并行计算对CPU颗数有限制么？

lbambool

并行计算对CPU颗数有限制么？
我的问题是这样的，原有两台双路安腾二服务器用于materials Studio计算，共4个CPU，由于平时只有一个人在用，所以其中一个节点既做管理节点又参与计算，计算一直正常，没有问题。
后来负责的人听说要单独用一个节点做管理性能会提高很多，就又进了一个单CPU的双路安腾二服务器用于做管理节点，但感觉性能没有什么提高。
后来便想能不能把这颗CPU也用于计算，即共用5个CPU进行并行，可惜一直不能成功，想问一下，做MS并行计算CPU个数一定要求是2的N次方么？即2，4，8，16，32？我现在5个CPU，如果想升级的话是不是一定要加够8颗？只加一颗共6个CPU可以么？
另外，现在感觉两台安腾二的服务器没有两台E6600的4G内存的PC计算速度快，差距相当大，可能服务器还不及PC速度的一半，可能是什么原因？是酷睿二更适合做MS的计算么？还是有其他的原因？另一个可能存在的原因是两台服务器内存不一致，一个4G，一个2G，但内存不一致会带来那么大的性能影响 么？
如果安腾二性价比不及酷睿或至强，我们以后再做扩展就想用Q6600或双路四核至强或四核 AMD了，感觉双核或四核的机器比安腾要有优势。

总结一下是三个问题：
1.三个节点5个CPU能否并行？再加一个共6个可否？
2.双路安腾二、双路四核至强、双路四核AMD用于materials Studio哪个性价比更高？主频对计算影响大还是CPU个数影响大？
3. 各节点内存数量不一致对计算影响大不大？

诚请各位前辈指点
QQ：30849528
zhaogh@live.com

[ 本帖最后由 lbambool 于 2007-12-5 12:21 编辑 ]

lbambool

问题困扰我好久了，必须在近期解决，请大家帮个忙或告诉我哪里可以查到答案。

maluyao

具体到在我们单位，单节点mpich2并行，单颗Q6600(4-core)2.4G的性能，比2-Way Xeon 5310(1.6G)的性能只差10%。

不过现在Q6600也要2000一颗。

lbambool

谢谢maluyao，看来Q6600表现是不错

lbambool

这倒是个好消息，哪里能找到具体的评测数据呢？

fdog

原帖由 maluyao 于 2007-12-5 11:16 发表
具体到在我们单位，单节点mpich2并行，单颗Q6600(4-core)2.4G的性能，比2-Way Xeon 5310(1.6G)的性能只差10%。

不过现在Q6600也要2000一颗。

可否给出具体的测试数据和程序？

maluyao

我用的是Charmm  c34b1版。

这是个内部版本，对外人恐怕意义不大。

lbambool

按网上的数据安腾二1.4G应该约相当于4G左右至强的计算能力，可是现在为什么两台双路安腾二计算能力才约为两台E6600的PC的计算能力呢？按网上数据 前才应该远胜后者的呀，会是什么地方有问题呢？是双核有先天优势还是OS的问题？我用的是centos,明天想换RHEL试一下了，如果双核 有优势的话，那么是不是四核优势会更明显呢？

[ 本帖最后由 lbambool 于 2007-12-7 23:27 编辑 ]

aaronyou

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