求助：perl 调用linux系统命令问题~

linghu002127

我在linux系统下面运行命令： macs14 -t CD4-H3K9ac.bed -f BED -g hs --bw 200 -n test
(这里面macs14是一个软件，CD4-H3K9ac.bed为处理得文件名，其他全部是相应参数)
但是，每运行一次，只能执行一个文件。我手上现在有CD4-H3K9ac.bed ，CD4-H3K8ac.bed ，CD4-H3K7ac.bed ，.....
等等类似的文件，都放在同一目录下，我想些一个perl脚本，将这些文件都一次加到linux命令中，这样我只要运行perl一次，就能把所有文件都处理完。
求解答~~
能给我per代码吗~
谢谢各位~~~

dgtnk

glob operator

linghu002127

谢谢各位，已经解决~~
step1:读取文件列表并存入text文件

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. 
   
4. use warnings;
   
5. use strict;
   
6. my $dir ='D:\data\tem2';
   
7. my $file;
   
8. opendir (DIR, $dir);
   
9. my @dir = readdir DIR;
   
10. open(SAVEOUT,">&STDOUT");
    
11. open(STDOUT,"+>test.txt");
    
12. 
    
13. foreach $file (@dir) {
    
14.     if ( $file =~ /[A-Z]*\.bed/) {
    
15.         print $file,"\t";
    
16.         }
    
17. }
    
18. 
    
19. open(STDOUT,">&SAVEOUT"); #记得最后恢复STDOUT
    
20. closedir(DIR);
    
21. close STDOUT;
    
22. close SAVEOUT;
    

复制代码

step2:调用system命令

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. my $file;
   
6. my @files= qw /CD4-H3K8ac.bed CD4-H3K9ac.bed CD4-H3K10ac.bed  /;  #这个地方若改为qw /test.txt /不行
   
7. foreach $file (@files){
   
8. print $file;
   
9. system ("macs14 -t $file -f BED -g hs --bw 200 --llocal 5000 -n test-$file");
   
10. }
    

复制代码

然后就解决了。

但是就qw那句若改为qw /test.txt /这个命令时，得不到想要的文件名，只能得到test.txt ，不知何故，所以我干脆将文件列在qw/ /之间得了~~
现在还没有解决，但是问题太初级，所以继续赶小骆驼吧~~，以后可能会明白的。

nhw_cs

foreach(glob(CD4-*.bed)) { system($_);}

nhw_cs

foreach(glob(CD4-*.bed)) { system($_);}

Shell_HAT

回复 4# linghu002127


Windows系统？试试这个：

1. @echo off
   
2. for %%a in ("*.bed") do (
   
3.     macs14 -t %%a -f BED -g hs --bw 200 -n test
   
4. )

复制代码

linghu002127

回复 6# nhw_cs


    谢谢你的帮助~~
     已经解决了！