perl多进程出错,求解

kingwmj

写了一个程序,因为太慢,所以改用多进程,但是与我的原来的不分进程的程序结果不一致,最大的可能是多个进程互相修改某个变量.但我没有找到,求高手给看一下.

1.         sub step_3_jaccard_distance_cal(){
   
2.                 #格式:+1        P08758        Human        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        1
   
3.                 my $in_file=shift;
   
4.                 my $in= new IO::File($in_file) or die  $!;
   
5.                 my $out_file=shift;
   
6.                 my $out = new IO::File(">$out_file") or die $!;
   
7.                 my $len=0;
   
8.                 seek $in,0,0;
   
9.                 print "distance of r and s\n";
   
10.                 my @matrix=<$in>;
    
11.                 $len=my @list=split/\s+/,$matrix[0];
    
12.                 print "$len\n";
    
13.                 #以下为多进程----------------------------------------------------------------------------------------
    
14.                 my @child;
    
15.                          $|++;
    
16.                   print "good\n";
    
17.                  # my $R;       
    
18.                   my $num_proc = 0;
    
19.                   ## == number of collected ==
    
20.                   my $num_collect = 0;
    
21.                   my $collect;
    
22.                   ## == get the child signal ==
    
23.                   $SIG{CHLD} = sub { $num_proc--};
    
24.                
    
25.                
    
26.                 for(my $r=0;$r<=$len-4;$r++){  #
    
27.                         #my @sum=();
    
28.                         #$sum[$r]=0;
    
29.                         print "r=$r\n";
    
30.                         my $pid=fork();   #分多进程
    
31.                         push(@child,$pid);
    
32.                         if(!defined($pid)){
    
33.                                      print "Error in fork: $!";
    
34.                                 exit 1;
    
35.                         }
    
36.                         if($pid==0){    #子程序
    
37.                                 my @sum=();
    
38.                                 $sum[$r]=0;
    
39.                                
    
40.                                 for(my $s=0;$s<=$len-4;$s++){  
    
41.                                         print "s= $s\n";
    
42.                                         my $l_up;  #这个是hs_up共有多少个键 #这个是分子
    
43.                                         my $l_dn;  #这个是hs_dn共有多少个键 #这个是分母
    
44.                                         my %hs_up=();  
    
45.                                         my %hs_dn=();  
    
46.                                         my @d=();
    
47.                                         foreach my $line (@matrix){
    
48.                                                 my @data=split/\s+/,$line;
    
49.                                                 if(($data[3+$r]!=$data[3+$s]) and (($data[3+$r]==1) or ($data[3+$s]==1)))        {  #注意,这里是从3开始,把输入文件整理成前三列是标记
    
50.                                                         $hs_up{$data[1]}=2;  #这里data[1] 是UNIPROT ID
    
51.                                                 }
    
52.                                                 if(($data[3+$r]==1) or ($data[3+$s]==1)){
    
53.                                                         $hs_dn{$data[1]}=2;
    
54.                                                 }
    
55.                                         }
    
56. 
    
57.                                         $l_up=keys %hs_up; #
    
58.                                         $l_dn=keys %hs_dn;
    
59. 
    
60.                                         if($l_dn==0){
    
61.                                                 print "r=$r, s=$s\n";
    
62.                                                 die ;  #
    
63.                                                
    
64.                                         }
    
65.                                         else{
    
66.                                                 $d[$r][$s]=$l_up/$l_dn;
    
67.                                                 #print $out "$d[$r][$s]        "
    
68.                                         }
    
69.                                         $sum[$r]+=$d[$r][$s];
    
70.                                         #print $out "$sum[$r]        ";
    
71.                                 }
    
72.                                 print $out "$sum[$r]        ";
    
73.                                 exit 0;         #very important. 运行到他,这个子进程就结束了.所以要放到子进程的最后.
    
74.                         }
    
75.                         $num_proc ++;
    
76.                         ## == if need to collect zombies ==
    
77.                         if (($r-$num_proc-$num_collect) > 0) {  
    
78.                                 while (($collect = waitpid(-1, WNOHANG)) > 0) {
    
79.                                                 $num_collect ++;
    
80.                                 }       
    
81.                         }
    
82.                         while($num_proc > 1000){     #   控制子进程数
    
83.                                         sleep(3);
    
84.                                         print "stop\n";     
    
85.                         }
    
86.                        
    
87.                        
    
88.                 }
    
89.                 print $out "\n";
    
90.                 foreach (@child){      #  回收所有进程
    
91.                         waitpid($_, 0);
    
92.                 }
    
93.                 $in->close;
    
94.                 $out->close;
    
95.         }

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