打印关键字所在的列极其下一列

mswsg

文件格式如下

1. S1        S2        S3        S4        S5        S6        S7        S8        S9        S10        S11
   
2. BobWhite_c10098_535        AG        GG        GG        54        AA        1        TT        78        --        1
   
3. BobWhite_c10173_317        AA        TT        AA        66        TT        67        --        1               
   
4. BobWhite_c10173_316        AA        TT        TT        9        AA        107        --        1               
   
5. BobWhite_c10098_536        AG        GG        GG        54        AA        1        TT        78        --        1
   
6. BobWhite_c10109_234        CC        CC        CC        134                                               
   
7. BobWhite_c10116_389        AA        AA        AA        134                                               

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打印第4-11列中同时含有 AA 和TT的列，极其对应的下一列（数字），并将前三列打印出来，
上述结果是

1. BobWhite_c10098_535        AG        GG        AA        1        TT        78
   
2. BobWhite_c10173_317        AA        TT        AA        66        TT        67
   
3. BobWhite_c10173_316        AA        TT        TT        9        AA        107
   
4. BobWhite_c10098_536        AG        GG        AA        1        TT        78

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2,3,4楼都正确，谢谢各位，最佳我给2楼了，谢谢

ly5066113

回复 1# mswsg

try:

1. awk 'NR>1{s="";m=0;n=0;for(i=4;i<NF;i+=2){if($i=="AA"){s=s"\t"$i"\t"$(i+1);m=1}if($i=="TT"){s=s"\t"$i"\t"$(i+1);n=1}}if(m*n)print $1"\t"$2"\t"$3""s}' file

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yinyuemi

回复 1# mswsg

1. awk '{for(i=4;i<=11;i++)if($i~/AA|TT/){n++;a[n]=i};if(n==2){printf $1 FS $2 FS $3 FS;for(i=a[1];i<=a[2];i++)printf $i FS;print $i};n="";delete a}'
   

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yestreenstars

1. [root@localhost ~]# awk -vOFS='\t' 'NR>1{for(i=4;i<NF;i+=2)if($i~/^AA|TT$/){n++}else{$i=$(i+1)=""}$0=$0;$1=$1;if(n==2)print;n=0}' i
   
2. BobWhite_c10098_535        AG        GG        AA        1        TT        78
   
3. BobWhite_c10173_317        AA        TT        AA        66        TT        67
   
4. BobWhite_c10173_316        AA        TT        TT        9        AA        107
   
5. BobWhite_c10098_536        AG        GG        AA        1        TT        78
   
6. [root@localhost ~]#

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圣西罗门柱

@ly5066113厉害

mswsg

你好，我的文件有8万多行，运行该命令后，结果是

1. IAAV1913        TT        AA        AA        47        TT        79
   
2. IAAV2130        TT        TT        AA        1        TT        112
   
3. IAAV4618        TT        TT        AA        1        TT        105

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结果不对，但是运行上面的例子结果是正确的回复 2# ly5066113


   

mswsg

结果正确，我搞错了，对不起回复 2# ly5066113


   

moperyblue

1. sed -nr '/_/{s/^((\S+\s+){3}).*((AA\s+[0-9]+\s+).*(TT\s+[0-9]+)|(TT\s+[0-9]+\s+).*(AA\s+[0-9]+)).*/\1\4\5\6\7/p}'

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