求助一个Python脚本的问题

wufengxu

本人刚学Python，尝试着写了一个小脚本！没有语法错误，但是运行出来的结果不是我想要的，请大神帮忙指点一下问题出在哪儿！
  首先说一下我这个脚本想达到的目的和我的编写思想，我要处理1TFZ.txt这样一个文件，把里面以‘ATOM’这个字符串开头的行，在不连续的残基编号行与行之间插入‘ter’这个字符作为一行！
  例如 这个是初始文件的截图，氨基酸残基编号299和301之间不是连续的，我要在这两行之间插入‘ter’这个字符串作为一行！
这个是程序运行完之后应该产生的结果，在299和301之间增加了'ter'这一行！
如果后一行的编号跟前一行相等或者比前一行大1就不用管，大于1就插入‘ter’作为一行

1. #!/usr/bin/python
   
2. import re
   
3. file1=open('1TFZ.txt','r')
   
4. file2=open('1TFZ_breaker.txt','w+')
   
5. a=file1.readlines()
   
6. i=0
   
7. x=0
   
8. b=[]
   
9. for line in file1.readlines():
   
10.         file2.write(line)
    
11.         x+=1
    
12.         if re.match('^ATOM',line):
    
13.                 b[i]=x
    
14.                 i+=1
    
15.         else:
    
16.                 continue
    
17. c=file2.readlines()
    
18. for j in range(len(b)):
    
19.         if not (int(a[b[j+1]-1][23:26])==int(a[b[j]-1][23:26])+1 or int(a[b[j+1]-1][23:26])==int(a[b[j]-1][23:26])):
    
20.                 c.insert(j,'ter')
    
21. file1.close()
    
22. file2.close()

复制代码

思路就是说先把整个文件复制一遍写到1TFZ_breaker.txt这个文件里面，然后匹配'ATOM'开头的行，同时把行数记下来写进b这个列表，然后通过b列表里面的行数以及位移值我来每两行做一次比较，如果后一行的氨基酸残基编号比前一行不是相等或者打1的关系我就插入‘ter’。但是我做出来的文件里面什么都没有，所以想请各位帮帮忙！本人新手，描述的不对的地方或者是有什么低级错误的，请原谅！谢谢大家！并附上初始文件！ 1TFZ.rar (62.34 KB, 下载次数: 5)

2015-03-23 17:48 上传

点击文件名下载附件
初始文件

Linux_manne

1. 
   
2. f1 = open('1TFZ.txt','r')
   
3. f2 = open('res.txt','w+')
   
4. end = 0
   
5. for line in f1.readlines():
   
6.         if line.startswith('ATOM') and len(line) >= 23:
   
7.                 start = int(line[23:26])
   
8.                 if start - end == 1:
   
9.                         end  = int(line[23:26])
   
10.                         f2.write('iter\n')
    
11.                 else:
    
12.                         end = int(line[23:26])
    
13.         f2.write(line)       

复制代码

没怎么调试过 大致就这样吧？

wufengxu

你好！你的脚本对我启发很大啊！思路比我的清晰，也比我的简单！我有时候自己写的东西自己都搅晕了！
我运行了一下你这个脚本，是对的，不过应该是如果没两行残基编号相等或者是大于1的话就不加‘iter’,只有每两行残基编号之差大于1的时候才插入'iter',你的整体程序是对的，思路也是很对的，我只把if那一行修改了一下就变成了我想要的！所以说非常感谢你！

1. #!/usr/bin/python
   
2. f1 = open('1TFZ.txt','r')
   
3. f2 = open('res.txt','w+')
   
4. end = 0
   
5. for line in f1.readlines():
   
6.         if line.startswith('ATOM') :
   
7.                 start = int(line[23:26])
   
8.                 if not (start - end == 1 or start - end == 0):
   
9.                         end  = int(line[23:26])
   
10.                         f2.write('iter\n')
    
11.                 else:
    
12.                         end = int(line[23:26])
    
13.         f2.write(line)

复制代码

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