【求助】程序调用shell命令问题

bmechuangye

我的问题是：
文件1和文件2，文件1中为ID号，文件2为包含ID号的记录，现在我要统计，文件1中的相应ID在文件2中出现的次数，我的程序请见后面，但程序运行时，调用的系统shell命令一行没有执行，请高手指点一下问题在哪里？非常感谢！
文件1

1. 
   
2. ID-1183
   
3. ID-1200
   
4. ID-1202
   
5. ID-1205
   
6. ID-1234
   
7. ID-1246
   
8. ID-1249
   
9. ID-1254
   
10. ID-1255a
    
11. ID-1255b-1
    
12. ID-1255b-2
    
13. ID-1256
    
14. ID-1257
    
15. ID-1261
    
16. ID-1263
    
17. ID-1264
    
18. ID-1266
    
19. ID-1267
    
20. ID-1268
    
21. ID-1269
    
22. ID-1271
    
23. ID-1273
    
24. ID-1274a
    
25. ID-1274b
    
26. ID-1277
    
27. ID-1281
    
28. ID-1285-1
    
29. ID-1285-2
    
30. ID-1289-1
    
31. ID-1289-2
    
32. ID-1290
    
33. ID-1293
    
34. ID-1299
    
35. ID-1302-1
    
36. ID-1302-2
    
37. ID-1302-3
    
38. ID-1302-4
    
39. ID-1302-5
    
40. ID-1302-6
    
41. ID-1302-7
    
42. ID-1302-8
    
43. ID-1303
    
44. ID-1304
    
45. ID-1308
    
46. ID-132
    
47. ID-1321
    
48. ID-151
    
49. ID-153-1
    
50. ID-1825
    
51. ID-1908
    

复制代码

文件2

1. 
   
2. Group A        ID-30a*        product        5        41977146        41977169                16.616        4.429530e-03       
   
3. Group A        ID-1290        product        5        41977234        41977254                15.4135        2.801450e-02       
   
4. Group A        ID-380*        product        5        41977199        41977221                15.3042        4.179390e-02       
   
5. Group A        ID-1183        product        5        41977568        41977589                15.9601        3.969860e-04       
   
6. Group A        ID-545        product        5        41977192        41977213                15.9601        1.234960e-02       
   
7. Group A        ID-1185        product        5        41977216        41977236                16.7009        2.377100e-03       
   
8. Group A        ID-500        product        5        41977511        41977535                15.4477        9.852240e-03       
   
9. Group A        ID-518a-5p        product        5        41977224        41977243                15.4653        9.508890e-05       
   
10. Group A        ID-1825        product        5        41977449        41977470                15.9318        4.710340e-02       
    
11. Group A        ID-1825        product        5        41977567        41977589                16.9439        1.148810e-03       
    
12. Group A        ID-124*        product        5        41977185        41977207                16.616        2.194290e-02       
    
13. Group A        ID-626        product        5        41977245        41977265                16.8866        6.654730e-05       
    
14. Group A        ID-1908        product        5        41977482        41977508                15.5931        6.578880e-03       
    
15. Group A        ID-449b        product        5        41977567        41977589                17.4905        1.148810e-03       
    
16. Group A        ID-590-5p        product        5        41977230        41977251                18.2557        1.393580e-04       
    
17. Group A        ID-132        product        5        41977203        41977225                16.9439        4.156810e-03       
    
18. Group A        ID-151        product        5        41977529        41977549                15.4923        2.142750e-04       
    
19. Group A        ID-501-3p        product        5        41977517        41977538                15.0856        1.050870e-02       
    
20. Group A        ID-362-5p        product        5        41977509        41977534                16.1346        1.903460e-03       
    
21. Group A        ID-450a        product        5        41977479        41977500                14.8669        5.374130e-04       
    
22. Group A        ID-1302        product        5        41977220        41977240                16.1515        5.766300e-04       
    
23. Group A        ID-1299        product        5        41977567        41977589                16.862        3.969860e-04       
    
24. Group A        ID-30d*        product        5        41977146        41977169                16.1787        4.429530e-03       
    
25. Group A        ID-138-2*        product        5        41977478        41977496                16.5067        2.314470e-02       
    
26. Group A        ID-515-5p        product        5        41977241        41977263                17.6765        1.265860e-02       
    
27. Group A        ID-1304        product        5        41977322        41977343                16.2596        4.195950e-02       
    
28. Group A        ID-1305        product        5        41977305        41977323                16.6889        3.843640e-02       
    
29. Group A        ID-198        product        5        41977241        41977262                16.6007        4.350710e-02       
    
30. Group A        ID-140-5p        product        5        41977151        41977174                16.6007        3.128820e-02       
    
31. Group A        ID-499-3p        product        5        41977180        41977201                16.3733        2.895430e-02       
    
32. Group A        ID-1273        product        5        41977241        41977261                17.4891        2.755170e-03       
    
33. Group A        ID-132        product        5        41977158        41977178                16.0031        2.755170e-03       
    
