重排fasta文档求助

q1208c

回复 9# 萌情公方

你得提供至少有三段数据才能测试. 也就是至少 300个字符的原始文件.
   

萌情公方

解决了，原来是我的输入里夹着空格，所以就乱了，谢谢啊回复 10# afukada


   

萌情公方

已经解决了，加了句$seq=~s/\s//g;就好了，谢谢啊{:2_172:} 回复 11# q1208c


   

hubenxia

#!/usr/bin/perl -w
open OUT1,">out1.txt";
open IN1,"<1.txt";
my %hash;
my $value;
my @value;
local $/=">";
<IN1>;
while (<IN1>) {
        chomp;
        my($key,$value)=split/\n/,$_,2;
        my $seq= substr ($value,0,100);
        $hash{$key} = $seq;
}
foreach my $key (sort keys %hash) {
        print "$key\n";
        print OUT1 "\>$key\n$hash{$key}\n";
}
close IN1;
close OUT1;

萌情公方

换了一种思路，学习啦，哈哈哈回复 14# hubenxia


   

hubenxia

回复 15# 萌情公方
我这个还是有点问题。  我在重写

   

hubenxia

#!/usr/bin/perl -w
open OUT1,">out1.txt";
open IN1,"<1.txt";
my %hash;
my ($value,$seq);
$/=">";
<IN1>;
while (<IN1>) {
        chomp;
        my @value=split "\n";
        my $key=shift @value;
                s/\n//g;
        $value=join "",@value;
        $seq= substr ($value,0,100);
        $hash{$key} = $seq;
}
foreach my $key (sort keys %hash) {
        print OUT1 "\>$key\n$hash{$key}\n";
}
close IN1;
close OUT1;

b114213903

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use BIO::SeqIO;
   
3. 
   
4. my $Seq_OBJ=Bio::SeqIO->new(-fh=>\*DATA,-format=>"fasta");
   
5. while(my $Seq=$Seq_OBJ->next_seq()){
   
6.         my $id=$Seq->id;
   
7.         my $seq=$Seq->seq;
   
8.         $seq=~s/(\w{100})/$1\n/g;
   
9.         print ">$id\n$seq\n";
   
10. }
    
11. 
    
12. __DATA__
    
13. >1 dna:chromosome chromosome:Zv9:1:1:60348388:1 REF
    
14. TTCTTCTGGGGAAAGTCTGATTTGATTTATTTCCCTTTTAAGATCAATATTATTAGCCCC
    
15. ATGTGTTGAAGAACAAATCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGGGAAAATAAACAGGGGG

复制代码

felix0608

1. ################################################                           
   
2. sub out_fasta{
   
3.         my ($seq,$num) = @_;
   
4.         my $len = length $seq;
   
5.         $seq =~ s/([A-Za-z]{$num})/$1\n/g;
   
6.         chop($seq) unless $len % $num;
   
7.         return $seq;
   
8. }
   
9. ################################################
   
10. sub reverse_complement{
    
11.         my ($seq)=shift;
    
12.         $seq=reverse$seq;
    
13.         $seq=~tr/AaGgCcTt/TtCcGgAa/;
    
14.         return $seq;
    
15. }
    
16. ################################################
    
17. sub read_fa{
    
18.         my ($file,$p) = @_;
    
19.         open IN,$file || die;
    
20.         $/=">";<IN>;$/="\n";
    
21.         while(<IN>){
    
22.                 my $id = $1 if /^(\S+)/;
    
23.                 $/=">";chomp(my $fa = <IN>);$/="\n";
    
24.                 $fa =~ s/\n+//g;
    
25.                 $p->{$id} = $fa;
    
26.         }
    
27.         close IN;
    
28. }

复制代码

萌情公方 发表于 2014-07-21 10:34
现在我想从fasta序列中，每一百个字母作为一行输出，但是我的代码运行的结果总是不对，请大神帮忙看看吧:
...

可以参考这几个子函数。