求助

那只猴子

我有如下格式的文件：
LOC_Os01g01019\tGO:0016023
LOC_Os01g01019\tGO:0009536
LOC_Os01g01010\tGO:0005622
LOC_Os01g01011\tGO:0005622

第一列是基因ID  第二列是GO term，会出现同一基因ID对应不用GO term的情况，也会出不同基因ID对应同一GO term的情况

我的目的是做成以下格式的文件：
LOC_Os01g01019\tGO:0016023\tGO:0009536
LOC_Os01g01010\tGO:0005622
LOC_Os01g01011\tGO:0005622

我是新手，不是很懂写perl脚本。求完整版代码。

cdtits

1. #!/usr/bin/env perl
   
2. do { if (/^(.*)\\t(.*)$/) { push @{$hash{$1}}, $2; } } for (<DATA>);
   
3. while (($k, $v) = each %hash) {
   
4.     print $k . '\t' . join('\t', @{$v}) . "\n";
   
5. }
   
6. __DATA__
   
7. LOC_Os01g01019\tGO:0016023
   
8. LOC_Os01g01019\tGO:0009536
   
9. LOC_Os01g01010\tGO:0005622
   
10. LOC_Os01g01011\tGO:0005622

复制代码

xiyoulaoyuanjia

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. use Bio::SeqIO;
   
5. 
   
6. my %id;
   
7. open my $fh, "<", 'f1.txt' or die $!;
   
8. 
   
9. while (<$fh>) {
   
10.    chomp;
    
11.    my $id = substr $_, 1;
    
12.    $id{$id}++;
    
13. }
    
14. close $fh or die $!;
    
15. 
    
16. my $in  = Bio::SeqIO->new ( -file   => "f2.txt",
    
17.                            -format => 'fasta');
    
18. my $out = Bio::SeqIO->new(  -file   => '>fasta.dat',
    
19.                            -format => 'fasta');
    
20. 
    
21. while(my $seq = $in->next_seq() ) {
    
22.    $out->write_seq($seq) if exists $id{$seq->id};
    
23. }
    

复制代码

fly_in_thesky

你在做基因注释吗？

fly_in_thesky

你在做基因注释？

xmchenb

#!D:\strawberry\perl\bin\perl5.12.3 -w

open FILE,"D:/cc/cc1.txt" or die "$!";

while (<FILE>)
{
    my ( $x, $y ) = split /\\t/;
    if(exists $hash{$x})
    {
            $hash{$x}=$hash{$x}."\\t".$y;
            chomp($hash{$x});
    }else
    {
            $hash{$x}=$y;
            chomp($hash{$x});
    }
}

while((my $k,my $v)=each %hash)
{
  print $k."\\t".$v,"\n";
}
close FILE;

那只猴子

回复 4# fly_in_thesky


    是的 我看一下基因的GO注释情况

fly_in_thesky

回复 7# 那只猴子


    难不成是同行？你用的在线注释？