求助perl脚本，取某一段

yang7473453

>Canis
ATGAAGGCGGCGGATGAGCCTGCCTACCTGACAGTGGG                                               ENSG00000003756_RBM5_raw_NT  15 25

如上左边一个文件中有上述基因序列，如右边有一个要取的位置从15到25，有很多这样的文件需按右边的表格去将文件中序列取出，15 25前是文件名

stanley_tam

你的意思是不是文件名字为ENSG00000003756_RBM5_raw_NT有下面的内容，如果是的话，是只有两行吗，如果不是，多举几个例子咯？
>Canis
ATGAAGGCGGCGGATGAGCCTGCCTACCTGACAGTGGG    ENSG00000003756_RBM5_raw_NT  15 25


字段ENSG00000003756_RBM5_raw_NT  15 25是不是和ATGAAGGCGGCGGATGAGCCTGCCTACCTGACAGTGGG是在同一行的？
还是说ENSG00000003756_RBM5_raw_NT  15 25是在另外一个文件 ？ 而且有很多类似这样的行 ?

rubyish

晕，题目我都看不懂。

q1208c

最近怎么这么多人搞 生物工程呢 ? 还都跟perl 干上了.


看了半天, 发现, 原来我的语文是体育老师教的, 我要回去重修了.

xiumu2280

1. my $sequence = substr ($seq,15,25-15)

复制代码

这个可以取序列，其他自己想把····

yang7473453

回复 2# stanley_tam


   

yang7473453

右图是许多文件的文件夹，左图是文件里的内容，左下图是一个txt文本，里面有要取的位置，文件中的四个物种都取相同的位置，求大神指点perl脚本回复 6# yang7473453


   

xiumu2280

@pitonas  你的取截图文字的程序呢

pitonas

{:2_172:} install ImageMagick

1. import -window root screenshot.jpg

复制代码

回复 8# xiumu2280


   

huang6894

回复 6# yang7473453
你的意思是：

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my $txt = '24.txt';
   
4. my ( $key, %seqId );
   
5. open TXT, $txt or die $!;
   
6. open OUT, '>', 'Sequence_extraction_part.fa' or die "don't worry";
   
7. 
   
8. while (<TXT>) {
   
9.     my ( $file, $s, $e) = ( split /\s+/, $_)[ 0, 1, 2 ];
   
10.     my $l = $e - $s + 1;
    
11.         my $chr = ( split /_/, $file)[1];
    
12.     extract( $file, $chr, $s, $l, $_ );   
    
13. 
    
14. }
    
15. 
    
16. sub extract {
    
17.     my ( $fin, $SequenceId, $start, $len, $m ) = @_;
    
18. open( SCA, $fin ) or die $!;
    
19. while (<SCA>) {
    
20.     chomp;
    
21.     /^>/ ? ( ($key) = /^>(\w+)/ ) : $seqId{$key} .= $_;
    
22. }
    
23. close SCA;
    
24.     unless ( exists $seqId{$SequenceId} ) {
    
25.         print "$SequenceId\t$start\t$start+$len\terro\n";
    
26.         return;
    
27.     }
    
28. 
    
29.     my $Seq = substr $seqId{$SequenceId}, $start - 1, $len;  
    
30.     my @OUT;
    
31.     my $lenseq = length($Seq);
    
32.     for ( my $j = 0 ; $j * 60 < $lenseq ; $j++ ) {
    
33.         push @OUT, substr( $Seq, $j * 60, 60 ), "\n";
    
34.     }
    
35.     print OUT ">$m", @OUT;
    
36. }
    
37. 
    
38. close OUT;

复制代码

这样吗？