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› 论坛 › 程序设计 › Perl › 关于大规模数组的搜索问题（续）

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楼主: csubiohulqi

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关于大规模数组的搜索问题（续） [复制链接]

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日期:2011-11-23 16:44:17

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日期:2014-08-26 16:18:20

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日期:2016-05-06 12:46:59

11楼 [报告]

发表于 2014-01-15 16:58 |只看该作者

直接 grep <key> <your file> 吧.

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12楼 [报告]

发表于 2014-01-15 17:00 |只看该作者

回复 8# ly5066113

嗯，是不是可以直接搜索奇数行，碰到匹配上的就连同该奇数行下一行的序列一起输出到文件中

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15-16赛季CBA联赛之吉林
日期:2017-12-21 16:39:27

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13楼 [报告]

发表于 2014-01-15 17:04 |只看该作者

回复 12# csubiohulqi

当然可以。
更简单的，就像11楼所说，直接用 grep 就能满足你的需求了。

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:47

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日期:2016-03-03 10:27:14

14楼 [报告]

发表于 2014-01-15 20:56 |只看该作者

本帖最后由 yinyuemi 于 2014-01-15 20:59 编辑

读一遍fasta文件,应该就能完成的事情,即使有其他需求,也是边读文件,提取有用信息来处理,或提取到所有信息,最后再处理

另外, 类似匹配这样的处理, 不适合用多线程, 因为fork子程序, 结束子程序所用的时间已经超过了匹配一次的时间, 肯定会变慢

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15楼 [报告]

发表于 2014-01-16 11:05 |只看该作者

回复 14# yinyuemi

哦，多谢啦，我一直在纳闷，为什么多线程反而慢，你是一语惊醒梦中人啊

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16楼 [报告]

发表于 2015-01-13 14:35 |只看该作者

1看楼主就是同行啊，你还是用bowtie来比对吧。这个快。估计几秒钟就可以搞定！

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日期:2015-10-07 06:20:00

17楼 [报告]

发表于 2015-01-14 05:43 |只看该作者

序列ID 有重复么？
可以考虑把序列 tie到硬盘上。

这里有我以前问的一个帖子，可能有帮助。
http://bbs.chinaunix.net/thread-4079119-1-1.html

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