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请教用perl将某条序列替换成特定序列的问题 [复制链接]

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1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2015-01-14 15:18 |只看该作者 |倒序浏览

我的问题是：
我有两个文件file1和file2，并且知道fil2的序列能够跨过file1里面的N，想用fil2里面的"aa"来替换file1里面的“NN”。请问该如何用perl实现？
其中file1内容如下：
>scaffold1
TCAGCATCCAATGACACACATATCAGTGCTCTTCAGCCACGATACTGACNNGAGGTATTTTGTACAACACAGTAGCAAAT
（第50和51位置为两个N）
file2的内容如下：
>read1
CAGCCACGATACTGACaaGAGGTATTTT
file2里面有两个aa，而且aa的前面序列和后面序列都对应着file1的"NN"的前面与后面序列。

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2楼 [报告]

发表于 2015-01-15 10:10 |只看该作者

每个文件只有一条记录吗?

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