求助： 谁有生物基因算法类的书籍推荐

dahe_1984

各位大虾，
      
        本人自己瞎搞了半年一事无成，又回到了perl 的怀抱，最近帮助同学写一个生物基因类的项目，谁有这方面的算法类的书籍介绍，做过生物基因的大虾估计知道，有些题目真不是地球人能想出的，我更是想不出来了。

                                                                             小生有礼了

hufeiyc

Beginning perl for bioinformatics
Mastering Perl for Bioinformatics

后者介绍了bioperl包, 发表在genome research上,cpan上有下,不过个人认为不太好用
一般的自己写写就好了

ssuuzzhhee

有本叫做生物信息学算法导论的书  还有就是一些测序算法数据 去当当 卓越 上找找看吧

ssuuzzhhee

生物信息学算法导论  没看过 只是知道有这么一本书

dahe_1984

感谢大家介绍了，先下来看看

dahe_1984

回复 2# hufeiyc


    CTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTCCTGCAGCCCcaaacacacgctcggacgcatattacacatgttcatacacttaatactcgctgttttgaattgatgttttaggaatatatatgtagagagagcttccttgagtccattcacaggtcgtgatatgattcaattagcttccgactcattcatccaaataccgagtcgccaaaattcaaactagactcgttaaatgaatgaatgatgcggtagacaaattggatcattgattctctttgattggactgaagggagctccctctctcttttgtattccaattttcttgattaatctttcctgcacaaaaacatgcttgatccactaagtgacatatatgctgccttcgtatatatagttctggtaaaattaacattttgggtttatctttatttaaggcatcgccatgGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGCCGCCACCGCGGTGGAGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATTCCGAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGC

就是这样的一段序列，看里面有没有回文结构

回文结构就是 AT匹配 GC匹配，不分大小写。中间可以跳跃，跳跃算是“突起”，要找最长的。

这个算是一条链，最简单的，您有时间帮忙看看。

珞水的大叔

回复 6# dahe_1984


    回文结构就是 AT匹配 GC匹配，不分大小写。中间可以跳跃，跳跃算是“突起”，要找最长的
   这句不太懂，是指链中出现AT和GC么，跳跃是值被哪两个字符包围的部分呢，能不能解释的详细一点，毕竟不是学生物的。

dahe_1984

AAAAAAATTTTTTT  最理想的回文结构，全匹配
AAAAAAAGTTTTTTT G算是里面的突起，可以跳过

珞水的大叔

TTTTTTTAAAAAAA呢
GGGGCCCC也是么

Monox

回复 7# 珞水的大叔
科普一下：
因为 DNA 是双链结构，我们都知道 DNA 由 4 种碱基构成，它们分别是 A，T，C，G。DNA 的双链结构是由碱基互补配对原则构成的，配对原则是 A <=> T，C <=> G。
因此，一般的写法：
ATCGAT，其实表示的是
ATCGAT
TAGCTA
这条序列上面的部分正好和下面的部分反过来写是一样的，这样的结构就叫回文结构。
不知道我说清楚了没有。
不过，我现在很忙，楼主的问题，我就不给具体脚本了。只给个我想的思路：
把序列反向互补（就是先反向，再根据碱基配对原则互补），然后，与原序列比较，查找最长相同子串。