除法题

toniz

清掉旧数据  不然统计第二段的时候会加上第一段的 。

leigh111

明白了。谢谢您，帮了我很大的忙。我是刚学PERL.很多问题问的见笑了。

blackold

你不会自己修改?

leigh111

我感觉我现在做PERL 就跟碰运气似地，有时候复杂点的代码一看就明白自己写也可以，有时候答案告诉你了还是无从下手，其实我感觉还是思考问题时逻辑有问题。这PERL 学起来有时候兴奋有时候也挺打击自信心的。刚学，看来还是缺实践。

dugu072

原帖由 leigh111 于 2009-9-28 12:26 发表
我感觉我现在做PERL 就跟碰运气似地，有时候复杂点的代码一看就明白自己写也可以，有时候答案告诉你了还是无从下手，其实我感觉还是思考问题时逻辑有问题。这PERL 学起来有时候兴奋有时候也挺打击自信心的。刚学 ...

这个，不说什么了，我也很赞同你的感受……其实也没有什么捷径，多看书，多读代码，多写代码而已

顺便说下，最后的代码，还是有点问题，最后一个的 title 下，如果其下的内容也符合匹配条件，将无法打印，自己处理下吧～

toniz

原帖由 dugu072 于 2009-9-28 14:27 发表



这个，不说什么了，我也很赞同你的感受……其实也没有什么捷径，多看书，多读代码，多写代码而已

顺便说下，最后的代码，还是有点问题，最后一个的 title 下，如果其下的内容也符合匹配条件，将无法打 ...

呵呵  不好意思  确实存在缺陷。
用这个吧，那个太繁琐了。

#!/usr/bin/perl-w use strict; open (IN,'putest.d') or die "$!"; my $file_contend =  join '',<IN>; &nbsp;&nbsp;&nbsp;$file_contend =~ s/ //g; my %rf= ($file_contend  =~ /(NTSEQ.*?\r\n)([\d\D]*?)(?=NTSEQ)/g); my($key,$value); while (($key,$value) = each %rf){ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; print $key.$value."\n" if (length($value)%3 == 0); }

dugu072

原帖由 toniz 于 2009-9-28 17:19 发表


呵呵  不好意思  确实存在缺陷。
用这个吧，那个太繁琐了。
#!/usr/bin/perl-w

use strict;
open (IN,'putest.d') or die "$!";
my $file_contend =  join '',;
   $file_contend = ...

代码虽然精简，但导致调试麻烦多了～尤其是，我跑了下，跑不过；调试下，感觉有不少错误……
$file_contend =~ s/ //g; #这里不用 "\s+"，是想继续保留 换行符 嘛？
my %rf= ($file_contend  =~ /(NTSEQ.*?\r\n)([\d\D]*?)(?=NTSEQ)/g) #要知道上面保留了换行符的， m//匹配，缺省按行匹配吧？虽然你用了"\r\n" 但是，应该什么都匹配不到吧？

但如果修改为： $file_contend =~ s/\s+//g，没有换行符了，虽然你可以用一行来匹配，但是 如果 title 后面除了数字，还有字母的话，你怎么和下面的数据区分？

blackold

1. #!/bin/perl
   
2. use warnings;
   
3. use strict;
   
4. 
   
5. open (IN,'d:\perl\genes\') || die "$!";
   
6. open (OUT,'>d:\perl\genes_fasta\.fasta') || die "$!";
   
7. my($title,$seqs);
   
8. 
   
9. while (<IN>) {
   
10.   if (/^NTSEQ/) {
    
11.     if ($seqs && !(length($seqs)%3)) {
    
12.       print OUT $title,$seqs;
    
13.     }
    
14.     $title = $_;
    
15.     $seqs = undef;
    
16.   } else {
    
17.     $seqs .= $_;
    
18.   }
    
19. }
    

复制代码

[ 本帖最后由 blackold 于 2009-9-28 22:14 编辑 ]

toniz

原帖由 blackold 于 2009-9-28 22:13 发表
#!/bin/perl
use warnings;
use strict;

open (IN,'d:\perl\genes\') || die "$!";
open (OUT,'>d:\perl\genes_fasta\.fasta') || die "$!";
my($title,$seqs);

while () {
  if (/^NTSEQ/) {
     ...

我发的代码肯定是可以跑的。你是哪个地方跑不过了？
其实正则表达式那里，用/r/n或者/r或者/n，具体要看你保存文本的格式是 DOS还是mac还是unix。这个其实只是换行符的问题。

leigh111

早上一上班就看到这么多好帖子，真的很高兴。谢谢大家的帮助。
我昨天重新看这些文件内容的时候才发现：
比如说这段：NTSEQ       267
            atggaaaatagttacaagatgggagttaaaaatattgtattgttatttgccacattttta
            ttaagtgttttagcagaagatcaaaaggatggagaaattttagcagtaactccaagagat
            ttaaagttgactccttttaatttatcagctttaattttagtttctttttttactatgttg
            attatttttattgttggattaactattgatactgatactccaactagatttgaagaaaag
            atgccacctattatgaaggaatattaa
数字267其实正好是这段字符个数的总和，那么我直接挑出数字 $_ =~ s/NTSEQ\s+(\d+)/$1/g;  这样把数字全部取出来，对$_除3取模应该可以得到所要的段（文本）。