34. Group A        ID-513-3p        product        5        41977160        41977182                16.9697        3.442170e-02       
    
35. Group A        ID-522        product        5        41977154        41977175                17.1692        2.505200e-02       
    
36. Group A        ID-669c        product        5        41977244        41977267                16.7144        3.371550e-02       
    
37. Group A        ID-30a*        product        5        41977146        41977169                17.2829        2.350300e-02       
    
38. Group A        ID-517*        product        5        41977242        41977262                16.2596        3.346050e-02       
    
39. Group A        ID-1256        product        5        41977199        41977221                15.9185        2.161210e-02       
    
40. Group A        ID-1290        product        5        41977216        41977236                17.3748        2.943950e-02       
    
41. Group A        ID-1267        product        5        41977192        41977213                16.6007        4.354040e-02       
    
42. Group A        ID-1261        product        5        41977185        41977207                17.2829        1.090920e-02       
    
43. Group A        ID-1273        product        5        41977245        41977265                17.5759        9.338500e-03       
    
44. Group A        ID-590-5p        product        5        41977230        41977251                18.9884        2.086540e-03       
    
45. Group A        ID-1257        product        5        41977203        41977225                17.624        1.404200e-02       
    
46. Group A        ID-1268        product        5        41977220        41977240                16.8033        3.813450e-02       
    
47. Group A        ID-30d*        product        5        41977146        41977169                16.8281        3.853030e-02       
    
48. Group A        ID-1308        product        5        41970691        41970713                17.3803        1.913760e-03       
    
49. Group A        ID-377        product        5        41970399        41970419                15.8285        1.913760e-03       
    

复制代码

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl -w
   
3. use strict;
   
4. my $fileone=$ARGV[0];
   
5. my $filetwo=$ARGV[1];
   
6. print $fileone;
   
7. my (@id,@res);
   
8. my $result;
   
9. open (FH,$fileone);
   
10. while(<FH>){
    
11. push (@id,$_);
    
12. 
    
13. #print "$_\t$result\n";
    
14. }
    
15. close FH;
    
16. foreach my $name(@id){
    
17. print $name,"\n";
    
18. system"grep -c $name $filetwo";
    
19. }
    

复制代码

[ 本帖最后由 bmechuangye 于 2009-9-15 11:17 编辑 ]

toniz

perl 本身就有grep命令。还很强大。

dahe_1984

执行起来速度很慢，

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my $fileone=$ARGV[0];
my $filetwo=$ARGV[1];
print $fileone;
my (@id,@res);
my $result;
open (FH,$fileone);
while(<FH>){
    chomp;             # 别忘记去掉行尾的回车
push (@id,$_);

#print "$_\t$result\n";
}
close FH;
foreach my $name(@id){
print $name;
@res = `grep -c $name $filetwo`;         # system是shell返回值，不是返回结果。最好是把文件保存到内存，然后用perl中的grep 去查询，用shell好像慢了点
print "\n@res\n";
}

toniz

当然慢啊
文件整个保存到数组，让后又从数组里一个一个取出来，还调用外部命令。
前面两步本来就是重复工作。如果文件再大一点点，跑都不用跑了，在这个地方就要挂掉。

bmechuangye

原帖由 dahe_1984 于 2009-9-15 11:40 发表
执行起来速度很慢，

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my $fileone=$ARGV[0];
my $filetwo=$ARGV[1];
print $fileone;
my (@id,@res);
my $result;
open (FH,$fileone);
while(){
    chomp;        ...

非常感谢！

bmechuangye

原帖由 toniz 于 2009-9-15 11:38 发表
perl 本身就有grep命令。还很强大。

那么应该怎么优化呢？我试了试，没成功。

toniz

#!/usr/bin/perl use strict; die("usage: $0 <fileone><filetwo> \n") if ($#ARGV != 1); my ($fileone,$filetwo) = @ARGV; my $result = 0; open (FH1,$fileone)or die "NoFile: $fileone.$!"; open (FH2,$filetwo)or die "NoFile: $filetwo.$!"; while(my $temp = <FH1>){ $temp=~ s/\s+//ig; seek (FH2,0,0); $result = $result + grep {/$temp/i} <FH2>; } print $result;

[ 本帖最后由 toniz 于 2009-9-16 16:44 编辑 ]

nuclearxin

不用chomp吗?
还有
但颜色的代码怎么发?

nuclearxin

结果貌似不对哦
结果是2文件还有19个1文件里包含的元素
而不是次数

bmechuangye

原帖由 toniz 于 2009-9-16 10:05 发表
#!/usr/bin/perl

use strict;
die("usage: $0  \n") if ($#ARGV != 1);


my ($fileone,$filetwo) = @ARGV;
my $result = 0;
open (FH1,$fileone)or die "NoFile: $fileone.$!";
open (FH2,$filetwo) ...

不行啊，狂占内存，2分多钟还没运行完我就终止它了。而三楼的0m15.765s
就运行完了。