初学者求教

masylichu

建议楼主，看看这个。
http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.1/Bio/SeqIO/embl.pm

sky_lij

回复 11# masylichu


   
谢谢

sky_lij

#!/usr/bin/perl

open UNIPROT, "file";

while(<UNIPROT>){
if(/^ID/ && /\s+(.*?_HUMAN)/){
$ID = $1;
chomp($ID);
}
if(/^AC/ && /\s+(.*?)\;/){
$AC = $1;
chomp($AC);
}
if(/^FT/ && /SIGNAL/){
s/By\s+//; #过滤不必要的字符
chomp;
($FT, $SIGNAL, $start, $stop, $status) = split /\s+/;
print "$ID\t$AC\t$SIGNAL\t$start\t$stop\t$status\n";
}
if(/^\/\//){
reset $ID;
reset $AC;
reset $SIGNAL;
reset $start;
reset $stop;
reset $status;
}
}

blacktt

1. #!perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. use 5.010;
   
6. 
   
7. open EMBL, "<", "embl.txt"
   
8.         or die "cannot open the file:$!\n";
   
9.        
   
10. open TMP, ">", "tmp.txt"
    
11.         or die "cannot open the file:$!\n";
    
12. 
    
13. my $id;
    
14. my $ac;
    
15. 
    
16. while (<EMBL>) {
    
17.        
    
18.         chomp;
    
19.        
    
20.         if (/^ID/ .. /SIGNAL/) {
    
21.                 if (/^ID/) {
    
22.                         $id = (split)[1];
    
23.                 }
    
24. 
    
25.                 if (/^AC/) {
    
26.                         $ac = (split /;/, (split)[1])[0];
    
27.                 }
    
28.                
    
29.                 if (/SIGNAL/) {
    
30.                         my ($s1, $s2, $s3, $s4) = (split)[1, 2, 3, 4];
    
31.                         printf TMP "%s %s %s %s %s %s\n", $id, $ac, $s1, $s2, $s3, $s4 // "";
    
32.                 }
    
33. 
    
34.         }
    
35.        
    
36. }
    
37. 
    
38. close EMBL;
    
39. close TMP;

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