新手，大家帮我看一下吧（已解决，谢各位高手各种指点）

shilin320

BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        132        GCTCAAC
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        1526        ATTTAAC
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        740        GTTAGGT
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        927        GTTAAGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        134        GCTCAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        928        GCCTAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        1528        ATTTAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        742        GTTAGGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        929        GTTAAGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        1554        GTTGGAT
数据如上。说明如下：
一行中，空格之前的算是id（如BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1），之后是长度（如132），最后是端序列（如GCTCAAC）。
我想达到的目的是：id一样的前提下，reverse对应的编号（如740）减去非reverse对应的编号（如132）。
这样就会得到同id的一组数字的差值（如第一个id：740-132，740-1526，927-132，927-1526等等）。
这个差值（绝对值）要在45到128之间。
补充：找出这些（对儿）。

谢谢大家帮我看看，要怎么写。

shilin320

1. open IN,"$ARGV[0]";
   
2. while(<IN>)
   
3. {
   
4.         chomp;
   
5.         if(/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/)
   
6.         {
   
7.                 $id=$1;
   
8.                 $pos=$2;
   
9.                 $site=$3;
   
10.                 while(<IN>)
    
11.                 {
    
12.                         chomp;
    
13.                         if(/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/)
    
14.                         {
    
15.                                 $id1=$1;
    
16.                                 $pos1=$2;
    
17.                                 $site1=$3;
    
18.                                 if($id1=~/$id\S+/)
    
19.                                 {
    
20.                                         $val=$pos1-$pos;
    
21.                                         print"$val\n";
    
22.                                 }
    
23.                                 else
    
24.                                 {
    
25.                                         last;
    
26.                                 }
    
27.                         }
    
28.                 }
    
29.         }
    
30. }
    
31. close IN;
    

复制代码

这是雏形，请帮新手看看，谢谢~~

iamlimeng

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my %bio;
   
7. while (<DATA>) {
   
8.         chomp;
   
9.         my ($id,$len,$serial) = split(/\s+/,$_);
   
10.         if ($id =~ /(.*)_reverse/i) {
    
11.              $bio{$1}{reverse}{$len} = $_;
    
12.         }
    
13.         else { $bio{$id}{original}{$len} = $_; }
    
14. }
    
15. foreach my $id (keys %bio) {
    
16.         foreach my $len_o (keys %{$bio{$id}{original}}) {
    
17.                 foreach my $len_r (keys %{$bio{$id}{reverse}}) {
    
18.                         if (abs($len_o-$len_r) >= 45 and abs($len_o-$len_r) <= 128) {
    
19.                                 print "$bio{$id}{original}{$len_o}\n$bio{$id}{reverse}{$len_r}\n\n";
    
20.                         }
    
21.                 }
    
22.         }
    
23. }
    
24. 
    
25. <STDIN>;
    
26. 
    
27. __DATA__
    
28. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        132        GCTCAAC
    
29. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        1526        ATTTAAC
    
30. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        240        GTTAGGT
    
31. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        1427        GTTAAGT
    
32. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        134        GCTCAAC
    
33. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        928        GCCTAAC
    
34. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        1528        ATTTAAC
    
35. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        742        GTTAGGT
    
36. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        829        GTTAAGT
    
37. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        1554        GTTGGAT

复制代码

（你提供的数据，没有一组是符合的，我改了一下数据）

你看这样行不行。不过如果你的数据量很大，就要考虑内存的容量，上述程序会将数据全部读入内存。

shilin320

是的。我的数据量不小。谢谢iamlimeng。

shilin320

1. open IN,"$ARGV[0]";                                   
   
2. while(<IN>)                                          
   
3. {                                                     
   
4.         chomp;                                             
   
5.         if(/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/)                        
   
6.         {                                                   
   
7.                 $id=$1;                                          
   
8.                 $pos=$2;                                          
   
9.                 $site=$3;                                         
   
10.                 open IN1,"$ARGV[1]";
    
11.                 while(<IN1>)                                      
    
12.                 {
    
13.                         chomp;
    
14.                         if(/((\S+)_reverse)\s+(\S+)\s+(\S+)/)
    
15.                         {
    
16.                                 #print"$1\t$2\t$3\t$4\n";
    
17.                                 $gi=$2;
    
18.                                 $id1=$1;
    
19.                                 $pos1=$3;
    
20.                                 $site1=$4;
    
21.                                 if($gi eq $id)
    
22.                                 {
    
23.                                         $val=$pos1-$pos;
    
24.                                         if(abs $val <= 128 && abs $val >= 45)
    
25.                                         {
    
26.                                                 print"$id\t$id1\t$pos\t$pos1\t$val\n";     
    
27.                                         }
    
28.                                 }
    
29.                         }
    
30.                 }close IN1;
    
31.         }
    
32. }
    
33. close IN;

复制代码

师兄写的，果然”条条大路通罗马“

shangat

1. use strict;
   
2. use warnings;
   
3. 
   
4. my %hash;
   
5. open ( DATA,"$ARGV[0]") or die "$! \n";
   
6. while ( <DATA> ) {
   
7.         my @temp = split /\s+/,$_;
   
8.         if ( $temp[0] =~ /(.*)_reverse/ ) {
   
9.                 $hash{$temp[0]} .= "$temp[1] ";
   
10.         }
    
11.         else {
    
12.                 $hash{$temp[0]} .= "$temp[1] ";
    
13.         }
    
14. }
    
15. close DATA;
    
16. foreach ( keys %hash ) {
    
17.         my @temp = split /\s+/,$hash{$_};
    
18.         $hash{$_} = \@temp;
    
19. }
    
20. foreach ( keys %hash ) {
    
21.         my @resualt = ();
    
22.         if ( ! /(.*)_reverse/ ) {
    
23.                 my $name1 = my $name2 = $_;
    
24.                 $name2 .= "_reverse";
    
25.                 foreach ( @{$hash{$name1}} ) {
    
26.                         my $vau = $_;
    
27.                         foreach ( @{$hash{$name2}} ) {
    
28.                                 my $resu = $_;
    
29.                                 $resu = abs ( $resu - $vau );
    
30.                                 push @resualt, $resu if ( $resu >= 45 && $resu <= 128 );
    
31.                         }
    
32.                 }
    
33.                 print "$name1 <<>> $name2 => @resualt \n";
    
34.         }
    
35. }

复制代码

paktc

根据分布情况做的,空行无碍

1. 
   
2. open READ,"<text.txt" or die "$!";
   
3. @lines=<READ>;
   
4. close READ;
   
5. $i=0;  $flag=0;  $hapeen=0;
   
6. foreach (@lines) {
   
7. $i+=1;
   
8. if (! /^\s*$/) {
   
9.    if (/_reverse/i) {
   
10.         $flag=0;
    
11.         @cut=split(" ",$_);
    
12.         @cuta=split(" ",$lines[$i-$record-1]);
    
13.         $delta=abs($cut[1]-$cuta[1]);
    
14.         print "\n[$cut[0]]\tVS \n[$cuta[0]]\n";
    
15.         print "$cut[1] $cuta[1], delta = $delta\n";
    
16.         print "\t\t\t45<delta<128\n" if (45<=$delta && $delta<=128);
    
17.    } else {
    
18.         $flag+=1;
    
19.         $record=$flag;
    
20.    }
    
21. }
    
22. }
    
23. <STDIN>;
    

复制代码

shilin320

我作为新手，能在实践中锻炼，受益匪浅。
更多的是得益于大家的帮助和分享。
再次谢过各位高手~~