perl 引号

一串儿葡萄皮

1. AT1G07550.1     | Symbols:  | Leucine-rich repeat protein kinase family protein | chr1:2322709-2326512 REVERSE LENGTH=864
   
2. KVVELAMSCVNRTSKERPNMSQVVHVLNECLETCEKWRKSQEVDLSSPLELSIVVDTEINPKARIVDPNLHQDYDTSSAW
   
3. 
   
4. --------------------- WARNING ---------------------
   
5. ,SG: sequence '1' doesn't validate, mismatch is
   
6. ---------------------------------------------------
   
7. 
   
8. ------------- EXCEPTION -------------
   
9. ] which does not look healthyCLETCEKWRKSQEVDLSSPLELSIVVDTEINPKARIVDPNLHQDYDTSSAWASNESPYNEANSNLTYISDADFIQGGKTGNVQKDLLMKLRKPYT
   
10. STACK Bio::PrimarySeq::seq /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.16.0/Bio/PrimarySeq.pm:285
    
11. STACK Bio::PrimarySeq::new /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.16.0/Bio/PrimarySeq.pm:239
    
12. STACK Bio::Seq::new /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.16.0/Bio/Seq.pm:497
    
13. STACK toplevel delete_double_qw.pl:18
    
14. -------------------------------------
    
15. 完全复制粘贴

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回复 18# 一串儿葡萄皮


   

MMMIX

b114213903 发表于 2015-08-12 19:54
我这运行正常，不知道什么原因

估计是输入文件不一样吧

b114213903

回复 22# MMMIX



   

b114213903

回复 21# 一串儿葡萄皮


    应该是你的氨基酸序列中存在非氨基酸字符。请仔细检查！

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. use Bio::Seq;
   
5. 
   
6. my $fasta=shift @ARGV;
   
7. (my $Out=$fasta)=~s/(\.[^\.]+)$/_out$1/;
   
8. 
   
9. open (IN,"<$fasta") or die "Open $fasta failed!\n";
   
10. my $Out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$Out",-format=>'fasta');
    
11. 
    
12. my ($flag,$seq,$id,$desc)=();
    
13. while(my $line=<IN>){
    
14.         chomp($line);
    
15.         if($line=~/\>/){
    
16.                 if($flag){
    
17.                         print "$id\t$desc\n$seq\n";
    
18.                                                 $seq=~s/[^ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ]/X/gi;        #把非氨基酸字符转换为未知序列
    
19.                         my $SEQ_OBJ=Bio::Seq->new(-seq=>$seq,-id=>$id,-desc=>$desc,-alphabet=>'protein');
    
20.                         $Out->write_seq($SEQ_OBJ);
    
21.                 }
    
22.                 $line=~s/[\"\>]//g;
    
23.                 ($id,$desc)=split (/\s+/,$line,2);
    
24.                 $seq=undef;
    
25.                 $flag=1;
    
26.         }else{
    
27.                 $seq.=$line;
    
28.         }
    
29. }
    
30. print "$id\t$desc\n$seq\n";
    
31. $seq=~s/[^ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ]/X/gi;        #把非氨基酸字符转换为未知序列
    
32. my $SEQ_OBJ=Bio::Seq->new(-seq=>$seq,-id=>$id,-desc=>$desc,-alphabet=>'protein');
    
33. $Out->write_seq($SEQ_OBJ);
    
34. 
    
35. $Out->close();

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试试这个转换以后可不可以

一串儿葡萄皮

可以了，O(∩_∩)O谢谢。我想问一下学perl做生物信息需要看什么样的书，总感觉不知道从哪儿入手。 回复 24# b114213903