求助！perl抓取匹配行的下一行字符

xp198766

各位大牛们，小弟会一点入门级perl语言，有一个问题想请教大家：
我想知道，perl对变量的模式匹配是如何操作的，例如，我有一个文件，里面数据的格式如下
javascript:;
数据名称为>后面的那些字符，我有一个文件，全是数据名称，我想提取出那些匹配的数据名称下面的字符（ttacg之类的），自己弄了个难看的脚本如下
#!/usr/bin/perl

if (@ARGV < 2)
               {
               die "usage: outputseq See script for details.\n";
               }
open(LOCI, "$ARGV[0]") || die "usage: outputseq location file \nCan not open the seq_file $ARGV[0].\nSee script for details.\n";
open(DNASEQ, "$ARGV[1]") || die "usage: genome seq file \nCan not open the seq_file $ARGV[1].\nSee script for details.\n";            

while($seq=<LOCI>)
{   @seq=split(/\s+/,$seq);
   $name=$seq[1];
for($info=<DNASEQ>)
   {  
   if($info=~/$name/)
      {
    print "$info";
    $info=<DNASEQ>;
    print $info;
    last;
      }
   }
}
close LOCI;
close DNASEQ;
结果总是弄不出来，不得已请教各位，希望大家能帮我看看，非常感谢！

huangfei777528

你可以先建一个哈希，将所有的数据名称作为key。然后再打开另一个文件，一行一行读，如果存在这个key，就打印出来。这样就得到你想要的数据了。

xp198766

非常感谢！
思路我清楚了，我对hash还不够了解，感觉不知道如何实现，能给点提示吗？举个例子可以吗？
谢谢！

wfnh

非常感谢！
思路我清楚了，我对hash还不够了解，感觉不知道如何实现，能给点提示吗？举个例子可以吗？
谢 ...
xp198766 发表于 2010-08-28 15:02

    看小骆驼·

xp198766

看小骆驼·
wfnh 发表于 2010-08-28 15:37

    {:2_170:}恩，一定会看的，就是现在有个小问题，想请教各位…能给个例子吗？非常感谢！

iamxesam

你是这个意思吧？

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. if (@ARGV < 2){
   
4.         die "usage: outputseq See script for details.\n";
   
5. }
   
6. open(LOCI, "$ARGV[0]") || die ;
   
7. open(DNASEQ, "$ARGV[1]") || die ;            
   
8. 
   
9. my %hash_name;
   
10. $/=">";
    
11. <LOCI>
    
12. while(<LOCI>){   
    
13.         my ($head,$seq)=split(/\n/,$_);
    
14.         $hash_name{$head}=$seq;
    
15. }
    
16. $/="\n";
    
17. while(<DNASEQ>){  
    
18.         print $hash_name{$_},"\n";
    
19. }
    
20. close LOCI;
    
21. close DNASEQ;

复制代码

xp198766

回复 6# iamxesam


    您好！非常感谢你的回答，我运行之后，总提示
syntax error at net line 12, near "){"
syntax error at net line 15, near "}"
Execution of net aborted due to compilation errors.

我文件的规律是
>名称
actg……  #序列

有还有一个文件，第二列是  名称  信息，可以split，把名称找出来，我想通过找出来的名称，到上一个文件中把相应序列打印出来，将您的代码改动了一下之后，发现总是提示上面的出错，不知道问题出在哪里？我生物出身，当时大学就没怎么用心学编程，现在在网上找相关信息，理解上面有点困难，不好意思，再次感谢您的回答！

iamxesam

1.   #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. if (@ARGV < 2){
   
4.         die "usage: outputseq See script for details.\n";
   
5. }
   
6. open(LOCI, "$ARGV[0]") || die ;
   
7. open(DNASEQ, "$ARGV[1]") || die ;            
   
8. 
   
9. my %hash_name;
   
10. $/=">";
    
11. <LOCI>;
    
12. while(<LOCI>){   
    
13.         my ($head,$seq)=split(/\n/,$_);
    
14.         $hash_name{$head}=$seq;
    
15. }
    
16. $/="\n";
    
17. while(<DNASEQ>){  
    
18.         my $head=(split(/\s+/,$_))[1];
    
19.         print “$hash_name{$head}\n" if defined $hash_name{$head};
    
20. }
    
21. close LOCI;
    
22. close DNASEQ;

复制代码

错误时因为<LOCI>后面掉了一个分号；
第一个文件：
>chromosome01
atcgatcgatcgatcgatcgatcgatcgatcgatcgatcgatcgatcg


第二个文件：
001  chromosome01
002  chromosome02
003  chromosome03

xp198766

回复 8# iamxesam


    非常感谢您的帮助！我已经解决问题了！非常谢谢！
我还有一点不明白

$/=">";
<LOCI>;

这是什么意思啊？
还有后面的

$/="\n";

谢谢！

iamxesam

$/是代表的换行标识
<LOCI>先读取第一个”>"