请教问题，重复搜索

hulnglei

一个文件
CD837627
32498177
CD816237

另外一个文件
>gi|258673925|gb|GT084725 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673924|gb|GT084724 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673923|gb|GT084723 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673922|gb|GT084722 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673921|gb|GT084721 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673920|gb|GT084720 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673919|gb|GT084719 BnE__cultivar_Surpass 400
>gi|258673918|gb|GT084718 BnE__cultivar_S

将第一个文件的内容挨个在第二个文件里面搜索。
我本想用$/将第一个文件挨个分割读取，再 $/将第二个文件也挨个分割读取，然后“=~” 搜索 可发现$/读取似乎乱了。不知道还有什么办法可以解决

下面是我出错的思路，虽然没有报错，但是在 -d里面 $gigb,也就是第二个文件在get_next_record($fh2) 不能读取内容请求大虾指正，万谢!
#!/usr/bin/perl
# parsing gi,Acc,organism,cultivator,sequence from the NCBI

use strict;
use warnings;
use FileHandle;

# Declare and initialize variables
my $fh1;
my $fh2;
my $gi;
my $gigb;
my $lib_gi = 'gigb.txt';
my $lib_gigb = 'grepgigb_tmp.txt';


# Get the name of the input

$fh1 = open_file($lib_gi);

print "waiting........\n";

# repeating
open (OUTFILE, ">output.txt");

while($gi = get_next_record($fh1) ) {

   $fh2 = open_file($lib_gigb);
   while( $gigb = get_next_record($fh2) ){

#Extract the fields of the record about gi,gb;
       $gi =~ s/\n\ //g;
       if($gigb =~ /$gi/) {         
                print OUTFILE "$gigb\n";
        }
    }
}

close (OUTFILE);
print "Work done! you can check the outfile in the output.txt\n";
exit;

###############################################
####################################
#Subroutine
###############################################
####################################

# open_file
#
#   - given filename, set filehandle

sub open_file {

    my($filename) = @_;
    my $fh;

    unless(open($fh, $filename)) {
        print "Cannot open file $filename\n";
        exit;
    }
    return $fh;
}

# get_next_record
#
# - given one record；

sub get_next_record {

    my($fh) = @_;
    my($offset);
    my($record) = '';

    my($save_input_separator) = $/;
    $/ = "\n";
    $record = <$fh>;
    $/ = $save_input_separator;
    return $record;
}

hulnglei

为什么没有人回啊！
幸亏我第一个文件比较小，只有一千多个，就直接分成数组了，但是以后多了还是不行，
继续请教！

dugu072_cu

因为看不懂你的问题……
怎么最近坛子里面不少问题，都看不懂，都让人怀疑是不是自己的理解力有问题……
“$/将第一个文件挨个分割读取，再 $/将第二个文件也挨个分割读取，然后“=~” 搜索 可发现$/读取似乎乱了”
这在说什么？