【求助改程序高手帮我改下这个程序】，只需输出结果中加入一些数据

yanglc2013

因为他输出的格式是（只有lnc中的数据）：
lnc-C1orf227-1:2        chr1        213028819        213031452        -

但我想在同行加上对应的refGene中的数据（附件中，下面的程序也是基于附件中的两个文件的比较。）
lnc-C1orf227-1:2        chr1        213028819        213031452        -      NM_014053        chr1        213031596        213072705        +        2210  （overlap关系）

原帖地址：http://bbs.chinaunix.net/thread-4073924-1-1.html（一下程序已经解决原帖的问题，现在想输出结果把refGene中对应的数据输出）

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. use Data::Dumper;
   
4. my($ref,$lnc,$contain,$overlap,$gapped,$reverse);
   
5. open($ref,$ARGV[0]) or die $!;
   
6. open($lnc,$ARGV[1]) or die $!;
   
7. open($contain,'>','contain.txt') or die $!;
   
8. open($overlap,'>','overlap.txt') or die $!;
   
9. open($gapped ,'>','gapped.txt')  or die $!;
   
10. open($reverse,'>','reverse.txt') or die $!;
    
11. 
    
12. my %hRefDB;
    
13. while (<$ref>){
    
14.    my ($chr, $beg, $end) = (split)[1,2,3]; #Tab拆分，并取第二，第三，第四个元素。
    
15.       push @{ $hRefDB{$chr}}, [$beg,$end]; #存入哈希数组。
    
16. }
    
17. 
    
18. while (<$lnc>) {
    
19.    my ($chr,$beg,$end) = (split)[1,2,3];    #Tab拆分，并取第二，第三，第四个元素。
    
20.    if (!exists $hRefDB{$chr}) {            
    
21.        print "not exists in refDB\n";
    
22.        next;
    
23.    }
    
24.    my $lnc = [$beg,$end];
    
25.    my ($is_contain,$is_overlap,$is_reverse) = (0,0,0);
    
26.    foreach my $ref (@{$hRefDB{$chr}}){       #遍历哈希数组的每个元素。
    
27.        last if $is_contain and $is_overlap and $is_reverse;
    
28.        unless ($is_contain){                 #除非$is_contain的值为0，否则，将is_contain($lnc,$ref)的返回值赋值给 $is_contain。
    
29.             $is_contain = is_contain($lnc,$ref)
    
30.             and next;
    
31.        }
    
32.        unless ($is_reverse){
    
33.             $is_reverse = is_reverse($lnc,$ref)
    
34.             and next;
    
35.        }
    
36.        unless ($is_overlap){
    
37.             $is_overlap = is_overlap($lnc,$ref)
    
38.             and next;
    
39.        }
    
40.    }
    
41.    my $is_gapped = $is_contain || $is_reverse || $is_overlap ? 0:1;
    
42.    print $contain $_ if $is_contain;
    
43.    print $overlap $_ if $is_overlap;
    
44.    print $gapped  $_ if $is_gapped;
    
45.    print $reverse $_ if $is_reverse;
    
46. }
    
47. sub is_ln {
    
48.     my($num,$ref) = @_;
    
49.     return $num >= $ref->[0] && $num <=$ref->[1] ? 1:0;
    
50. }
    
51. sub is_contain {
    
52.     my ($lnc,$ref) = @_;
    
53.     return (is_ln($lnc->[0],$ref) && is_ln($lnc->[1],$ref)) ? 1:0;
    
54. }
    
55. sub is_reverse {
    
56.     my ($lnc,$ref) = @_;
    
57.     return is_contain($ref,$lnc);
    
58. }
    
59. sub is_overlap {
    
60.     my ($lnc,$ref) = @_;
    
61.     return (is_ln($lnc->[0],$ref) && ! is_ln($lnc->[1],$ref)) ||
    
62.            (is_ln($lnc->[1],$ref) && ! is_ln($lnc->[0],$ref)) ? 1:0;
    
63. }
    
64. sub is_gapped {
    
65.     my ($lnc,$ref) = @_;
    
66.     return (! is_ln($lnc->[0],$ref) && ! is_ln($lnc->[1],$ref)) ? 1:0;
    
67. }
    
68. 
    

复制代码

rubyish

lnc-HES5-1:2        chr3        14 100        -                 #gapped & overlap       

NR_026818        chr3        110 150        -        585
NR_033908        chr2        10 90        -        590
NR_027055        chr1        8 20        -        591
NM_016505        chr3        50 128        +        827
NM_001097613        chr2        11 13        -        1697

无交集输出文件 gapped
有 overlap nali 又有 gapped ?

rubyish

没有 contain 或 overlay 或 reverse
则输出 gapped

是 ma ?{:3_188:}

rubyish

是否适合:

1. 
   
2. ERROR!!
   
3. delete
   

复制代码

yanglc2013

回复 4# rubyish [/b
嘿嘿，试试看啊。这里好多高手啊。


   

yanglc2013

回复 3# rubyish

是啊，老大

   

yanglc2013

回复 2# rubyish


    同一个染色体有overlap和有gappe 都要分别输出。

rubyish

老大，没看懂你这个啊。
有overlap和有gappe 都要分别输出?

有overlap = 有交集
if 无交集输出 gapped
有overlap = 没有 gappe

有overlap和有gappe 都要分别输出?
怎么写，楼主帮助下，谢谢!!

yanglc2013

回复 8# rubyish

因为在refGene中有比较多重复的染色体。比如有两个chr1，那么lnc中的每个chr1就必须和refGene中的两个chr1都比较。出现的情况就可能是gapped，或者和另一个出现overlap。


   

yanglc2013

回复 8# rubyish

就是lnc中的其中一个染色体，比如chr1，但是ref中却存在很多chr1，他们的区间都不一样。