循环不执行

明瞳狐狸

open FILE, "<e:/hg19.txt" or die "can not open the file!";
open OUT,">e:/newout.txt" or die "can not open the file!";

my $i;
my $count;
my $zone;
while(my $line1=<FILE>){
        my ($chr1,$pos1)=split(/\t/,$line1,2);
        my $num = 10;
        my $newpot = $pos1/$num ;
       
        for($zone= 0,$zone<$num,$zone++){
                $count=0;
               
                for ( $i=1,$i<$chr1,$i++){
                        open OBJ, "e:/obj.txt" or die "can not open the file!";
                        while(my $line=<OBJ>){
                                s/\n//;
                                my ($chr2,$pos2)=split(/\s+/,$line,2);
                                if(($chr1 eq $chr2) and ($pos2 < ($zone*$newpot+$newpot)) and ($pos2 > ($zone*$newpot))){
                                $count++;
                                }
                        }
                print OUT "$chr1\t$zone\t$count\n";
                close OBJ;
                close FILE;
                close OUT;
                }
        }
}
谁能帮我看看这个程序问题出在哪？最后打印值只有一行？

明瞳狐狸

程序修改了一下，把close FILE，closeOUT，放到了循环外面。可是打印的$count值依然不对，变成了三个一循环。。。

jason680

回复 1# 明瞳狐狸

1. use ";" not "," in for loop
   for($zone= 0,$zone<$num,$zone++)
   for($zone= 0; $zone<$num; $zone++)
   
2. There is easy way to do the same things
   for($zone= 0; $zone<$num; $zone++)
   foreach my $zone ( 0 .. $num)
               
  for ( $i=1; $i<$chr1; $i++)
  foreach ( 1 .. $chr1)
Note: you didn't use $i in your loop

明瞳狐狸

回复 3# jason680
谢谢你的回复。


   

明瞳狐狸

回复 3# jason680
open FILE, "<e:/hg19.txt" or die "can not open the file!";
open OUT,">e:/newout.txt" or die "can not open the file!";

my $i;
my $count;
my $zone;

while(my $line1=<FILE>){
        my ($chr1,$pos1)=split(/\t/,$line1,2);
        my $num = 10;
        my $newpot = $pos1/$num ;
        for($zone=1;$zone<=$num;$zone++){
                $count=0;
                        open OBJ, "e:/obj.txt" or die "can not open the file!";
                        while(my $line=<OBJ>){
                                $line=~s/\n//;
                                my ($chr2,$pos2)=split(/\s+/,$line,2);
                                for ( $i=1;$i<=$chr1;$i++){
                                if(($i eq $chr2) and ($pos2 < ($zone)*$newpot)and ($pos2 > ($zone-1)*$newpot)){
                                $count++;
                                }
                        }
                }print OUT "$chr1\t$zone\t$count\n";
        }
}
close FILE;
close OUT;
这是我修改之后的程序，可是我的$count值每次都会叠加，你能帮我看看吗？

   

jason680

回复 5# 明瞳狐狸

1. Would you please let's know what you want?

2. information
  input data
  procedure rule
  output data
  error message or issue

明瞳狐狸

回复 6# jason680
我的input data有两个，一个是24条染色体每条的总长度，如下所示：
1        249250621
2        243199373
3        198022430
4        191154276
5        180915260
第二个是每条染色体某个位置存在的突变点，如下所示：
3        164193293
8        131827193
4        150601746
3        60069490
11        117717720
4        90303285
7        158266757
1        198995747
3        70159509
10        47008697
15        47698522
11        59774819
17        19346851
11        119634359
1        88317527
2        135702162
我要做的是：把染色体长度均分成n个等份，看每个等份区间里共有多少个突变点存在。我知道我写的这个程序会很麻烦，计算时间也很长，不过现在只能写成这样，我想过用哈希做，不过具体的脚本想不出来，如果你能指点一二，不吝感激~

   

flw

就不能花点时间学学语法麽？
你这样大家累你也很累啊。

好歹都是高级知识分子，让学点儿东西就这么痛苦麽？
还不如我们这些农民工用功。

jason680

回复 7# 明瞳狐狸

I'm sorry how to do can get the answer that you want
   

明瞳狐狸

回复 9# jason680

？？是我描述的不清楚吗？我好像忘了贴出来我的运行结果：

1        1        73
1        2        88
1        3        100
1        4        94
1        5        84
1        6        8
1        7        101
1        8        101
1        9        108
1        10        79
2        1        187
2        2        170
2        3        200
2        4        159
2        5        207
2        6        99
2        7        205
2        8        195
2        9        220
2        10        191
我的结果是这样的，就是2-1那个值是在1-1的基础上叠加的，没有清零，我想知道为什么。我就是想先把这个程序的错误搞清楚，哈希的用法我之后会自己研究，不是说让你帮我想程序。