015.2        44.74        76        36        2        32        101        48997918        48998145        7.00E-11        66.2
ENSAMEP00000007233        gnl|UMD3.1|GK000015.2        40.96        83        43        2        32        108        49039470        49039718        2.00E-09        61.6


我想要每一个序列中，score值最高的那一行的内容（红字标注）。

这个脚本我写了上去，输出的结果如下，不知道是不是我哪里写错了还是添加输入文件输出文件的时候对脚本造成了影响。

这个脚本是我根据您第二个脚本写得。
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;


my $INfile=shift||die"$_";
my $OUTfile=shift||die"$_";
open(IN,$INfile);
open(OUT,">$OUTfile");


my %Data=();
while(<IN>){
  chomp(my@T=split(/,/));
  my($id,$score)=@T[0,-1];
  push(@{$Data{$id}},[$score,$_]);
}
foreach(keys%Data){
  my@T=sort{$b->[-1] <=> $a->[-1]}@{$Data{$_}};
  print OUT map(@{$_}[-1],grep(@{$T[0]}[0] == @{$_}[0],@T));
}
  close IN;
  close OUT;


输出的结果如下：

ENSMEUP00000000639        gnl|UMD3.1|GK000025.2        44        75        36        2        31        105        211185        211391        3.00E-09        61.2
ENSMEUP00000000639        gnl|UMD3.1|GK000025.2        44        75        36        2        31        105        211185        211391        3.00E-09        61.2
ENSMEUP00000000639        gnl|UMD3.1|GK000025.2        44        75        36        2        31        105        211185        211391        3.00E-09        61.2
ENSLOCP00000009436        gnl|UMD3.1|GK000025.2        42.65        68        39        0        35        102        209012        209215        4.00E-12        52.4
ENSTGUP00000004511        gnl|UMD3.1|GK000025.2        53.06        49        23        0        95        143        193805        193951        2.00E-07        55.8
ENSOARP00000020551        gnl|UMD3.1|GK000015.2        74.68        79        20        0        56        134        49073669        49073905        1.00E-33        134
ENSOARP00000020551        gnl|UMD3.1|GK000015.2        74.68        79        20        0        56        134        49073669        49073905        1.00E-33        134
ENSMLUP00000011277        gnl|UMD3.1|GK000025.2        42.55        47        27        0        96        142        209316        209456        1.00E-16        42.7
ENSFALP00000010579        gnl|UMD3.1|GK000015.2        64.52        31        11        0        1        31        49039265        49039357        3.00E-40        43.5
ENSFALP00000010579        gnl|UMD3.1|GK000015.2        64.52        31        11        0        1        31        49039265        49039357        3.00E-40        43.5
ENSFALP00000010579        gnl|UMD3.1|GK000015.2        64.52        31        11        0        1        31        49039265        49039357        3.00E-40        43.5
ENSFALP00000010579        gnl|UMD3.1|GK000015.2        64.52        31        11        0        1        31        49039265        49039357        3.00E-40        43.5
ENSGGOP00000026624        gnl|UMD3.1|GK000015.2        43.42        76        37        2        32        101        48997918        48998145        5.00E-10        63.5
ENSMUSP00000020531        gnl|UMD3.1|GK000015.2        36.84        76        42        1        32        101        49341123        49340896        3.00E-07        55.1
ENSGACP00000019116        gnl|UMD3.1|GK000025.2        47.22        72        38        0        31        102        214239        214454        4.00E-24        78.6
ENSMICP00000033506        gnl|UMD3.1|GK000015.2        38.89        72        38        2        38        103        49049285        49049500        1.00E-06        53.1
ENSPANP00000013424        gnl|UMD3.1|GK000025.2        57.14        70        30        0        32        101        193419        193628        2.00E-17        85.9
ENSXETP00000053076        gnl|UMD3.1|GK000015.2        61.33        75        29        0        31        105        49073678        49073902        3.00E-14        76.3


结果输出，基本上每个序列都只有一个输出结果，于是我将序列代码复制下来，在原始文件中寻找了下，比如ENSMEUP00000000639，发现在原始文件中，这个序列对应的有更优的结果。其他的序列也有一些是并没有将最优结果输出的，我尝试改了下脚本，但是也没有成功。
很抱歉一直打扰您，如果您有时间的话，希望得到您的答复！感谢！

ENSMEUP00000000639

gnl|UMD3.1|GK000015.2

65.97

144

10

1

1

105

48997711

48998142

3.00E-51

184

该表为ENSMEUP00000000639的最优结果。

sunzhiguolu

回复 15# rougayo
我是按照你的要求将记录中每种生物名称作为 ID 对记录信息进行分类统计，输出前按照 L 列的数值做了一个降序排序 将第一个元素的值输出。即你说的 Score 最大值的那个元素。
如果输出结果不是你逾期的结果，请将你的最优的 Score (L 列) 的提取条件说明，方便的话 请给出一个示例并提供一个结果。谢谢。