求生物信息的达人，碱基分布的画图，用bioperl能实现吗，怎么实现？上火啊！！！

zhlong8

回复 10# aids260


    处理好数据格式然后直接调用 R 或者别的作图软件不就行了，Perl 作图毕竟不是那么专业

longbow0

序列起始位置i=1。
假设 window_size=50, step_size=25：
那么首先计算第1～50碱基的GC%，得到第一个数据点；然后窗口向前移动25个碱基，计算第26～75个碱基的GC%，依次下去。

window_size和step_size需要根据分析的序列长度调整。

至于画折线图，用Chart包很容易实现；

http://search.cpan.org/~chartgrp/Chart-2.4.2/Chart.pod

chenhao392

回复 9# zhlong8