while嵌套问题（续）

pony2001mx

我昨天发表了一个while嵌套问题（http://bbs.chinaunix.net/thread-4140711-1-1.html），stanley_tam 慷慨回复，但我只举了个例子，我实际的脚本还是有问题，我的目的是从INPUT文件中找LIST的行，print出来。 特指教, 非常谢谢！！

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. if (@ARGV<1){print "perl sta.pl LIST INPUT"; exit;}
   
4. 
   
5. open LIST, '<', $ARGV[0];
   
6. while(my $line = <LIST>){
   
7.         chomp $line;
   
8.         my @a = split/\t/,$line;
   
9.         my $mirsite = "$a[0]"."$a[1]";
   
10.         open FH, '<', $ARGV[1];
    
11.         while (my $line2 = <FH>){
    
12.                 chomp $line2;
    
13.                 my @b = split/\t/, $line2;
    
14.                 my $mirsite2 = "$b[0]"."$b[1]";  
    
15.                 if ($mirsite eq $mirsite2 ){
    
16.                         print "$line2\n"; last;
    
17.                 }
    
18.         }
    
19.         close FH;
    
20. }
    
21. close LIST;

复制代码

我的LIST文件是：
miR172        AT1G19940.1:899
miR156        AT1G19920.1:1068

我的INPUT文件是：
miR156        AT1G19920.1:1068        5' AUGUUC-CUCUUGA-UGUUA 3'                 3' CACGAGUGAGAGAAGACAGU 5'        
miR390        AT1G19920.1:1247        5' GGUCGUGAUCCUGCAGGAAUGGGCCA 3'                 3' CC-GCGAUAGGGAGG----ACUCGAA 5'
miR172        AT1G19940.1:1411        5' UUGU-GCAUCAUAGAGGAGCU 3'                 3' UACGUCGUAGUAGUUCUAAGA 5'
miR408        AT1G19940.1:595        5' UUCAGGUGGGAGAUCCAGUGACGG 3'                 3' CGGUC--CCUUCUCCGUCAC-GUA 5'
miR172        AT1G19940.1:899        5' GGGCAGCUUCAU---GGUUGU 3'                 3' UACGUCGUAGUAGUUCUAAGA 5'

q1208c

解决这个问题, grep -Ff 更合适.

pony2001mx

求教脚本！ 我希望perl专家给我指点我的脚本错在哪里？ 非常谢谢！！

huang6894

回复 2# q1208c


    第一次用perl的grep~你说得对，还是linux的grep好用~

q1208c

回复 4# huang6894



你的 神兽 不错. 能贴个文本的给我不.     

huang6894

回复 5# q1208c


    写得太烂，帮忙改改~

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. %f;
   
3. if (@ARGV<1){print "perl $0 LIST INPUT"; exit;}
   
4. open(F1,"< $ARGV[0]") || die "$!";
   
5. open(F2,"< $ARGV[1]") || die "$!";
   
6. my %f = map{$_ => 1} <F1>;
   
7. my @inter = grep {$f{(split/\t/,$_)[0]."\t".(split/\t/,$_)[1]."\n"}} <F2>;
   
8. print @inter;
   
9. close F1;
   
10. close F2;
    

复制代码

pitonas

{:2_172:} 小伙伴们, 这个脚本是没有什么问题, 但是，写得太烂

1: hash
2:array
3:seek
4pen

回复 1# pony2001mx


   

pitonas

小伙伴们, 这个脚本是没有什么问题, 但是，写得太烂
一行, 你 split 两次

回复 6# huang6894


   

huang6894

回复 8# pitonas


    (*^__^*) 嘻嘻……我也觉得

pitonas

(*^__^*)  如何解决?

回复 9# huang6894