一个CPU利用率的问题

abe740

要在linux下运行EDA软件。一直以来都用虚拟机的，
近来想装个硬盘版的来用，装好以后发现仿真运算比之前虚拟机下慢了好多。单核CPU利用率一直在40％左右，
之前虚拟机下单核都接近100％的。

硬件是：i7 2600，H67的主板，8G内存。
装的CENTOS5.5或者rhel5.4.
卡这里卡了2天了。期间BIOS里关过CPU自动降频，换成4G内存，硬盘SATA3.0换成SATA2.0。都不行。
linux系统不是太熟，只会看看top里进程，也没什么占资源的。但是仿真时候CPU利用率就是比之前低了好多。
欲哭无泪啊！！

有人能帮帮我么？
如何看看系统日志呢，看看什么地方是最可能出问题的。


补充：期间在一台I3 的CPU上装成过，没出现问题。

先谢谢各位了。

abe740

各位帮忙想想办法。