求助：这样的程序该怎么写？新手求教[已解决]

yn521yn

>sp|P35354|PGH2_HUMAN Prostaglandin G/H synthase 2 OS=Homo sapiens GN=PTGS2 PE=
Length=604
                    10        20        30        40        50
PredSS       aaaaaaaaaaaa                bbbbbb  bbbbb      
AA seq     MLARALLLCAVLALSHTANPCCSHPCQNRGVCMSVGFDQYKCDCTRTGFY
ProbA                                                        
ProbB                                                        
                    60        70        80        90       100
PredSS           aaaaaaaaaa       bbbbbb       aaaa aaaaaaaaa
AA seq     GENCSTPEFLTRIKLFLKPTPNTVHYILTHFKGFWNVVNNIPFLRNAIMS
ProbA                                                        
ProbB                                                        
                   110       120       130       140       150
PredSS     aaaaa                   aaaaaaa                  
AA seq     YVLTSRSHLIDSPPTYNADYGYKSWEAFSNLSYYTRALPPVPDDCPTPLG
ProbA                                                        
ProbB                                                                                                            
>sp|Q02127|PYRD_HUMAN Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapie
Length=395
                    10        20        30        40        50
PredSS       aaaaaaa   bbbbb   aaaaaaaaaaa  aaaaaaaaaaaa     
AA seq     MAWRHLKKRAQDAVIILGGGGLLFASYLMATGDERFYAEHLMPTLQGLLD
ProbA                                                        
ProbB                                                        
                    60        70        80        90       100
PredSS     aaaaaaaaaaaaaa            bbbbbb        bbbbbbb   
AA seq     PESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKH
ProbA                                                        
ProbB                                                        
                   110       120       130       140       150
PredSS     aaaaaaaaaa  bbbbb              bbbbbaaa bbbb      
AA seq     GEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNS
ProbA                                                        
ProbB                                                        
数据格式如上，是2个蛋白序列的二级结构预测结果，现在我想得到每个序列的预测结果中有多少个a，多少个b，就是PredSS这行，应如何编写程序呢？
向大家求助，先谢谢啦！

yybmsrs

每个PredSS所在行的a和b加起来？aaa和a没区别吧？

longbow0

是什么程序的输出结果？

yn521yn

回复 2# yybmsrs


    aaa就计算成3个a，a就是1个a，要求得到的就是1个蛋白里面有几个a，几个b

yn521yn

回复 3# longbow0


    是预测蛋白质二级结构的在线软件，PSS Finder

nuclearxin

累加值？？
>sp|P35354|PGH2_HUMAN Prostaglandin G/H synthase 2 OS=Homo sapiens GN=PTGS2 PE=
Length=604
这个下，三行中的 Press 所有a b 的个数 ？

nuclearxin

1. 
   
2. [symphony@archlinux p]$ cat sumab.pl
   
3. #!/usr/bin/perl -w
   
4. use strict;
   
5. my $name;
   
6. my %hash;
   
7. my %a;
   
8. my %b;
   
9. while (<>) {
   
10.         chomp;
    
11.         $name = [        DISCUZ_CODE_0        ] if /^>sp.*/;
    
12.         $hash{$name} .= $1 if /PredSS\s+(.*)$/;
    
13. }
    
14. foreach (keys %hash){
    
15.         my @tmp = ();
    
16.         @tmp = $hash{$_} =~ /(a)/g;
    
17.         $a{$_} =  @tmp;
    
18.         @tmp = ();
    
19.         @tmp = $hash{$_} =~ /(b)/g;
    
20.         $b{$_} =  @tmp;
    
21.         print $_,"\nhas a:",$a{$_},"\nhas b:",$b{$_},"\n";
    
22.         }
    

复制代码

1. 
   
2. [symphony@archlinux p]$ cat data
   
3. >sp|P35354|PGH2_HUMAN Prostaglandin G/H synthase 2 OS=Homo sapiens GN=PTGS2 PE=
   
4. Length=604
   
5. 10        20        30        40        50
   
6. PredSS       aaaaaaaaaaaa                bbbbbb  bbbbb
   
7. AA seq     MLARALLLCAVLALSHTANPCCSHPCQNRGVCMSVGFDQYKCDCTRTGFY
   
8. ProbA
   
9. ProbB
   
10. 60        70        80        90       100
    
11. PredSS           aaaaaaaaaa       bbbbbb       aaaa aaaaaaaaa
    
12. AA seq     GENCSTPEFLTRIKLFLKPTPNTVHYILTHFKGFWNVVNNIPFLRNAIMS
    
13. ProbA
    
14. ProbB
    
15. 110       120       130       140       150
    
16. PredSS     aaaaa                   aaaaaaa
    
17. AA seq     YVLTSRSHLIDSPPTYNADYGYKSWEAFSNLSYYTRALPPVPDDCPTPLG
    
18. ProbA
    
19. ProbB
    
20. >sp|Q02127|PYRD_HUMAN Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapie
    
21. Length=395
    
22. 10        20        30        40        50
    
23. PredSS       aaaaaaa   bbbbb   aaaaaaaaaaa  aaaaaaaaaaaa
    
24. AA seq     MAWRHLKKRAQDAVIILGGGGLLFASYLMATGDERFYAEHLMPTLQGLLD
    
25. ProbA
    
26. ProbB
    
27. 60        70        80        90       100
    
28. PredSS     aaaaaaaaaaaaaa            bbbbbb        bbbbbbb
    
29. AA seq     PESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKH
    
30. ProbA
    
31. ProbB
    
32. 110       120       130       140       150
    
33. PredSS     aaaaaaaaaa  bbbbb              bbbbbaaa bbbb
    
34. AA seq     GEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNS
    
35. ProbA
    
36. ProbB
    
37. 
    

复制代码

1. 
   
2. [symphony@archlinux p]$ ./sumab.pl data
   
3. >sp|Q02127|PYRD_HUMAN Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapie
   
4. has a:57
   
5. has b:32
   
6. >sp|P35354|PGH2_HUMAN Prostaglandin G/H synthase 2 OS=Homo sapiens GN=PTGS2 PE=
   
7. has a:47
   
8. has b:17
   
9. 
   
10. 
    

复制代码

yn521yn

谢谢大家，特别是nuclearxin，问题已经解决啦！