两文件中指定列的搜索

gooderpan

文件file1：（tab分隔）
chr5   122226        T        2        10        28.90        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr5   145237         A      3        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr6   14238        A        5       10        29.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
chr6   1233419        T        2        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr6   1755660        C        6        10        27.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00         1.0
chr6   1115521        T        2        10        28.80        [0, 10, 0, 0]        -        0.00         1.0
chr8   1555522        C        7        10        31.60        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
chrY   2323523        C        9        10        32.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0

文件file2：（tab分隔）
chr5   125516        A        1        10        29.90        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr5   135517        A        2        10        34.10        [0, 10, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr7   185518        T        3        10        69.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
chr8   195519        C        5        10        70.10        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
chr10   345520        T        12        10        87.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00         1.0

我想要在file1中搜索与file2中第一列，第三列，第七列都相同的行。结果如下：
chr5   145237         A      3        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
chr8   1555522        C        7        10        31.60        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0

请大神们帮帮忙？？

wiliiwin

1. awk  'NR==FNR{a[$1","$3","$7]=$0}NR>FNR{for (x in a){if(x==$1","$3","$7){print a[x]}}}'  aa.txt bb.txt
   
2. chr5   145237         A      3        10        30.10        [0,0,0,10]        -        0.00         1.0
   
3. chr8   1555522        C        7        10        31.60        [10,0,0,0]        -        0.00         1.0

复制代码

你的[]里面有空格，导致$7不是整个括号的，我想你要匹配的是括号的所有，因此需要提前把[]里面的空格给去掉

bulletmarquis

回复 1# gooderpan

1. awk 'NR==FNR{a[$1","$3","$7]++;next}{if(a[$1","$3","$7])next}1' file1 file2

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wiliiwin

回复 3# bulletmarquis
你这个测试 不对，输出数据就不是他要的

1. awk 'NR==FNR{a[$1","$3","$7]++;next}{if(a[$1","$3","$7])next}1'  aa.txt  bb.txt
   
2. chr7   185518        T        3        10        69.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
   
3. chr10   345520        T        12        10        87.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00         1.0

复制代码

1. awk 'NR==FNR{a[$1","$3","$7]++;next}{if(a[$1","$3","$7])next}1'   bb.txt  aa.txt
   
2. chr5   122226        T        2        10        28.90        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
   
3. chr6   14238        A        5       10        29.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00         1.0
   
4. chr6   1233419        T        2        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0
   
5. chr6   1755660        C        6        10        27.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00         1.0
   
6. chr6   1115521        T        2        10        28.80        [0, 10, 0, 0]        -        0.00         1.0
   
7. chrY   2323523        C        9        10        32.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00         1.0

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yestreenstars

@wiliiwin@bulletmarquis
你们似乎都忽略了一个条件，他是以tab分隔的，所以必须指定分隔符。

yestreenstars

1. [root@localhost ~]# cat a
   
2. chr5        122226        T        2        10        28.90        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
   
3. chr5        145237        A        3        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
   
4. chr6        14238        A        5        10        29.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00        1.0
   
5. chr6        1233419        T        2        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
   
6. chr6        1755660        C        6        10        27.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00        1.0
   
7. chr6        1115521        T        2        10        28.80        [0, 10, 0, 0]        -        0.00        1.0
   
8. chr8        1555522        C        7        10        31.60        [10, 0, 0, 0]        -        0.00        1.0
   
9. chrY        2323523        C        9        10        32.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
   
10. [root@localhost ~]# cat b
    
11. chr5        125516        A        1        10        29.90        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
    
12. chr5        135517        A        2        10        34.10        [0, 10, 0, 10]        -        0.00        1.0
    
13. chr7        185518        T        3        10        69.50        [10, 0, 0, 0]        -        0.00        1.0
    
14. chr8        195519        C        5        10        70.10        [10, 0, 0, 0]        -        0.00        1.0
    
15. chr10        345520        T        12        10        87.40        [0, 0, 10, 0]        -        0.00        1.0
    
16. [root@localhost ~]# awk -F'\t' 'NR==FNR{a[$1 FS $3 FS $7];next}$1 FS $3 FS $7 in a' b a
    
17. chr5        145237        A        3        10        30.10        [0, 0, 0, 10]        -        0.00        1.0
    
18. chr8        1555522        C        7        10        31.60        [10, 0, 0, 0]        -        0.00        1.0
    
19. [root@localhost ~]#

复制代码

李满满

学生党:无聊~用python模拟awk试试

1. 
   
2. #!/usr/bin/env python
   
3. # -*- coding:gbk -*-
   
4. 
   
5. import sys
   
6. import fileinput
   
7. list={}
   
8. for x in fileinput.input(sys.argv[1:]):
   
9.         if fileinput.lineno()==fileinput.filelineno():
   
10.                 list[(x.split()[0],x.split()[2],''.join(x.split()[6:10]))]=x
    
11.         else:
    
12.                 if (x.split()[0], x.split()[2],''.join(x.split()[6:10])) in list.keys():
    
13.                         print x,
    

复制代码

测试:
$ ./yhsafe.py file2.txt file1.txt
chr5   145237        A        3        10        30.10        [0, 0, 0, 10]     -        0.00         1.0
chr8   1555522       C        7        10        31.60        [10, 0, 0, 0]     -        0.00         1.0

prcardin

星辰大婶，可以帮解释下嘛。没看懂，这是怎么实现的
回复 6# yestreenstars


   

yestreenstars

回复 8# prcardin

将第1、3、7列组合成一个键，存入数组，然后在遍历第二个文件时，判断当前行组成的键是否在数组中，存在则打印，否则不打印~{:3_193:}
   

bulletmarquis

回复 5# yestreenstars


    TAB分隔不需要指定吧？空格、TAB都是默认分隔符