如何比较数值大小

怿_mao44

输入文件一：
以$3(ID**)为单位的位置坐标信息，以及这个ID匹配的注释名字信息
##1.start        2.end        3.ID        4.name1        5.name2

1. 180407449        180407525        ID_1        aa        AA
   
2. 150524405        150524490        ID_2        bb        BB1
   
3. 150524405        150524490        ID_2        bb        BB2

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输入文件二：
以输入文件一中$5为大单位
##1.name2        2.scort        3.+/-        4.count        5.start1        6.end1        7.name1

1. AA        1        -        1        180366650        180366740        aa
   
2. AA        1        -        2        180382500        180382606        aa
   
3. AA        1        -        3        180399314        180399397        aa
   
4. AA        1        -        4        180461403        180461500        aa
   
5. BB1        1        +        1        150521897        150521975        bb
   
6. BB1        1        +        2        150524380        150524500        bb
   
7. BB1        1        +        3        150524680        150524784        bb
   
8. BB2        1        +        1        150521897        150521975        bb
   
9. BB2        1        +        2        150522297        150522371        bb

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输出文件：
##1.start        2.end        3.ID        4.name1        5.name2        6.pre-count        7.pre-start1        8.pre-end1        9.post-count        10.post-start1        11.post-end1

1. 180407449        180407525        ID_1        aa        AA        3        180399314        180399397        4        180461403        180461500
   
2. 150524405        150524490        ID_2        bb        BB1        1        150521897        150521975        3        150524680        150524784
   
3. 150524405        150524490        ID_2        bb        BB2        2        150522297        150522371        -        -        -

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处理条件：
1)file1 $5== file2 $1
2)情况一 file1 $1 >= file2 $6 ，即，file1 start>= file2 end,  则在对file2 $4排序取最大值对应的坐标记录作为输出结果中的“pre-count        pre-start1        pre-end1”
3)情况二 file1 $2 <= file2 $5 ，即，file1 end<=file2 start,   则在对file2 $4排序取最小值对应的坐标记录作为输出结果中的“post-count        post-start1        post-end1”
4）若无法同时获得两种情况的结果 ，则outfile中使用“-”代替

Cu_fans

标题写错了吧

怿_mao44

回复 2# Cu_fans


    那应该怎么说呢，感觉就是跨文件比较一些关键字的大小，然后分类输出结果

还是。。我开始就理解错了。。。



其实输入文件一就是中间方框区间的坐标，输入文件二是周围圆圈的区间坐标，希望获得紧邻方框的前后圆圈的坐标

不知道这样解释是否容易理解一些

iamlimeng

回复 1# 怿_mao44

LZ表达得不是太清晰，或许这个问题本身就很难表达！实现了一下，因不了解你的数据规律，不一定能符合你的要求：

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. 
   
4. use strict;
   
5. use warnings;
   
6. 
   
7. my %data1;
   
8. open (DATA, "data1.txt");
   
9. while (<DATA>) {
   
10.          chomp;
    
11.          my ($start,$end,$ID,$name1,$name2) = split /\s+/;
    
12.          $data1{$name2} = "$start\t$end\t$ID\t$name1";
    
13. }
    
14. close(DATA);
    
15. 
    
16. my %data2;
    
17. open (DATA, "data2.txt");
    
18. while (<DATA>) {
    
19.         chomp;
    
20.         my ($name2,$scort,$plus,$count,$start1,$end1,$name1) = split /\s+/;
    
21.         $data2{$name2}{$count} = "$start1\t$end1";
    
22. }
    
23. close(DATA);
    
24. 
    
25. open (OUT, ">result.txt");
    
26. foreach my $name2 (sort keys %data2) {
    
27.         next if (!$data1{$name2});
    
28.          my ($start,$end,$ID,$name1) = split(/\t/,$data1{$name2});
    
29.          my $pre = "-\t-\t-";
    
30.          my $post = $pre;
    
31.          my $check = 0;
    
32.         my @count = sort keys %{$data2{$name2}};
    
33.          foreach (@count) {
    
34.                 my  ($start1,$end1) = split(/\t/,$data2{$name2}{$_});
    
35.                 if ($start >= $end1) {
    
36.                          $pre = "$_\t$data2{$name2}{$_}";
    
37.                  }
    
38.                  if ($end <= $start1 && !$check) {
    
39.                          $post = "$_\t$data2{$name2}{$_}";
    
40.                          $check = 1;
    
41.                  }
    
42.          }
    
43.          print OUT "$data1{$name2}\t$name2\t$pre\t$post\n";
    
44. }
    
45. close OUT;

复制代码

另外，如果数据量比较大，上面的代码不适合！