数据交并集类~

清泉一边

我有a.txt，如下：
a 1-3 11-15
a 6-8 17-19
a 13-18 20-23
a 1-18 20-25
a 28-32 36-39
a 28-39 46-53
a 55-63 65-70
。。。
。。。
b 3-5 15-19
b 21-32 33-40
，想得到：
a se 1-3 6-8 11-15
a se 6-8 11-15 17-19
a ta 13-18 1-18
a fa 20-23 20-25
a ir 28-32 36-39
b ...
b ...
学生物的同学可能知道，我想找选择性剪切位点~
例如：se 代表的是 1-15之间可以有三段exon，例子上就是1-3 6-8 11-15和6-19之间也有三段，即6-8 11-15 17-19，ta代表上下行中存在右边相等而左边不相等的exon，例子上就是13-18 1-18，a代表上下行中存在左边相等而右边不相等的exon（第三行和第四行可以看出），例子上得到的是28-32 36-39，ir代表28-39之间可以被挖去一段33-35（第五行和第六行可以看出）。不知道这样说，各位大神是否明白~
先谢过了！

afukada

我學生物的

我看不懂你要做什麼

如果你的題目完全沒有任何可以依循的邏輯

沒有人有辦法做

q1208c

表示没看出有啥规律, 不知道如何下手.

坐等楼下的大侠.

清泉一边

你都看不懂~那就麻烦了~难到是我理解有错~回复 2# afukada


   

afukada

http://en.wikipedia.org/wiki/Alternative_splicing

你想要的是判斷是哪種mode嗎?

是屬於Exon skipping, Alternative donor sit...哪種情形

是要這個嗎?

清泉一边

是的，我现在想要A）Exon skipping; B）Intron retention; C) Alternative 5' splice site; D) Alternative 3' splice site;这四种情况，手里有tophat处理出来的junction.bed文件，但写不出代码了~回复 5# afukada


   

清泉一边

我想根据junction的位点找出这些情况~回复 5# afukada


   

afukada

我做了一下功課

知道你想要什麼了

其實不會太困難

不過細節有一些複雜

看你要不要加QQ或是什麼

我再跟你說要怎麼做

pitonas

__DATA__

1. __DATA__
   
2. a 1-3 11-15
   
3. a 6-8 17-19
   
4. a 13-18 20-23
   
5. a 1-18 20-25
   
6. a 28-32 36-39
   
7. a 28-39 46-53
   
8. a 55-63 65-70
   
9. b 3-5 15-19
   
10. b 21-32 33-40
    

复制代码

output:

1. a se 1-3 6-8 11-15
   
2. a se 6-8 11-15 17-19
   
3. a ta 13-18 1-18
   
4. a fa 20-23 20-25
   
5. a ir 28-32 36-39
   

复制代码

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pitonas

不能发表付费主题了，只能发表收费的附件帖子了~{:2_172:}



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