核苷酸序列批量转换氨基酸序列

xiumu2280

不错···作为非生物专业的 ，这种你都知道了··回复 10# pitonas


   

pitonas

大牛们，我需要你帮我理解这个~{:2_172:}

正确的 translate  应该是几条?

[如果] 它是转换(翻译)为 3条 氨基酸, 这个结果是不是正确的?

my $seq = 'CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT';
结果: 3条

1. HSFSNSSNINNFH
   
2. IHSLTAVILIIF
   
3. FIL_QQ_Y__FS

复制代码

1. se: CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT
   
2. nu: CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT
   
3. am: HSFSNSSNINNFH
   
4. ------------------------------------------
   
5. se: CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT
   
6. nu: ATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTC
   
7. am: IHSLTAVILIIF
   
8. ------------------------------------------
   
9. se: CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT
   
10. nu: TTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCA
    
11. am: FIL_QQ_Y__FS
    
12. ------------------------------------------

复制代码

回复 11# xiumu2280


   

xiumu2280

三个碱基翻译为一个氨基酸，氨基酸组合成蛋白质。
这么做就是所谓的ORF(Open Reading Frame)预测，预测结果的可靠性，一般情况下，是放到blast里面和现有基因组进行比对，通过得分高低之类来评价。

这三条的情况：
第一条可信度比较高。
第三条已经加入多个终止密码子所以最差。
回复 12# pitonas


   

pitonas

比较茫然~ {:2_167:} {:2_167:}

我见过有翻译出 1, 3, 6 条的,  但是翻译出的结果不同.


结果 A: 3条
my $seq = 'cattcattctct';
1: cat tca ttc tct  结果: HSFS
2: c att cat tct ct 结果: cIHSct
3: ca ttc att ctc t 结果: caFILt

结果 B: 3条
my $seq = 'cattcattctct';
1: cat tca ttc tct  结果: HSFS
2: att cat tct      结果: IHS
3: ttc att ctc      结果: FIL

结果 C: 3条
my $seq = 'cattcattctct';
1: cat tca ttc tct  结果: HSFS
2: att cat tct ctc  结果: IHSL
3: ttc att ctc tca  结果: FILS

A3条:
HSFS
cIHSct
caFILt

B3条
HSFS
IHS
FIL

C3条
HSFS
IHSL
FILS

A, B, C 结果不同
哪一个 才是正确的翻译( 不管可信度, 只管翻译过程(结果) )

1.   TCA  S  TCC  S  TCG  S  TCT  S  TTC  F  TTT  F  TTA  L  TTG  L
   
2.   TAC  Y  TAT  Y  TAA  _  TAG  _  TGC  C  TGT  C  TGA  _  TGG  W
   
3.   CTA  L  CTC  L  CTG  L  CTT  L  CCA  P  CCC  P  CCG  P  CCT  P
   
4.   CAC  H  CAT  H  CAA  Q  CAG  Q  CGA  R  CGC  R  CGG  R  CGT  R
   
5.   ATA  I  ATC  I  ATT  I  ATG  M  ACA  T  ACC  T  ACG  T  ACT  T
   
6.   AAC  N  AAT  N  AAA  K  AAG  K  AGC  S  AGT  S  AGA  R  AGG  R
   
7.   GTA  V  GTC  V  GTG  V  GTT  V  GCA  A  GCC  A  GCG  A  GCT  A
   
8.   GAC  D  GAT  D  GAA  E  GAG  E  GGA  G  GGC  G  GGG  G  GGT  G

复制代码

# 6条 = 3条 + 互补3条(同理)       

回复 13# xiumu2280


   

xiumu2280

都对，不同物种，有不同的预测规则。回复 14# pitonas


   

pitonas

都对 ? {:2_170:} {:2_170:}
很好奇 ~~ {:2_172:}
C 3条 用于何种 物种         ?


还有哪些翻译 方式        ?
小伙伴们, 可以 举例 3, 5 个 ?

膜拜！ 继续学习 ……

回复 15# xiumu2280


   

xiumu2280

骚年，第三种我也没见过啊~
知识有限，力不能及····
回复 16# pitonas


   

pitonas

谢谢！膜拜！ 继续学习 ……{:2_172:}

回复 17# xiumu2280


   

afukada

回复 14# pitonas

C的狀況是有環形的DNA(circular DNA)

所以frame shift的時候有機會接回來

cattcattctct
^            ^

這兩個是連在一起的

pitonas

谢谢！膜拜！ 继续学习 {:2_172:}

回复 19# afukada