两个文件匹配比较，并打印

海龙小知识

回复 9# haooooaaa 果然大神，非常感谢，谢谢，我好好体会体会，谢谢。


   

chengchow

1. [root@node ~]# awk 'FNR==NR{a[$1]=$3;b[$1]=$4};FNR!=NR&&$3>=a[$1]&&$4<=b[$1]' file2 file1
   
2. chr2        intron          46           71          -        m
   
3. chr2        intron          79           90          -        m
   
4. chr3        intron          258           271          -        n
   
5. chr3        intron          279           290          -        n

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海龙小知识

回复 10# MMMIX 非常感谢帮忙，我好好体会一下，谢谢帮助，谢谢。


   

聆雨淋夜

awk 'NR==FNR{a[$1""$6]=$3;b[$1""$6]=$4;next}{if($3>a[$1""$6]&&$4<b[$1""$6])print $0}' file2 file1

jason680

回复 1# 海龙小知识

what You Want Is What You Code(WYWIWYC)

>> ... 首先file1中的($1 和$6) 和 file2中的 ($1 and $6)相同,
  之后 其每行的file1中的($3 和$4）若处于file2($3 and $4)的范围中,则打印出来。

k for key by $1 and $6
s for start-array to save $3 of file2
e for end-array to save $4 of file2

$ awk '{k=$1","$6}NR==FNR{s[k]=$3;e[k]=$4;next}s[k]<$3&&$4<e[k]' file2 file1
chr2        intron          46           71          -        m
chr2        intron          79           90          -        m
chr3        intron          258           271          -        n
chr3        intron          279           290          -        n

   

海龙小知识

回复 12# chengchow 谢谢帮忙，学习了，谢谢


   

海龙小知识

回复 14# 聆雨淋夜 谢谢帮忙，学习了，谢谢。


   

海龙小知识

回复 15# jason680 多谢jason680大神，非常感谢