【问题】连续区间合并

huang6894

回复 8# stanley_tam


    谢谢大神，我需要研究一些时候了，嘻嘻

huang6894

回复 9# chenhao392


    生信我算是半道出家，不是特别懂一些工具，暂时还是自己写脚本，一方面也是学习嘛，谢谢前辈，谢谢

huang6894

回复 10# yestreenstars


    谢谢星辰大哥，我先研究哈，谢谢，谢谢

substr函数

貌似也可以。

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use 5.016;
   
3. 
   
4. my %tmp = (
   
5.     c256  => '',
   
6.     count => 0,
   
7.     range => [ 0, 0 ],
   
8.     data  => [ 0, 1, 4, 5 ]
   
9. );
   
10. 
    
11. while (<DATA>) {
    
12.     my @col  = split;
    
13.     my $num  = $col[2];
    
14.     my $c256 = "@col[1, 4, 5]";
    
15.     if ( $c256 eq $tmp{c256} && $num - $tmp{range}[1] == 1 ) {
    
16.         $tmp{range}[1] = $num;
    
17.         $tmp{count}++;
    
18.     }
    
19.     else {
    
20.         PRINT() if $tmp{count} >= 3;
    
21. 
    
22.         %tmp = (
    
23.             c256  => $c256,
    
24.             count => 1,
    
25.             range => [ $num, $num ],
    
26.             data  => [ @col[ 0, 1, 4, 5 ] ]
    
27.         );
    
28.     }
    
29. }
    
30. 
    
31. PRINT() if $tmp{count} >= 3;
    
32. 
    
33. sub PRINT {
    
34.     say join "\t", @{ $tmp{data} }[ 0, 1 ], join( '-', @{ $tmp{range} } ),
    
35.       @{ $tmp{data} }[ 2, 3 ];
    
36. }
    
37. 
    
38. __DATA__
    
39. 16642     chr1    2336225 18      HOM     del
    
40. 16642     chr1    2336226 17      HOM     del
    
41. 16642     chr1    2336227 17      HOM     del
    
42. 16642     chr1    2336228 18      HOM     del
    
43. 16642     chr1    2336236 17      HOM     del
    
44. 16642     chr1    2336237 17      HOM     del
    
45. 16642     chr1    2336309 24      HOM     del
    
46. 16642     chr1    2336320 24      HOM     del
    
47. 16642     chr1    2336321 24      HOM     del
    
48. 16642     chr1    2336322 24      HET     del
    
49. 16642     chr1    2336323 24      HET     del
    
50. 16642     chr1    2336324 24      HET     del
    
51. 16642     chr1    2336325 24      HOM     del
    

复制代码

huang6894

回复 14# substr函数


    谢谢你，一开始看到c256以为什么特殊含义呢。。。哈，谢谢