怎样去掉不满足条件的块

小猪Gina

正常的fq文件有四行：

1.以@开头；
2.碱基ATCG（随意排列）序列；
3.+号
4.质量值，要求长度与第2行相等，由字母，括号，下划线等组成。


现在有n多行，发现行数不是4的倍数。
也就是说可能有某些行漏掉了。

怎样将这些缺失行的块从这个文件中删掉？

比如：
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
ATCG
+
aaaa
@c
ATCG
+
aaaa
输出：
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
@c
ATCG
+
aaaa
求帮助~
谢谢~

小猪Gina

已解决，明天上班把程序贴出来

Perlvim

想学点生物学方面DNA数据结构方面的东西，不知道该看什么资料

小猪Gina

回复 3# Perlvim


    我是学统计的。。。生物方面不是特别懂。我只是用程序处理一些文件。真是很抱歉，帮不到你。

小猪Gina

贴出程序：
$/="\@";
while (<IN>) {
        chomp;
        if (/(HWUSI.*\n)([ATCG]+\n)(\+\n)(.*\n)/) {
                if (length($2)==length($4)) {
                print "\@$1$2$3$4";
                }
        }
}
$/="\n";

rubyish

keyima?

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use 5.016;
   
3. my $data = do { local $/; <DATA>} ;
   
4. say map /^@.*?^[ATGC].*?\+\n.*?\n/msg, $data;
   
5. __DATA__
   
6. @A
   
7. ATCG
   
8. +
   
9. aaaa
   
10. @B
    
11. ATCG
    
12. +
    
13. aaaa
    
14. ATCG
    
15. +
    
16. aaaa
    
17. @c
    
18. ATCG
    
19. +
    
20. aaaa

复制代码

小猪Gina

回复 6# rubyish


    运行了一下，没有达到要求，您的程序打印出了
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
而去掉的那个块之后的
@c
ATCG
+
aaaa
没有print出来。谢谢~

rubyish

我总出现稀奇古怪的问题，郁闷。。。
没有print出来。谢谢~

小猪Gina

回复 8# rubyish


     呵呵，大家互相学习，不断进步~会越来越好的~

rubyish

小猪Gina 发表于 2013-02-21 05:50
回复 8# rubyish

谢谢~3Q~~{:3_188:}