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DATA
相关基因.txt
HLA-DRB1 3123
NFKBIL1 4795
PADI4 23569
SLC22A4 6583
RUNX1 861
STAT4 6775
PTPN22 26191
TRAF1 7185
C5 727
IRF5 3663
CD40 958
pathway__all_gene.txt
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hsa00040 GENE 2990 10720 10941 54490 54575 54576 54577 54578 54579 54600 54657 54658 54659 7363 7364 7365 7366 7367 79799 7358 7360 6120 9942 231 51181
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hsa00052 GENE 2584 2585 2582 7360 5236 55276 2645 3098 3099 3101 2538 57818 3938 2683 3906 8704 2592 2717 231 5211 5213 5214 8972 2548 2595
hsa00053 GENE 7358 10720 10941 54490 54575 54576 54577 54578 54579 54600 54657 54658 54659 7363 7364 7365 7366 7367 79799 55586 217 218 219 223 224 501
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hsa00120 GENE 3988 1056 6646 8435 1581 6715 6716 6718 1109 1593 124 125 126 127 128 130 131 217 218 219 223 224 501 10998 28976 57016 80270 30 10449 3032 570
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#!/usr/bin/perl
open(in1,"E:\\相关基因.txt");
open(in2,"E:\\pathway__all_gene.txt");
open(stdout,">E:\\RA_result1.txt");
while($line1 = <in1>)
{
chomp $line1;
@array1 = split(/\t/,$line1);
$y{$array1[1]} = $array1[0];
}
while($line2 = <in2>)
{
chomp $line2;
@array2 = split(/ /,$line2);
$count = @array2;
for($i=2;$i<$count;$i++)
{
if(exists($y{$array2[$i]}) == 1)
{
print "$array2[$i]\t$array2[0]\n";
}
}
}
结果存在问题,看了好久都没发现问题出在哪?高手指点一下啊
我只列了部分的数据,期望得到相关基因出现在哪一个通路的结果,可发现对于有的基因在实际通路中存在的,结果中却没有列出来,问题出在哪呢?谢谢大家的指点了。。
[ 本帖最后由 yn521yn 于 2009-12-15 16:05 编辑 ] |
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