求教怎样合并行

estbio

我想把下列文件:
>se1
aaaaaaaaaaaaa
bbbbbbbbbbbbb
ccccccccccccccccc
>se2
ccccccccccccccccc
bbbbbbbbbbbbb
aaaaaaaaaaaaa
>se3
bbbbbbbbbbbbb
ccccccccccccccccc
aaaaaaaaaaaaa

处理成下面这样:
>se1
aaaaaaaaaaaabbbbbbbbbbbbcccccccccc
>se2
ccccccccccccccccbbbbbbbbbbbaaaaaaaaa
>se3
bbbbbbbbbbbbccccccccccccccaaaaaaaaa
有什么好办法来处理,请求帮助一下新手.

zhlong8

1. perl -pe "chomp; s/^(>se.*)$/\n$1\n/" t

复制代码

同楼上的，第一行的 >se 会多个空行，求高人解决这个问题

iamlimeng

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my $n = 0;
   
7. while (<DATA>) {
   
8.         chomp;
   
9.          if (/>se/i) {
   
10.                  print "\n" if ($n);
    
11.                  print "$_\n";
    
12.                  $n++;
    
13.          }
    
14.          else { print; }
    
15. }
    
16. 
    
17. <STDIN>;
    
18. 
    
19. __DATA__
    
20. >se1
    
21. aaaaaaaaaaaaa
    
22. bbbbbbbbbbbbb
    
23. ccccccccccccccccc
    
24. >se2
    
25. ccccccccccccccccc
    
26. bbbbbbbbbbbbb
    
27. aaaaaaaaaaaaa
    
28. >se3
    
29. bbbbbbbbbbbbb
    
30. ccccccccccccccccc
    
31. aaaaaaaaaaaaa

复制代码

如果需要更多的精细控制，可以啰嗦点写。

zhlong8

回复 4# iamlimeng


    吐槽无力啊，争取一行解决问题

Monox

回复 1# estbio
这其实是一个生物信息分析问题，给一个解决方案：

1. 
   
2. $ perl -0076lnE '($anno,@seq) = split /\n/; say ">$anno\n", @seq if $anno' test.fa
   

复制代码

输出：

1. >se1
   
2. aaaaaaaaaaaaabbbbbbbbbbbbbccccccccccccccccc
   
3. >se2
   
4. cccccccccccccccccbbbbbbbbbbbbbaaaaaaaaaaaaa
   
5. >se3
   
6. bbbbbbbbbbbbbcccccccccccccccccaaaaaaaaaaaaa

复制代码

longbow0

1. 
   
2. use Bio::SeqIO;
   
3. 
   
4. my $o_seqi = Bio::SeqIO->new(
   
5.     -file => $file,
   
6.     -format => 'fasta',
   
7. );
   
8. 
   
9. while ( my $o_seq = $o_seqi->next_seq ) {
   
10.     print ">", $o_seq->id, "\n";
    
11.     print $o_seq->seq, "\n";
    
12. }
    

复制代码

Monox

回复 6# Monox

或许下面这个方案有些人会更喜欢：

1. $ perl -0076lnE '($anno,@seq) = split /\n/; say ">$anno\n", @seq unless $. == 1' test.fa

复制代码

输出是一样的。

iamlimeng

一行的代码固然好，对于新手来说，完全没有可读性，不利于其入门。

2gua

别追求一行代码，多写几行是好习惯。