python for 循环问题求助

yusmile0618

我这里一共有3个文件
1是样本编号
2是每个位点信息
3是样本的位点突变信息

不是每个样本都有这个位点突变信息，写了个for循环，有该位点突变的，从3中提取突变信息，没有的从2中写入原来未突变位点信息，要求每个1中样本，要有2中每个位点的信息，即最后需要得到1中的行数x2中的列数的文件，但是我最后for循环只有一行。

文件图和代码如下：

1. import xlwt
   
2. 
   
3. fname=open("1.txt","r")
   
4. flocation=open("2.txt","r")
   
5. fsnp=open("3","r")
   
6. 
   
7. book=xlwt.Workbook(encoding="utf-8",style_compression=0)
   
8. sheet=book.add_sheet("snp",cell_overwrite_ok=True)
   
9. 
   
10. n=0
    
11. for names in fname.readlines():
    
12.     row=0
    
13.     name=names.strip("\n")
    
14.     row=row+1
    
15.     n=n+1
    
16.     for locations in flocation.readlines():
    
17.         col=5
    
18.         location=locations.split("\t")
    
19.         col=col+1
    
20.         snp1=location[0]
    
21.         position=str(location[1])
    
22.         ref=location[2]+" "+location[2]
    
23.         for snps in fsnp:
    
24.             snps=snps.split("\t")
    
25.             sample_name=snps[0]
    
26.             sample_snp=snps[2]
    
27.             sample_position=str(snps[3])
    
28.             genotype=snps[5]
    
29.             allele=genotype[0]+" "+genotype[1]
    
30.             if name==sample_name and position in sample_position:
    
31.                 sheet.write(row,col,allele)
    
32.             else:
    
33.                 #sheet.write(row,col,ref)
    
34.          
    
35. book.save("result.xls")
    
36. 
    
37. print "done"

复制代码

icymirror

回复 1# yusmile0618
能给个期望的结果的例子说明嘛？
怀疑是你的row/col的赋值放错地方了，另外，同时你好像没有在最后的if/else处做对应的rol/col的增加或者减少操作。

yusmile0618

你好，谢谢回答
我给一个期望得到结果的图吧

回复 2# icymirror


   

q1208c

太长, 没看懂, 放弃.

icymirror

回复 3# yusmile0618
大体理解了，（还不是非常确定）
至少有这几个地方需要修改：
1. 12行的row=0需要放到主循环外，比如和11行交换位置
2. 17行的col=5也是同样问题，需要和16行交换位置
3. 另外：在循环体16、23结束之后，需要加入：flocation.seek(0), fsnp.seek(0)，来确定对于文件2、3中的数据每次都是从头开始遍历的，而不是一遍到底就只看文件结束符号了。
（注意缩进，要和循环体开头的for是一样的缩进，而不是和循环体内容一样的缩进。）
现在只是简单找出来这几个，先改下试试看。

yusmile0618

你好，已将row和col放到主循环外
然后flocation.seek(0)因为下面接了另一个for循环，将它与for ... in flocation 对齐会报错。
将fsnp.seek(0)添加并缩进对齐，程序就进入死循环了

如果不加两个seek语句，还是只有一行结果。

请你再帮我分析分析

回复 5# icymirror


   

icymirror

回复 6# yusmile0618
不确定我们说的对齐是不是一致，把这边修改的给贴一下：

1. import xlwt
   
2. 
   
3. fname=open("1.txt","r")
   
4. flocation=open("2.txt","r")
   
5. fsnp=open("3.txt","r")
   
6. 
   
7. book=xlwt.Workbook(encoding="utf-8",style_compression=0)
   
8. sheet=book.add_sheet("snp",cell_overwrite_ok=True)
   
9. 
   
10. n=0
    
11. row=0
    
12. for names in fname.readlines():
    
13.     name=names.strip("\n")
    
14.     row=row+1
    
15.     n=n+1
    
16.     col=5
    
17.     for locations in flocation.readlines():
    
18.         location=locations.split("\t")
    
19.         col=col+1
    
20.         snp1=location[0]
    
21.         position=str(location[1])
    
22.         ref=location[2]+" "+location[2]
    
23.         for snps in fsnp:
    
24.             snps=snps.split("\t")
    
25.             sample_name=snps[0]
    
26.             sample_snp=snps[2]
    
27.             sample_position=str(snps[3])
    
28.             genotype=snps[5]
    
29.             allele=genotype[0]+" "+genotype[1]
    
30.             if name==sample_name and position in sample_position:
    
31.                 print "%d, %d, %s"%(row, col, allele)
    
32.                 sheet.write(row,col,allele)
    
33.             else:
    
34.                 pass
    
35.                 #sheet.write(row,col,ref)
    
36.         fsnp.seek(0)
    
37.     flocation.seek(0)
    
38. 
    
39. book.save("result.xls")

复制代码

yusmile0618

你好，非常感谢你给我修改的代码，
这样可以打印出所以在3里面的那些内容，但是不能打印出不在3里面的，就是为什么这里的else，当没有在3当中时，不可以打印2中第三列呢？
回复 7# icymirror


   

Hadron74

程序不是这么写的。

建议：
你用Excel存得下，数据量很小。建议把2,3文件存到内存中，用字典的方式，采用输入，输出分开的方式，更简洁，且容易调试。
这是我的代码，由于没有数据，没有调试。希望有帮助。

1. import xlwt
   
2. 
   
3. 
   
4. all_snps = {}
   
5. for snp in open("3.txt"):
   
6.     snps = snp.rstrip().split('\t')
   
7.     sample_name = snps[0]
   
8.     sample_position = snps[3]
   
9.     allele = " ".join(snps[5])
   
10.     if sample_name not in all_snps:
    
11.         all_snps[sample_name] = []
    
12.     all_snps[sample_name].append((sample_position,allele))     # store alleles in a dictionary
    
13. 
    
14. 
    
15. locations = {}
    
16. locationsKeys = []
    
17. for location in open("2.txt"):
    
18.     loc = location.rstrip().split('\t')
    
19.     position = loc[1]
    
20.     ref=" ".join(loc[2]*2)
    
21.     locations[position] = ref                         # store default alleles in locations
    
22.     locationsKeys.append(position)                    # record the locations in order
    
23. 
    
24. book=xlwt.Workbook(encoding="utf-8",style_compression=0)
    
25. sheet=book.add_sheet("snp",cell_overwrite_ok=True)
    
26. 
    
27. row = 0
    
28. for sample in open("3.txt"):
    
29.     name = sample.strip()
    
30.     row += 1
    
31.     alleles = dict(locations)  # set a new dict with reference alleles for initial
    
32. 
    
33.    # here you can add some filter for number of snp by eg. if len(all_snps[name]) < 2 : continue
    
34. 
    
35.     for sample_postion,allele in all_snps[name]:
    
36.         alleles[sample_postion] = allele   # update new alleles
    
37.     # output to Excel
    
38. 
    
39.     col = 5
    
40.     for loc in locationsKeys:           # write alleles according to the order
    
41.         col += 1
    
42.         sheet.write(row,col,alleles[loc]) # get allele from alleles
    
43. 
    
44. book.save("result.xls")

复制代码

yusmile0618

非常感谢您的指导，程序可以成功运行。
因为刚开始学python，还不太会用字典，所以还应该再努力好好学习下。
再次感谢！
回复 9# Hadron74