两个文件匹配比较，并打印

海龙小知识

file1
chr2        intron          25           30          -        m
chr2        intron          46           71          -        m
chr2        intron          79           90          -        m
chr2        intron          107           130          -        m
chr3        intron          258           271          -        n
chr3        intron          279           290          -        n
chr3        intron          307           330          -        n

file2
chr2        cds        36          98          -        m
chr3        cds        246          295          -        n

大家好，虽然学习了一段数组，但水平仍然有限，期望得到大神的帮助，谢谢。我想从file1得到：
首先file1中的($1 和$6) 和 file2中的 ($1 and $6)相同, 之后 其每行的file1中的($3 和$4）若处于file2($3 and $4)的范围中,则打印出来。

期望得到的结果:
chr2        intron          46           71          -        m
chr2        intron          79           90          -        m
chr3        intron          258           271          -        n
chr3        intron          279           290          -        n

谢谢。

haooooaaa

回复 1# 海龙小知识

1. $ awk 'NR==FNR{a[$1,$6]=$3" "$4}NR!=FNR&&a[$1,$6]{split(a[$1,$6],t);if(t[1]<$3&&$4<t[2]){print $0}}' b a
   
2. chr2        intron          46           71          -        m
   
3. chr2        intron          79           90          -        m
   
4. chr3        intron          258           271          -        n
   
5. chr3        intron          279           290          -        n
   

复制代码

海龙小知识

看懂什么意思，但是却写不出来，这是我写的粗鄙的脚本，却运行没有结果
这是我昨天写的，不知道哪错了，求大神指点
FNR == NR { a[$1，$3，$4，$6]; next }END{ split(a,c,","); for ($6 in c[4] && $1 in c[1]) if( ($3 > c[2]) && ($4 < c[3]) ){print $0}}

haooooaaa

回复 3# 海龙小知识


    你的 $1 和$6 不是要一样, 你这里有这个?

海龙小知识

我又改了一下，大神帮忙指正一下错误，非常感谢

MMMIX

回复 1# 海龙小知识

1. 
   
2. FILENAME == "file2" {
   
3.         c[$1,$6,3] = $3
   
4.         c[$1,$6,4] = $4
   
5.         next
   
6. }
   
7. 
   
8. {
   
9.         if (c[$1,$6,3] <= $3 && $4 <= c[$1,$6,4]) {
   
10.                 print
    
11.         }
    
12. }
    

复制代码

海龙小知识

谢谢，那个您看我写的那个什么地方出现错误了，请指正一下，谢谢。

海龙小知识

那您看我写的那个脚本，运行不出来，您看是什么问题，请帮忙指正一下，谢谢。回复 6# MMMIX


   

haooooaaa

回复 5# 海龙小知识

1. $ awk 'FNR==NR{a[$1,$3,$4,$6];next}{for(i in a){split(i,t,SUBSEP);if(t[1]==$1&&t[4]==$6&&t[2]<$3&&$4<t[3]){print $0;break}}}' b a
   
2. chr2        intron          46           71          -        m
   
3. chr2        intron          79           90          -        m
   
4. chr3        intron          258           271          -        n
   
5. chr3        intron          279           290          -        n
   

复制代码

按你的意思折腾的

MMMIX

回复 8# 海龙小知识


    1. 不应该用 END
    2. 把你最后的数组 c 打印出来看看