亲：帮我改个简单程序~

lijie_perl

有2文件（见附件）
file1:
24523行(代表24523个样本，样本编号没有给出，默认按行依次编号)。每行39列且严格tab键分开，数值不是0就是1。

file2:
7628行(每一行代表一个聚类，每一行中得数代表file1中每一个样本的编号，空格分开)

现在读取file2中得每一行(即相同的一个聚类)，并根据这一行的样本编号去file1查找出这个样本。并将此行所有样本“按列”求和。


最后输出应该是一个 7628*39的矩阵才对呀。为什么我的只有7628*3呀？每列还数值一样？明显不对~
我不知道程序错在哪里了?

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. my %hash1;
   
4. my $index=1;
   
5. my @sum=0;
   
6. open (IN1,"file1.txt");
   
7. while ( <IN1> )
   
8. {
   
9.         $hash1{$index}=$_;
   
10.         $index++;
    
11. }
    
12. close(IN1);
    
13. 
    
14. open (IN2,"file2.txt");
    
15. open OUT,">result.txt";
    
16. while ( <IN2> )
    
17. {
    
18.                 my $i;
    
19.                 my @line;
    
20.                 my @sample = split;
    
21.                         foreach my $item (@sample) {
    
22.                                 @line= split("\t", $hash1 {$item});
    
23.                                 for ($i=0,$i<$#line,$i++) {
    
24.                                         $sum[$i] += $line[$i];
    
25.                                 }
    
26.                         }
    
27. 
    
28.                         for ($i=0,$i<$#sum,$i++) {
    
29.                                 print  OUT $sum[$i], "\t";
    
30.                         }
    
31.                         print OUT "\n";
    
32. }
    
33. close(IN2);
    
34. close OUT;
    

复制代码

twilightagain

m/(.*)\t(\d+)$/ 有问题

*默认贪婪匹配，试试这个：

m/([^\t]*?)\t(\d+)$/

cobrawgl

这样？

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. open IN1, "file1.txt";
   
7. my @data = <IN1> ;
   
8. close IN1;
   
9. 
   
10. open IN2, "file2.txt";
    
11. open OUT, ">result.txt";
    
12. while ( <IN2> ) {
    
13.         chomp;
    
14.         my @sum;
    
15.         for my $item ( (split) ) {
    
16.                 my @line = split /\t/, $data[$item];
    
17.                 for (0..$#line) {
    
18.                         $sum[$_] += $line[$_];
    
19.                 }
    
20.         }
    
21.         print OUT join "\t", @sum;
    
22.         print OUT "\n";
    
23. }
    
24. 
    
25. close IN2;
    
26. close OUT;

复制代码

result.zip (63.35 KB, 下载次数: 20)

2011-12-09 19:27 上传

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lijie_perl

这样？
cobrawgl 发表于 2011-12-09 19:27

呵呵，谢谢~

同时，发现以前上传的程序有一个小错误~
已经在上面修改了~
(不过已经被你改过来了)